病例收集和病理回顾
建立全国性多中心髓母细胞瘤队列并进行中心化病理诊断
从39家机构收集1996-2018年间的MB患者,进行中心病理回顾(三位神经病理学家),基于HE和免疫组化,依据2021 WHO分类诊断。
Molecular and clinical features of a Japanese medulloblastoma cohort: Subgroup-specific prognostic stratification using economical/accessible diagnostic methods
多层级验证:NanoString和DNA甲基化阵列进行分子分类,MLPA和CNV微阵列进行拷贝数分析,Sanger测序和NGS检测基因突变,并利用公共数据集GSE85212进行外部验证,涵盖临床病理和生存分析。
242例髓母细胞瘤患者队列 GSE85212公开数据集(377例Group 3/4)
242例患者,覆盖WNT、SHH、Group 3和Group 4亚组 使用NanoString(265例)和DNA甲基化阵列(74例)进行分子分类 CTNNB1、TP53、TERTp的Sanger测序,PTCH1、SUFU、SMO的NGS测序 MLPA和CNV微阵列进行拷贝数分析 生存分析采用Kaplan-Meier和Cox回归,p<0.05为显著
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立全国性多中心髓母细胞瘤队列并进行中心化病理诊断
从39家机构收集1996-2018年间的MB患者,进行中心病理回顾(三位神经病理学家),基于HE和免疫组化,依据2021 WHO分类诊断。
确定每个肿瘤的分子亚组(WNT、SHH、Group 3、Group 4)
使用NanoString nCounter系统(22个MB亚组特异性基因)进行表达谱分析,并在亚组中通过DNA甲基化阵列(EPIC或450K)验证;使用DKFZ分类器进行甲基化分类。
检测关键基因突变和拷贝数变异
通过Sanger测序检测CTNNB1、TP53和TERT启动子突变;通过NGS检测PTCH1、SUFU、SMO突变;通过MLPA和CNV微阵列检测拷贝数变异。
评估亚组和分子标志物对总体生存的影响
使用Kaplan-Meier方法进行生存分析,并用log-rank检验和Cox比例风险模型评估亚组差异和分子标志物(如TP53、MYC、MYCN等)的预后意义。
开发一种基于MLPA的简化方法用于非WNT/非SHH MB的预后分层,并在独立队列中验证
基于MLPA分析7p、7q、8p、8q、11p、11q六个位点的拷贝数,定义SEE-6-CNA模式(至少一个7号染色体获得和一个8或11号染色体缺失),在JPMNG队列中验证预后关联,并使用GSE85212数据集进行外部验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 分子分类 | NanoString nCounter系统 | NanoString Technologies Inc. | -- |
| Illumina Infinium HumanMethylationEPIC BeadChip | Illumina | -- | |
| 基因突变分析 | Ion Proton系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 拷贝数分析 | Affymetrix CytoScan 750K芯片 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Affymetrix CytoScan HD芯片 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| MLPA方法 | MRC Holland | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 分子分类 | NanoString分析使用的基因组合(22个基因)和DNA甲基化阵列的类型(EPIC或450K) 阅读提示:Methods 2.3 Molecular subgrouping |
| 基因突变分析 | Sanger测序的目标区域(CTNNB1、TP53、TERTp)和NGS平台(Ion Proton) 阅读提示:Methods 2.4 DNA sequencing |
| 拷贝数分析 | MLPA方法(SALSA MLPA)和CNV微阵列平台(Affymetrix CytoScan) 阅读提示:Methods 2.5 DNA copy number analysis |
| 生存分析 | OS定义(至任何原因死亡时间)和统计软件(R版本4.4.3,JMP Pro 17) 阅读提示:Methods 2.7 Statistical analysis |