发现阶段:非靶向代谢组学和宏基因组学分析
识别GDM相关差异代谢物和肠道微生物变化
对发现队列(92 GDM和88 HC)的孕早期和孕中期血清进行UHPLC-高分辨质谱非靶向代谢组学,对部分粪便样本进行宏基因组测序,鉴定跨孕期持续变化的14种差异代谢物和微生物组成及网络变化。
A three-metabolite microbiota-associated signature for early risk stratification of gestational diabetes mellitus
包含基于多中心巢式病例对照和前瞻性设计的代谢组学、宏基因组学、靶向定量和预测模型验证等多层级实验。
孕妇队列(包括GDM和健康对照) 粪便宏基因组样本 血清样本
孕早期(8-14周)血清样本的采集时间 GDM诊断标准(2020年ADA标准) 三个代谢物(3-羟基癸酸、γ-谷氨酰亮氨酸、丙酸)的靶向LC-MS/MS定量 模型验证队列的独立性和样本量 固定截断值(0.368)的使用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别GDM相关差异代谢物和肠道微生物变化
对发现队列(92 GDM和88 HC)的孕早期和孕中期血清进行UHPLC-高分辨质谱非靶向代谢组学,对部分粪便样本进行宏基因组测序,鉴定跨孕期持续变化的14种差异代谢物和微生物组成及网络变化。
评估候选代谢物在独立人群中的一致性变化
在独立队列1(50 GDM和70 HC)和独立队列2(48 GDM和49 HC)中对候选代谢物进行靶向LC-MS/MS定量,验证其方向一致性。
构建并内部验证GDM早期预测模型
对发现队列和两个独立队列的汇总数据(190 GDM和207 HC)进行三种代谢物的靶向LC-MS/MS定量,使用GLM、RF和SVM算法,通过重复10折交叉验证比较性能,最终选择GLM作为最终模型。
验证最终模型在独立外部人群的泛化性能
将锁定的GLM和固定截断值(0.368)应用于外部验证队列1(96 GDM和81 HC)和外部验证队列2(76 GDM和76 HC),评估AUC等性能指标。
评估最终模型在真实世界前瞻队列中的预测性能
招募335名孕妇,采集孕早期血清并进行靶向LC-MS/MS定量,将数据输入锁定模型,评估其预测GDM的性能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 非靶向代谢组学 | 超高效液相色谱-高分辨质谱 | -- | -- |
| 靶向代谢物定量 | 液相色谱-串联质谱 | -- | -- |
| 宏基因组测序 | MGI-2000测序平台 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 研究设计和样本采集 | 孕妇纳入标准:18-45岁,单胎,孕早期建档,排除孕前糖尿病等;血清样本采集时间:8-14孕周;OGTT时间:24-28孕周;GDM诊断标准:2020年ADA标准。 阅读提示:参见Materials and methods - Study design部分 |
| 非靶向代谢组学 | 样本类型:空腹血清;采集孕周:孕早期和孕中期;仪器:UHPLC-高分辨质谱;正负离子模式;数据处理参数和代谢物注释标准需查阅补充方法。 阅读提示:参见Materials and methods - Serum metabolomics analysis部分及补充方法 |
| 宏基因组测序 | 样本:粪便;采集时期:孕中期亚组;测序平台:MGI-2000;分类学注释和多样性分析参数需查阅补充方法。 阅读提示:参见Materials and methods - Metagenomic sequencing部分及补充方法 |
| 靶向定量和模型构建 | 三个代谢物(3-羟基癸酸、γ-谷氨酰亮氨酸、丙酸)的定量方法;开发数据集组成(发现队列和两个独立队列);训练/内部验证划分比例(7:3);交叉验证参数(10折3次重复);最终模型为GLM;固定截断值(0.368)。 阅读提示:参见Materials and methods - GDM prediction model development and evaluation部分 |
| 模型验证 | 外部验证队列1和2的样本量;前瞻队列的样本量;验证时使用锁定的模型和固定截断值,不重新拟合。 阅读提示:参见Materials and methods - Study design部分和Results部分 |