病例选择与病理复核
根据WHO诊断标准筛选含≥25%鳞状成分的GBASC病例,并由两名病理专家复核确认。
回顾性收集25例GBASC手术标本,通过H&E切片和p63/p40免疫组化确认鳞状分化,评估肿瘤分期、分级及癌前病变。
Unveiling the molecular profile of adenosquamous gallbladder carcinoma: characterization of a Caucasian cohort
研究包含25例GBASC的免疫组化(PD-L1、HER2、CLDN18.2等)和靶向NGS分子分析,但主要为描述性队列分析,缺少功能验证和动物模型等更高层级证据。
25例胆囊腺鳞癌手术标本
鳞状成分比例≥25%的GBASC病例(WHO诊断标准) 免疫组化检测的抗体克隆(如PD-L1 22C3、CLDN18 43-14A等)及判读阈值(CPS、TPS、CLDN18阳性标准) 靶向NGS检测的基因panel(Archer VariantPlex solid tumor panel,覆盖67个基因) DNA起始量(250 ng)和测序平台(NextSeq-550Dx)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
根据WHO诊断标准筛选含≥25%鳞状成分的GBASC病例,并由两名病理专家复核确认。
回顾性收集25例GBASC手术标本,通过H&E切片和p63/p40免疫组化确认鳞状分化,评估肿瘤分期、分级及癌前病变。
评估预测性生物标志物(PD-L1、MMR、HER2、CLDN18.2)的表达状态。
对FFPE切片进行免疫组化染色,使用特定抗体克隆和判读标准评估PD-L1(CPS/TPS)、MMR蛋白、HER2(Hoffman评分)和CLDN18.2表达。
检测67个癌症相关基因的突变、插入缺失和拷贝数变异,描绘分子图谱。
从FFPE标本中提取DNA,使用Archer VariantPlex固体肿瘤panel构建文库,在NextSeq-550Dx平台测序,并通过Archer Analysis软件分析变异。
分析临床病理特征与分子/免疫组化特征之间的关联。
使用卡方检验、t检验或ANOVA检验评估变量间差异。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | Bond聚合物精制检测试剂盒 | Leica Biosystems | -- |
| BOND-MAX自动化免疫组化染色仪 | Leica Biosystems | -- | |
| p40抗体 | Leica Biosystems | BC28 | |
| p63抗体 | Bio Optica | BC4A4 | |
| HER2抗体 | Roche-Diagnostics-Ventana | 4B5 | |
| MLH1抗体 | Dako-Agilent Technologies | ES05 | |
| PMS2抗体 | Dako-Agilent Technologies | EP51 | |
| MSH2抗体 | Dako-Agilent Technologies | 79H11 | |
| MSH6抗体 | Dako-Agilent Technologies | EP49 | |
| PD-L1抗体 | Dako-Agilent Technologies | 22C3 | |
| Claudin 18抗体 | Roche Diagnostics-Ventana | 43-14A | |
| DNA提取 | QIAmp FFPE组织试剂盒 | Qiagen | -- |
| DNA定量 | Qubit 4.0荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Qubit高灵敏度DNA检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DNA质量评估 | Archer PreSeq DNA QC检测 | Archer Integrated DNA Technology | -- |
| 文库制备 | Archer VariantPlex实体瘤panel | Archer Integrated DNA Technology | -- |
| 文库质量控制 | TapeStation 4200 | Agilent Technologies | -- |
| D1000高灵敏度试剂 | Agilent Technologies | -- | |
| 测序 | NextSeq-550Dx平台 | Illumina | -- |
| NextSeq 500/550中输出试剂盒V2.5 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病例选择与病理复核 | 纳入≥25%鳞状成分的GBASC病例;H&E切片复核;p63/p40免疫组化确认 阅读提示:Methods: Case Selection; 图1 |
| 免疫组化分析 | 使用的抗体克隆、染色平台、判读阈值(PD-L1 CPS/TPS、HER2 Hoffman评分、CLDN18.2 cut-off≥75% 2+/3+) 阅读提示:Methods: Immunohistochemical Analysis; 表1 |
| 靶向测序 | DNA起始量(250ng)、panel覆盖基因(67个)、测序平台和试剂盒、变异分析流程 阅读提示:Methods: Targeted Next-Generation Sequencing; 表S1 |
| 统计分析 | 统计检验类型、显著性水平(P<0.05) 阅读提示:Methods: Statistics |