体外药效评估
确定RMC-7977对NRAS突变黑色素瘤细胞的抗增殖和杀伤活性。
使用多种NRAS突变和BRAF突变黑色素瘤细胞系,以不同浓度RMC-7977处理,通过IncuCyte实时成像检测细胞融合度和细胞毒性。
Genetic Drivers of Sensitivity or Resistance to RAS(ON) Multiselective Inhibitors in NRAS-Mutated Melanoma
包含细胞系实验、异种移植模型、基因工程小鼠模型、全外显子测序和临床病例分析等多层级验证,并进行了功能回复和耐药机制验证。
NRAS突变黑色素瘤细胞系(OSUMMER.1、OSUMMER.8、OSUMMER.10、MTG002、Mel9、PDX-4872) NRAS突变黑色素瘤异种移植模型(OSUMMER同种移植、患者来源异种移植) TNC基因工程小鼠黑色素瘤模型(NrasQ61R;Cdkn2a缺失)
RMC-7977处理浓度(10 nM至1 μM)对细胞增殖和死亡的影响 Ppia基因突变导致的CYPA表达沉默(剪接供体突变或起始密码子突变) MAP2K1激活突变(MEK1P124L、K57N、Q56P等)的存在及功能验证 患者肿瘤中NRAS和MAP2K1突变的等位基因频率
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定RMC-7977对NRAS突变黑色素瘤细胞的抗增殖和杀伤活性。
使用多种NRAS突变和BRAF突变黑色素瘤细胞系,以不同浓度RMC-7977处理,通过IncuCyte实时成像检测细胞融合度和细胞毒性。
评估RMC-7977和daraxonrasib在黑色素瘤移植模型和基因工程小鼠模型中的抗肿瘤效果。
在OSUMMER同种移植模型、患者来源异种移植模型和TNC基因工程小鼠中,口服给予RMC-7977或daraxonrasib,监测肿瘤体积变化和生存期。
识别RMC-7977耐药细胞中产生的遗传改变。
从耐药肿瘤中分离细胞系,进行全外显子测序,鉴定Ppia和Map2k1突变,并通过功能实验验证其对药物敏感性的影响。
评估daraxonrasib在NRAS突变黑色素瘤患者中的初步疗效和耐药性。
分析两项患者病例,通过CT扫描评估治疗反应,并通过NGS检测肿瘤基因突变。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| Mel-2培养基 | -- | -- | |
| Miltenyi小鼠肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi | #130-096-730 | |
| CytotoxRed试剂 | Sartorius | #4632 | |
| IncuCyte S3活细胞成像系统 | Essen BioScience | -- | |
| 基质胶 | -- | -- | |
| 药物处理 | RMC-7977 | -- | -- |
| Daraxonrasib | -- | -- | |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | #D8418 | |
| 聚乙二醇400 | MedChemExpress | -- | |
| Solutol HS 15 | Sigma Aldrich | #42966 | |
| 4-羟基他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | H7904 | |
| 曲美替尼 | -- | -- | |
| Ulixertinib | -- | -- | |
| 分子克隆 | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | -- |
| QIAprep质粒小提试剂盒 | Qiagen | -- | |
| 高性能cDNA逆转录试剂盒 | Thermo | -- | |
| Zymoclean凝胶DNA回收试剂盒 | Zymo Research | -- | |
| Alt-R™ S.p. Cas9核酸酶V3 | Integrated DNA Technologies | #1081058 | |
| Q5定点突变方案 | New England Biolabs | -- | |
| 5-α化学感受态细菌 | New England Biolabs | -- | |
| pScalps-huPPIA_WT-Puro质粒 | -- | -- | |
| pBABEpuro-HA-MEK1质粒 | Addgene | RRID:Addgene_53195 | |
| 生物化学分析 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Scientific | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| SeeBlue Plus2预染蛋白标准品 | Invitrogen | -- | |
| LI-COR Odyssey CLx成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| Image Studio V5.2软件 | LI-COR Biosciences | -- | |
| 免疫组化 | Dako抗原修复液pH6 | Agilent | #S236984-2 |
| BLOXALL内源性过氧化物酶封闭液 | Vector Laboratories | #SP-6000-100 | |
| 正常马血清封闭液 | Vector Labs | #S-2012-50 | |
| 抗兔ImmPRESS聚合物试剂 | Vector Laboratories | -- | |
| ImmPACT DAB底物试剂盒 | Vector Laboratories | SK-4105 | |
| 苏木素 | Millipore Sigma | #HHS32-1L | |
| 测序 | IDT xGEN人类外显子组v2 | Integrated DNA Technologies | -- |
| Nextera Flex文库制备 | Illumina | -- | |
| Twist Bioscience小鼠外显子组panel | Twist Bioscience | -- | |
| NovaSeq X试剂盒 | Illumina | -- | |
| 实时荧光定量PCR | TaqMan基因表达预混液 | ThermoFisher | 4369016 |
| QuantStudio 6 Flex实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| RNeasy小型RNA提取试剂盒 | Qiagen | 74106 | |
| 其他 | GraphPad Prism 10 | GraphPad Software | RRID:SCR_002798 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基配方(DMEM或Mel-2)、FBS浓度、传代次数限制 阅读提示:Materials & Methods: Cell Culture |
| 药物处理 | 药物浓度、处理时间、给药方式(口服)、剂量(10 mg/kg或25 mg/kg) 阅读提示:Materials & Methods: In vivo preclinical therapeutic studies; 图例 |
| 耐药模型建立 | 耐药细胞系筛选浓度、诱导时间、克隆筛选方法 阅读提示:Materials & Methods: Analysis of mechanisms of RMC-7977 resistance; 图4图例 |
| 测序分析 | 测序平台、文库制备方法、数据比对参考基因组、突变调用方法 阅读提示:Materials & Methods: Whole exome sequencing |
| 临床病例 | 患者纳入标准、给药方案(剂量、周期)、疗效评估标准、基因检测方法 阅读提示:Materials & Methods: Patient studies; 结果部分病例报告 |