样本收集与分组
获取包含不同病理组合的人脑组织样本,以比较TDP-43和tau病理的差异。
前瞻性招募了3例对照、3例PART-TDP、5例AD-TDP和4例AD-TDP-LBD病例,并收集了杏仁核和海马等八个区域的组织块。
Artificial intelligence-based 3D segmentation of tangle-associated TDP-43 in neurodegeneration
包含人脑组织样本的多重免疫荧光和AI三维分割定量,有明确实验方法和结果,但缺乏功能验证和机制验证。
人脑组织样本(AD、PART、对照) AD-TDP、PART-TDP、AD-TDP-LBD病例的杏仁核和海马区
病例分组(对照、PART-TDP、AD-TDP、AD-TDP-LBD) 脑区(杏仁核-BL、杏仁核-CM、CA1、CA2/3、CA4、DG、SUB、ERC) 抗体类型(AT8、pS396、TauC3、MN423、GT38)及稀释度 AI分割算法(AIVIA 15.0软件)的训练和验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取包含不同病理组合的人脑组织样本,以比较TDP-43和tau病理的差异。
前瞻性招募了3例对照、3例PART-TDP、5例AD-TDP和4例AD-TDP-LBD病例,并收集了杏仁核和海马等八个区域的组织块。
同时标记磷酸化TDP-43和不同成熟阶段的tau,以评估其空间共定位。
对组织切片进行多重免疫荧光染色,使用抗pTDP-43抗体(S409/410)和多种tau抗体(AT8、pS396、TauC3、MN423、GT38),并进行ThioS染色。
采集高分辨率三维图像,用于后续AI分割和定量分析。
使用Zeiss 980 LSM共聚焦显微镜采集z-stack图像,每区域3-4个位置,间隔至少100μm,20倍物镜,z-stack包含10层1μm厚图像。然后使用Fiji/ImageJ进行最大投影和阈值化处理。
利用AI分割算法客观识别和定量TAT包涵体。
在AIVIA 15.0软件中,对pTDP-43、AT8、pS396和ThioS通道分别训练像素分类器,然后通过自定义工作流进行3D重建和空间关系分析,得到TAT计数和成熟度。
评估不同病理组和脑区之间TAT成熟度的差异。
使用Kruskal-Wallis检验进行多组比较,Mann-Whitney U检验进行两两比较,线性回归分析总负担与TAT计数关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 多重免疫荧光染色 | 抗磷酸化TDP-43(pS409/410)小鼠单克隆抗体 | CosmoBio | TIP-PTD-M01 |
| 抗磷酸化TDP-43(pS409/410)兔多克隆抗体 | Proteintech | 22309-1-AP | |
| 抗AT8磷酸化tau抗体 | Thermo Fisher Scientific | MN1020 | |
| 抗tau pS396抗体 | Cell Signaling Technologies | 48856S | |
| 抗TauC3抗体(caspase cleaved tau) | Millipore | MAB5430 | |
| 抗tau MN423抗体 | Absolute Antibody | Ab02389-1.1 | |
| 抗tau GT38抗体 | Abcam | ab246808 | |
| Alexa Fluor 568驴抗兔IgG(H+L)二抗 | Jackson Immunoresearch | 711-575-152 | |
| Alexa Fluor 647 AffiniPure驴抗小鼠猪IgG(H+L)二抗 | Jackson Immunoresearch | 715-605-151 | |
| Thioflavin S组织化学 | 硫黄素S | Sigma-Aldrich | T1892 |
| 免疫染色封闭 | 正常驴血清 | -- | -- |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| Triton-X 100 | -- | -- | |
| 柠檬酸钠 | -- | -- | |
| 未偶联AffiniPure F(ab')2片段驴抗人IgG(H+L) | Jackson Immunoresearch | 709-006-149 | |
| 封片 | VECTASHIELD Vibrance抗淬灭封片剂 | Vector Laboratories | H-1700 |
| 免疫染色 | TrueBlack脂褐素自发荧光淬灭剂 | Biotium | 23007 |
| 图像采集 | 蔡司980 LSM共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| 图像分析 | AIVIA 15.0软件 | Leica Microsystems | -- |
| 图像处理 | Fiji/ImageJ | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 病例纳入标准、病理诊断标准、样本数量 阅读提示:Methods 2.1 Patient recruitment |
| 多重免疫荧光染色 | 抗体稀释度、抗原修复条件(如柠檬酸钠浓度、pH、温度、时间)、封闭液组成、TrueBlack处理时间 阅读提示:Methods 2.2 Multiplex immunofluorescence studies |
| ThioS染色 | ThioS浓度、染色时间、乙醇梯度浓度及时间 阅读提示:Methods 2.3 Thioflavin S histochemistry |
| 图像采集 | 显微镜型号、采集参数(如激光波长、扫描速度、层厚、层数)、图像数量及位置间隔 阅读提示:Methods 2.4 Manual burden assessment |
| AI分割 | 训练图像数量、病例来源、分类器参数、自定义工作流细节 阅读提示:Methods 2.5 3D AI-assisted object recognition |