建立并验证SNP嵌合量化平台
验证基于SNP阵列的嵌合量化方法的准确性。
使用不同比例的母亲和儿子淋巴细胞混合物(10细胞样本)及异常细胞系混合物建立模型,通过SNP阵列和NGS比较检测嵌合水平。
Risk factors associated with meiotic errors in blastocysts with mosaic results on biopsy
包含大规模回顾性队列、前瞻性MET对照研究、单细胞DNA测序验证及产前产后遗传学验证,多个独立证据层级。
391枚活检结果为嵌合体的囊胚(回顾性队列) 96例有丝分裂错误嵌合胚胎移植(MET)及288例匹配的整倍体胚胎移植(前瞻性队列) 7枚捐赠囊胚(单细胞测序分析) 单细胞混合模型(淋巴细胞和异常细胞系)
SGNA. 391枚嵌合囊胚的PGT-AO分析,确定亲本和细胞分裂起源 SGNA. 96例MET与288例匹配整倍体移植的妊娠结局比较,匹配因素包括母亲年龄、BMI等 SGNA. 7枚囊胚的314个单细胞DNA测序,验证实际嵌合水平 SGNA. 产前/产后CMA和FISH验证,包括脐带血和胎盘样本
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证基于SNP阵列的嵌合量化方法的准确性。
使用不同比例的母亲和儿子淋巴细胞混合物(10细胞样本)及异常细胞系混合物建立模型,通过SNP阵列和NGS比较检测嵌合水平。
确定嵌合囊胚中染色体异常的亲本和细胞分裂起源。
对391枚嵌合囊胚进行PGT-AO分析,基于SNP基因型和CN信息推断起源。
比较有丝分裂错误嵌合胚胎移植与整倍体胚胎移植的临床结局。
对96例MET(有丝分裂错误)和288例匹配的整倍体移植进行前瞻性比较,通过倾向评分匹配控制混杂因素。
评估嵌合体在单细胞水平上的真实程度。
对7枚捐赠囊胚(4枚高比例嵌合、2枚减数分裂非整倍体、1枚低比例嵌合)分离ICM和TE细胞进行单细胞DNA测序。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| SNP阵列分析 | Human CytoSNP-12/Karyomap-12 芯片 | Illumina | -- |
| iScan扫描仪 | Illumina | -- | |
| GenomeStudio软件 | Illumina | -- | |
| WGA | REPLI-g 单细胞WGA试剂盒 | Qiagen | -- |
| DNA提取 | TGuide 血液基因组DNA提取试剂盒 | TIANGEN | -- |
| 淋巴细胞分离 | Ficoll分离液 | Solarbio | -- |
| 单细胞测序 | ChromInst文库制备试剂盒 | Yikon Genomics | -- |
| NextSeq 550测序仪 | Illumina | -- | |
| FISH | FISH探针 | CytoCell | -- |
| 数据分析 | SPSS 26.0软件 | IBM | -- |
| R 4.3.3 | -- | -- | |
| Zstats v1.0 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PGT-AO分析 | 嵌合体定义阈值(30-70%)、高比例嵌合阈值(≥50%)、母源/父源起源判定方法、样本纳入排除标准(排除>3条染色体嵌合或call rate<0.90) 阅读提示:材料和方法中的'SNP array platform and CN analysis'和'PGT-AO and validation of the PGT-AO results' |
| MET妊娠结局比较 | 倾向评分匹配的变量(母亲年龄、BMI等)、匹配比例1:3、卡尺宽度0.2、MET组和对照组样本量(96 vs 288) 阅读提示:材料和方法中的'Prospective study of METs' |
| 单细胞DNA测序 | 单细胞分离方法(ICM/TE分离)、测序平台(NextSeq 550)、CNV检测阈值(10Mb)、纳入胚胎类型(高/低比例嵌合、减数分裂非整倍体) 阅读提示:材料和方法中的'Single-cell DNA sequencing of blastocysts'和表4 |
| 产前/产后遗传验证 | CMA和FISH进行染色体核型分析、样本来源(脐带血、胎盘、流产组织) 阅读提示:材料和方法中的'Prospective study of METs'中的遗传验证部分和表3 |