基于人工智能的神经退行性疾病中缠结相关TDP-43三维分割

Artificial intelligence-based 3D segmentation of tangle-associated TDP-43 in neurodegeneration

作者信息Gokhan Uruk, Hossam Youssef, Rodolfo G Gatto, Nadia Hossain, Jennifer L Whitwell, Robert R Reichard, Keith A Josephs
PMID42568211
发布时间2026-08-07
DOI10.1111/bpa.70131

实验完整度

包含人脑组织样本的多重免疫荧光和AI三维分割定量,有明确实验方法和结果,但缺乏功能验证和机制验证。

主要模型

人脑组织样本(AD、PART、对照) AD-TDP、PART-TDP、AD-TDP-LBD病例的杏仁核和海马区

重点核对

病例分组(对照、PART-TDP、AD-TDP、AD-TDP-LBD) 脑区(杏仁核-BL、杏仁核-CM、CA1、CA2/3、CA4、DG、SUB、ERC) 抗体类型(AT8、pS396、TauC3、MN423、GT38)及稀释度 AI分割算法(AIVIA 15.0软件)的训练和验证

摘要

TAR DNA结合蛋白43(TDP-43)包涵体常与过度磷酸化的tau相关,因此神经原纤维缠结作为阿尔茨海默病(AD)和原发性年龄相关tau病(PART)的标志。AD中的TDP-43与认知障碍相关,虽然分期已知,但TDP-43的定位、细胞和包涵体特征尚待阐明。我们通过多重免疫染色结合基于人工智能(AI)的物体识别、重建和定量分割,研究了AD、PART及共病理中TDP-43包涵体与缠结成熟连续体之间的关系。我们使用抗磷酸化TDP-43免疫荧光与标记不同阶段和修饰的磷酸化tau(AT8、pS396、TauC3、MN423、GT38)在3例对照、3例PART伴TDP-43(PART-TDP)、5例高可能性AD伴TDP-43(AD-TDP)和4例高可能性AD伴TDP-43和路易体病(AD-TDP-LBD)中进行。共聚焦成像取自八个区域:杏仁核(杏仁核-BL和杏仁核-CM)和海马(Cornu Ammonis(CA)-1、CA2/3、CA4、齿状回(DG)、下托(SUB))以及内嗅皮层(ERC),并通过AI分割定量以识别三维空间关系,从而确定神经原纤维缠结相关TDP-43(TAT)包涵体的成熟度。TAT,即通过pTDP-43和AT8或pTDP-43和pS396双阳性识别的,也通过硫黄素S(ThioS)组织化学进行研究。我们发现pS396标记的成熟TAT在每个区域的PART和AD中占主导。基底外侧和中央内侧杏仁核显示总体最多的前TAT和成熟TAT。成熟TAT在海马亚区中均匀分布,而CA4和DG具有最大的成熟TAT组成。ERC显示前TAT和成熟TAT的数量更接近,但成熟TAT在所有组中占主导。无偏的基于AI的物体识别、重建和TAT成熟分析流程与TDP-43、tau和ThioS多重免疫染色相结合,揭示了独特的聚集和成熟模式,突出了PART和AD神经退行过程中区域特异性的动态变化。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
在AD和PART中,TDP-43包涵体与tau缠结成熟连续体之间的关系尚不明确,本研究旨在阐明其定位、细胞和包涵体特征。
核心机制
文中未明确说明
主要证据
通过多重免疫染色和AI三维分割,在杏仁核和海马亚区发现pS396标记的成熟TAT占主导,且杏仁核-BL和ERC具有较高比例的前TAT和成熟TAT。
研究意义
研究为理解PART和AD中区域特异性的神经退行过程提供了新的见解,并展示了AI三维分割在病理定量中的潜力。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

样本收集与分组

获取包含不同病理组合的人脑组织样本,以比较TDP-43和tau病理的差异。

前瞻性招募了3例对照、3例PART-TDP、5例AD-TDP和4例AD-TDP-LBD病例,并收集了杏仁核和海马等八个区域的组织块。

2

多重免疫荧光染色

同时标记磷酸化TDP-43和不同成熟阶段的tau,以评估其空间共定位。

对组织切片进行多重免疫荧光染色,使用抗pTDP-43抗体(S409/410)和多种tau抗体(AT8、pS396、TauC3、MN423、GT38),并进行ThioS染色。

3

共聚焦成像与图像处理

采集高分辨率三维图像,用于后续AI分割和定量分析。

使用Zeiss 980 LSM共聚焦显微镜采集z-stack图像,每区域3-4个位置,间隔至少100μm,20倍物镜,z-stack包含10层1μm厚图像。然后使用Fiji/ImageJ进行最大投影和阈值化处理。

4

AI三维物体识别与定量

利用AI分割算法客观识别和定量TAT包涵体。

在AIVIA 15.0软件中,对pTDP-43、AT8、pS396和ThioS通道分别训练像素分类器,然后通过自定义工作流进行3D重建和空间关系分析,得到TAT计数和成熟度。

5

统计比较

评估不同病理组和脑区之间TAT成熟度的差异。

使用Kruskal-Wallis检验进行多组比较,Mann-Whitney U检验进行两两比较,线性回归分析总负担与TAT计数关系。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
抗磷酸化TDP-43(pS409/410)小鼠单克隆抗体CosmoBioTIP-PTD-M01
抗磷酸化TDP-43(pS409/410)兔多克隆抗体Proteintech22309-1-AP
抗AT8磷酸化tau抗体Thermo Fisher ScientificMN1020
抗tau pS396抗体Cell Signaling Technologies48856S
抗TauC3抗体(caspase cleaved tau)MilliporeMAB5430
抗tau MN423抗体Absolute AntibodyAb02389-1.1
抗tau GT38抗体Abcamab246808
Alexa Fluor 568驴抗兔IgG(H+L)二抗Jackson Immunoresearch711-575-152
Alexa Fluor 647 AffiniPure驴抗小鼠猪IgG(H+L)二抗Jackson Immunoresearch715-605-151
硫黄素SSigma-AldrichT1892
正常驴血清----
牛血清白蛋白----
Triton-X 100----
柠檬酸钠----
未偶联AffiniPure F(ab')2片段驴抗人IgG(H+L)Jackson Immunoresearch709-006-149
VECTASHIELD Vibrance抗淬灭封片剂Vector LaboratoriesH-1700
TrueBlack脂褐素自发荧光淬灭剂Biotium23007
蔡司980 LSM共聚焦显微镜Zeiss--
AIVIA 15.0软件Leica Microsystems--
Fiji/ImageJ----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
样本收集
病例纳入标准、病理诊断标准、样本数量
阅读提示:Methods 2.1 Patient recruitment
多重免疫荧光染色
抗体稀释度、抗原修复条件(如柠檬酸钠浓度、pH、温度、时间)、封闭液组成、TrueBlack处理时间
阅读提示:Methods 2.2 Multiplex immunofluorescence studies
ThioS染色
ThioS浓度、染色时间、乙醇梯度浓度及时间
阅读提示:Methods 2.3 Thioflavin S histochemistry
图像采集
显微镜型号、采集参数(如激光波长、扫描速度、层厚、层数)、图像数量及位置间隔
阅读提示:Methods 2.4 Manual burden assessment
AI分割
训练图像数量、病例来源、分类器参数、自定义工作流细节
阅读提示:Methods 2.5 3D AI-assisted object recognition