全基因组CRISPRi筛选
在损伤致敏背景下鉴定影响溶酶体损伤生存的基因
在NPCC1敲除和对照K562细胞中,使用全基因组CRISPRi文库,LLOMe挑战8天,通过测序识别敏感和脱敏基因。
LASER couples damage sensing to ESCRT assembly for lysosome repair
包含全基因组CRISPRi筛选、细胞系功能验证、重组蛋白体外结合实验、免疫电镜、患者成纤维细胞验证等多层级证据,并进行了功能与机制验证。
HEK293T细胞 U2OS细胞 HeLa细胞 iPSC来源神经元 患者成纤维细胞
LLOMe浓度及处理时间:0.25 mM或0.5 mM处理5-30分钟 shRNA敲低TFG、TSG101、ATG5等基因 重组TFG1-210蛋白的PSAP突变(PSAP>AAAA)和LIR2突变(SAFDPL>SAADPA) BAPTA-AM(20 µM)和ML-SA5(4 µM)处理 患者成纤维细胞TFGR106C/R106C
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在损伤致敏背景下鉴定影响溶酶体损伤生存的基因
在NPCC1敲除和对照K562细胞中,使用全基因组CRISPRi文库,LLOMe挑战8天,通过测序识别敏感和脱敏基因。
确认TFG敲低是否增加细胞对LLOMe的敏感性
在293T细胞中敲低TFG,检测LLOMe处理后的细胞生长率和Gal3募集。
确定TFG是否影响ESCRT组分在受损溶酶体上的募集
在多种细胞系中敲低TFG,观察LLOMe处理后CHMP4B-mNG、EAP30-mNG、eGFP-UBAP1等ESCRT亚基的斑点形成,并通过内源标记验证。
确定TFG是否从ERES转位至受损溶酶体及所需条件
通过免疫荧光和免疫电镜观察TFG定位,并通过钙螯合剂、ML-SA5、VAP敲低、ATG5敲低等处理探究转位机制。
确定TFG与ATG8及TSG101的结合位点和功能重要性
通过肽段结合实验(荧光偏振)、重组蛋白下拉实验(GFP-Trap)、定点突变(LIR2, PSAP)及细胞回补实验验证相互作用和功能。
测试致病突变对ESCRT募集和膜修复的影响
在患者成纤维细胞(TFGR106C/R106C)中回补野生型或突变型TFG,检测CHMP1A募集和dextran-FITC去淬灭。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965 |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875085 | |
| 胎牛血清 | Avantor Seradigm | 97068-085 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| GlutaMax添加剂 | Gibco | 35050-061 | |
| 药物处理 | L-亮氨酰-L-亮氨酸甲酯 | Cayman | 16008 |
| BAPTA-AM | -- | -- | |
| ML-SA5 | -- | -- | |
| 转染 | PEI转染试剂 | -- | -- |
| Mirus LT1转染试剂 | Mirus Bio | MIR2304 | |
| 聚凝胺 | Millipore Sigma | TR-1003-G | |
| 蛋白质纯化 | Ni-NTA树脂 | Qiagen | 30230 |
| GST树脂 | Cytiva | 17-0756-05 | |
| 免疫荧光 | LAMP2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-18822 |
| CHMP1A抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-271617 | |
| 免疫印迹 | LC3B抗体 | Cell Signaling Technology | 3868S |
| TFG抗体 | Abcam | ab156866 | |
| TSG101抗体 | Proteintech | 67381-Ig | |
| 免疫沉淀 | 谷胱甘肽琼脂糖4B树脂 | Cytiva | 17-0756-05 |
| GFP-Trap琼脂糖珠 | -- | -- | |
| 荧光偏振 | FAM标记的p62-LIR肽 | -- | -- |
| 重组LC3B蛋白 | -- | -- | |
| 重组GABARAP蛋白 | -- | -- | |
| 显微镜 | OperaPhenix高内涵成像系统 | Perkin Elmer | -- |
| 尼康Ti-E倒置显微镜 | Nikon | -- | |
| Andor BC43转盘共聚焦显微镜 | Andor | -- | |
| TECHNAI12透射电子显微镜 | Thermo Fisher | -- | |
| 测序 | Illumina NextSeq 550测序仪 | Illumina | 20024906 |
| 蛋白质纯化 | Superdex凝胶过滤柱 | Cytiva | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、抗生素添加、培养温度、CO2浓度 阅读提示:Methods: Mammalian cell culture |
| CRISPRi筛选 | sgRNA文库覆盖度、MOI、LLOMe浓度(0.5 mM)、处理周期(2天处理/2天恢复,共8天)、细胞数量 阅读提示:Methods: Lysosomal integrity survival screen |
| TFG敲低实验 | shRNA序列、LLOMe浓度、处理时间、检测细胞系 阅读提示:Methods: Plasmids and cloning; Results: Fig. 1e-h |
| 免疫荧光共定位 | 固定方法、通透试剂、抗体稀释度、孵育时间、成像系统 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining and confocal imaging |
| 重组蛋白结合实验 | 蛋白浓度、缓冲液成分、孵育时间、检测方法 阅读提示:Methods: Equilibrium binding assay using visual immunoprecipitation |
| 荧光偏振实验 | 肽段浓度、蛋白浓度、孵育时间 阅读提示:Methods: Peptide binding and fluorescence polarization |
| 修复功能检测 | dextran浓度、孵育时间、LLOMe浓度、检测方法 阅读提示:Methods: Dextran assay for lysosomal deacidification |
| 患者成纤维细胞实验 | 细胞来源、培养条件、LLOMe浓度、回补质粒 阅读提示:Methods: Mammalian cell culture; Results: Fig. 5e-h |