单核多组学样本制备与测序
同时获取基因表达和染色质可及性数据,以全面表征细胞状态
从11种ASD小鼠模型的E14.5、P4和P14前脑以及P4小脑制备单核悬液,使用CMO多路复用进行snRNA-seq和snATAC-seq,共分析251个样本。
Cortical development dynamics across autism spectrum disorder mouse models
研究包含多组学测序、伪时间分析、EdU标记、RNAscope、电生理记录、行为学测试等多个独立证据层级,并进行了功能验证。
11种单基因ASD小鼠模型(如Ash1l+/−、Bckdk−/−等)的脑组织 E14.5、P4和P14小鼠前脑(皮层和海马) P4小鼠小脑
样本量:各基因型和时间点样本数(如E14.5 n=3-7)及性别分布 基因型背景:C57BL/6J背景及回交次数(至少2次) 测序深度和UMI数量(平均约3900转录本等) 电生理记录条件:P7第II/III层锥体神经元,mEPSC/mIPSC记录时药物浓度(1µM TTX等) 行为测试条件:P13-15小鼠,步态分析姿势估计模型参数
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
同时获取基因表达和染色质可及性数据,以全面表征细胞状态
从11种ASD小鼠模型的E14.5、P4和P14前脑以及P4小脑制备单核悬液,使用CMO多路复用进行snRNA-seq和snATAC-seq,共分析251个样本。
鉴定并比较突变体与对照之间细胞类型比例的变化
基于标志基因进行细胞类型注释,使用scCODA和edgeR分析细胞丰度的变化。
评估突变对RG向皮层板细胞分化进程的影响
对E14.5数据进行伪时间分析,识别RG1和RG2亚群,比较突变体与WT的伪时间分布。
验证突变体中RG细胞增殖是否异常
在E14.5胚胎中注射EdU,通过CUBIC清除和流式细胞术检测EdU阳性细胞的数目。
识别突变体与WT之间共享的转录变化
在不同发育阶段和细胞类型中,使用DESeq2对伪批量数据进行差异表达分析,比较所有突变体与WT。
识别受影响的生物过程并评估突变之间的分子趋同性
使用GSEA和网络共定位分析,评估突变体之间共享的和基因型特异的通路。
研究基因表达变化上游的调控元件
使用snATAC-seq数据鉴定差异可及区域(DARs),并进行转录因子基序富集分析。
探究突变效应在不同性别中的差异
分别对雌性和雄性数据进行差异表达和富集分析,分类为合并DEG、女性偏向DEG和女性特异DEG。
验证转录组变化是否转化为功能异常
对Bckdk、HnrnpU、Trip12和Usp7突变体P7皮层II/III层锥体神经元进行全细胞膜片钳记录,测量主动和被动膜特性、动作电位、mEPSC和mIPSC。
评估小脑相关运动功能是否受损
对Bckdk−/−和Kmt5b突变体(P13-15)进行步态录制和分析,使用SLEAP进行姿态估计,衡量步幅、步长等。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单核多组学测序 | Chromium Next GEM单细胞多组学GEM试剂盒A | 10X Genomics | PN-1000232 |
| Chromium Next GEM Chip J单细胞试剂盒 | 10X Genomics | PN-1000230 | |
| Chromium Next GEM单细胞多组学凝胶珠试剂盒A | 10X Genomics | PN-1000231 | |
| SPRIselect磁珠 | Beckman Coulter | B23319 | |
| 高灵敏度DNA分析试剂盒 | Agilent Technologies | 5067-4626 | |
| NovaSeq 6000 | Illumina | -- | |
| 单核分离 | EZ裂解缓冲液 | Sigma | NUC101 |
| RNA酶抑制剂 | Sigma | 3335402001 | |
| 精密计数微球 | BioLegend | 424902 | |
| 流式细胞术 | BD LSRFortessa | BD | -- |
| EdU标记 | EdU(5-乙炔基-2'-脱氧尿苷) | -- | -- |
| Baseclick BCK-EdU555IM100+IV-M | Baseclick | BCK-EdU555IM100+IV-M | |
| Baseclick BCK-EdU488FC50+IV-S | Baseclick | BCK-EdU488FC50+IV-S | |
| 木瓜蛋白酶-DNA酶方案 | -- | -- | |
| 组织透明化 | CUBIC透明化试剂 | -- | -- |
| 组织透明化成像 | 蔡司光片显微镜7 | Zeiss | -- |
| Arivis Pro软件 | Zeiss | -- | |
| RNAscope | RNAscope多重荧光v2检测 | ACD | 323110 |
| RNAscope探针 - Pdgfra | ACD | 480661 | |
| RNAscope探针 - Slc1a3 | ACD | 430781-C3 | |
| TSA vivid荧光团520 | ACD | 323271 | |
| TSA vivid荧光团570 | ACD | 323272 | |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂 | Invitrogen | P36930 | |
| 电生理记录 | VT 1200S振动切片机 | Leica Microsystems | -- |
| P-1000拉制仪 | Sutter Instrument | -- | |
| Mini分析程序 | Synaptosoft | -- | |
| Clampfit | Molecular Devices | -- | |
| 行为学 | Basler acA3088-57µm相机 | Basler | -- |
| SLEAP | -- | -- | |
| 模型构建 | NEURON模拟器 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集与测序 | 样本量、性别、发育阶段(E14.5、P4、P14)、脑区(前脑/小脑)、CMO多路复用细节、测序深度 阅读提示:Methods: Animals, Single-nucleus multi-omics profiling |
| 细胞类型注释 | 标志基因、参考数据集、聚类参数 阅读提示:Methods: Label transfer and cell-type annotation; 图1b-d |
| 放射状胶质谱系分析 | 伪时间分析参数、RG亚群定义 阅读提示:Methods: Pseudotime analysis; 图1h-j |
| EdU标记 | EdU剂量、注射时间、固定时间、检测方法 阅读提示:Methods: Cytometry, imaging and analysis; Extended Data Fig. 2e,f' |
| 差异表达分析 | 比较类型、调整P值阈值、模型公式 阅读提示:Methods: Pseudobulk differential gene expression analysis |
| GSEA和网络分析 | 基因集数据库、FDR阈值、网络构建标准 阅读提示:Methods: Gene Ontology analysis and GSEA, Network-based analyses |
| 电生理记录 | 小鼠品系、年龄(P7)、脑区、记录溶液配方、药物浓度(TTX等) 阅读提示:Methods: Electrophysiology; 图3 |
| 行为学测试 | 动物年龄(P13-15)、录像时长、姿态估计模型参数、步态指标 阅读提示:Methods: Behavioural analysis of Bckdk-mutant and Kmt5b-mutant animals; 图6 |