小鼠模型建立与病理验证
建立Aβ和tau联合病理模型并确认病理特征
通过杂交5XFAD和PS19小鼠获得四组基因型,利用MSD检测Aβ42和p-tau-T231水平。
Unique transcriptomic alterations in 5XFAD;PS19 mouse model identify glial lipid dysregulation and coordinated microglial-oligodendrocyte responses
包含snRNA-seq、MSD蛋白定量、hdWGCNA网络分析、CellChat细胞通讯推断及跨物种比较等多个独立证据层级,并具有功能验证。
5XFAD小鼠(Aβ淀粉样变性模型) PS19小鼠(tau蛋白病模型) 5XFAD;PS19小鼠(联合病理模型) 野生型(WT)小鼠
性别平衡:每个基因型雌雄各2只,共16只小鼠 年龄:9月龄 组织:前额叶和后皮层分离 单核RNA测序:Chromium Single Cell 3' v3.1,Illumina NovaSeq 6000 质量控制:核中线粒体读数<1%,唯一基因数>200,170,918个高质量核
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立Aβ和tau联合病理模型并确认病理特征
通过杂交5XFAD和PS19小鼠获得四组基因型,利用MSD检测Aβ42和p-tau-T231水平。
获取高质量单核转录组以分析细胞类型特异性变化
使用Singulator 100系统分离细胞核,构建snRNA-seq文库,在Illumina NovaSeq 6000上测序,经Cell Ranger处理并质控。
鉴定主要脑细胞类型并比较各基因型间细胞比例变化
UMAP聚类识别38个簇,对应8种主要细胞类型;使用speckle包进行比例分析。
识别基因共表达模块及其在基因型间的变化
使用hdWGCNA构建共表达网络,鉴定13个模块,并进行差异模块特征基因分析。
识别各基因型相对于WT的差异表达基因
使用FindMarkers和MAST检验进行DEG分析,并富集分析组织到AD生物域。
推断细胞间配体-受体相互作用的变化
使用CellChat进行细胞间通讯推断,比较各基因型间信号强度。
评估小鼠模型与人类AD转录组的相似性
将小鼠DEG与AMP-AD人类bulk RNA-seq数据对齐,计算相关性并进行GSEA分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物麻醉 | 阿弗丁 | Sigma-Aldrich | -- |
| 蛋白定量 | V-PLEX Plus Aβ肽段检测试剂盒1(6E10) | MSD | K15200E |
| 磷酸化(Thr231)/总tau检测试剂盒 | MSD | K15121D | |
| MESO QuickPlex SQ 120 | MSD | -- | |
| 细胞核分离 | Singulator 100 | S2 Genomics | -- |
| 细胞计数 | C-Chip | SKC, Inc. | -- |
| 显微镜 | EVOS XL Core | -- | -- |
| 单核RNA测序文库制备 | Chromium Next GEM单细胞3' v3.1双索引试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| 文库纯化 | SPRIselect | Beckman Coulter Life Sciences | -- |
| 文库质控 | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| 高灵敏度DNA试剂盒 | Agilent Technologies | -- | |
| 文库定量 | Qubit荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 双链DNA高灵敏度检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 测序 | NovaSeq 6000 | Illumina | -- |
| 蛋白提取 | 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Roche | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 基因型、性别、年龄、样本量 阅读提示:Methods 2.1 Animals |
| 组织收集与蛋白提取 | 麻醉、灌注、组织保存、蛋白提取方法 阅读提示:Methods 2.2 Tissue collection |
| 蛋白定量 | Aβ和tau检测试剂盒、仪器、操作方法 阅读提示:Methods 2.3 Meso Scale Discovery assay |
| 单核RNA测序 | 核分离方法、测序平台、文库制备试剂盒、测序深度、质量控制参数 阅读提示:Methods 2.4-2.5 |
| 数据分析 | 预处理流程、聚类分辨率、DEG阈值、网络分析参数、细胞通讯参数 阅读提示:Methods 2.6 |