工程化亲和体
获得针对VEGF、FGF-2和PDGF不同亲和力的特异性亲和体
使用酵母表面展示库筛选亲和体,并对低亲和力VEGF亲和体进行定点突变,对PDGF亲和体进行计算设计。
Phased affinity-controlled delivery of vascular endothelial growth factor, fibroblast growth factor-2, and platelet derived growth factor enhances in vitro angiogenesis
包含蛋白工程、体外释放、细胞和MVF模型,以及基因表达和血管形态分析等多层级实验,并有功能验证。
大鼠来源完整微血管片段(MVF) 人脐静脉内皮细胞(HUVEC) 酵母表面展示文库
affibody与靶蛋白的结合亲和力(KD值范围) PEG-MAL水凝胶中affibody与生长因子的摩尔比(500:1) 生长因子加载量(17.5 pmol)及释放条件(37°C,7天) MVF培养条件(胶原蛋白I类型,生长因子处理天数3-5) 血管网络长度和分支的定量方法(ImageJ Angiogenesis Analyzer)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得针对VEGF、FGF-2和PDGF不同亲和力的特异性亲和体
使用酵母表面展示库筛选亲和体,并对低亲和力VEGF亲和体进行定点突变,对PDGF亲和体进行计算设计。
验证亲和体结合水凝胶能否控制生长因子的释放时序
将亲和体通过巯基-烯点击化学偶联到PEG-MAL水凝胶,加载生长因子,检测累积释放曲线。
比较可溶性顺序递送和凝胶递送对血管网络形成的影响
使用HUVEC管形成实验和从大鼠附睾脂肪垫分离的MVF模型,经不同处理,定量分析血管网络长度和分支。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 酵母表面展示 | M-270羧酸Dynabeads™ | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Accuri C6 Plus流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| SH800S细胞分选仪 | Sony Biotechnology | -- | |
| 细菌克隆 | pet28b+载体 | -- | -- |
| DH5alpha大肠杆菌 | New England Biolabs | -- | |
| 细菌表达 | BL21(DE3)大肠杆菌 | New England Biolabs | -- |
| 异丙基β-D-1-硫代半乳糖苷(IPTG) | GoldBio | -- | |
| 蛋白纯化 | 钴琼脂糖珠 | GoldBio | -- |
| HiPrep 16/60 200 HR层析柱 | Cytiva | -- | |
| NGC层析系统 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| 蛋白表征 | GatorPlus生物层干涉仪 | GatorBio | -- |
| Jasco J-815圆二色谱仪 | Jasco | -- | |
| 水凝胶合成 | 20 kDa四臂PEG-MAL | Laysan Bio | -- |
| 二硫苏糖醇(DTT) | -- | -- | |
| 水凝胶释放 | VEGF-165 | PeproTech | -- |
| FGF-2 | PeproTech | -- | |
| PDGF-BB | PeproTech | -- | |
| 生物素化VEGF-165 | Acro Biosystems | -- | |
| 生物素化FGF-2 | Acro Biosystems | -- | |
| 生物素化PDGF-BB | R&D Systems | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | PeproTech | -- |
| HUVEC培养 | Cultrex™低生长因子基底膜提取物 | R&D Systems | -- |
| BioTek Lionheart FX自动显微镜 | Agilent Technologies | -- | |
| MVF分离 | I型胶原酶 | Worthington | -- |
| DNase I | -- | -- | |
| MVF培养 | 大鼠I型胶原 | -- | -- |
| NucleoCounter NC-200细胞计数仪 | Chemometec | -- | |
| 成像 | CSU-W1 SoRa转盘共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
| 罗丹明标记的Griffonia (Bandeiraea) Simplicifolia凝集素I | Vector Laboratories | -- | |
| 免疫染色 | 抗α-SMA抗体(ab7817) | Abcam | -- |
| 基因表达 | TRIzol™ | Fisher Scientific | -- |
| PureLink RNA提取试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| LunaScript cDNA合成试剂盒 | New England Biolabs | -- | |
| QuantStudio™ 5实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 酵母表面展示 | 酵母菌株(EBY100)、文库规模、诱导条件(30°C,16小时),筛选轮次 阅读提示:Materials & Methods: Yeast surface display |
| 蛋白纯化 | 表达菌株(BL21(DE3))、诱导剂浓度(0.5 μM IPTG)、纯化柱(钴琼脂糖) 阅读提示:Materials & Methods: Bacterial expression and purification of affibodies |
| 水凝胶制备 | PEG-MAL分子量(20 kDa)、亲和体与生长因子比例(500:1)、交联剂DTT浓度(~74 μg) 阅读提示:Materials & Methods: Affibody-conjugated hydrogel synthesis and protein release |
| 生长因子释放 | 释放介质(0.1% BSA-PBS或MVF培养基)、温度(37°C)、时间点(0-7天) 阅读提示:Materials & Methods: Affibody-conjugated hydrogel synthesis and protein release |
| MVF实验 | 大鼠来源(退役种鼠)、胶原酶浓度(2.3 mg/mL)、MVF密度(20,000 fragments/mL)、胶原浓度(0.3% w/v) 阅读提示:Materials & Methods: Microvascular fragment (MVF) isolation, culture, and media collection |
| 基因表达分析 | RNA提取方法(TRIzol)、cDNA合成试剂盒(LunaScript)、内参基因(ACTB) 阅读提示:Materials & Methods: Gene expression analysis |