病例收集与病理评估
收集并确认GP/MP和BA病例,为后续分析奠定基础。
从病理数据库中选取20例具有GP/MP或BA特征的肺肿瘤,由两位经验丰富的胸科病理学家重新评估H&E和免疫组化切片,诊断依据WHO第5版标准。
Bronchiolar adenoma and glandular papilloma/mixed squamous cell and glandular papilloma represent a continuous disease spectrum: revelations from combined histological and genetic analysis
结合临床病理学、免疫组化和靶向NGS分析20例GP/MP/BA,包含形态学分组、临床特征统计及基因突变谱分析,但无功能实验和动物模型,样本量较小。
GP/MP病例 BA病例 FFPE组织样本
20例GP/MP/BA肿瘤样本,需核实诊断标准及分组依据 NGS检测使用Tetradecan非小细胞肺癌热区Panel,含14个肿瘤相关基因,需核实基因覆盖范围 VAF截止值为1%,需核实突变判定标准 BRAF、AKT1、EGFR、KRAS等突变频率,需核实具体病例的突变类型和频率
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集并确认GP/MP和BA病例,为后续分析奠定基础。
从病理数据库中选取20例具有GP/MP或BA特征的肺肿瘤,由两位经验丰富的胸科病理学家重新评估H&E和免疫组化切片,诊断依据WHO第5版标准。
基于组织学特征对病例进行分类,以观察是否存在形态学谱系。
根据三个关键组织学特征(病变与支气管/细支气管的空间关系、组织结构、上皮分化)将病例分为三组:A组经典GP/MP、C组腺为主BA、B组过渡形态(B1、B2、B3亚组)。
检测GP/MP和BA中的驱动基因突变,以确定遗传特征。
从FFPE样本提取DNA,使用Tetradecan非小细胞肺癌热区Panel(覆盖14个基因)进行靶向NGS,平均测序深度×8840。
比较不同组间的临床病理特征和基因突变频率的差异。
使用卡方检验或Fisher精确检验比较基因突变频率、年龄、性别、肿瘤大小等变量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | p40抗体 | -- | -- |
| CK5/6抗体 | -- | -- | |
| 分子分析 | RC1004一步法核酸提取试剂盒 | -- | -- |
| Concert 24自动化核酸纯化系统 | -- | -- | |
| Nanodrop分光光度计 | -- | -- | |
| Qubit荧光计 | -- | -- | |
| Qsep100系统 | -- | -- | |
| Tetradecan非小细胞肺癌热点Panel | -- | -- | |
| Illumina NextSeq 550Dx平台 | Illumina | -- | |
| 数据分析 | LIMS软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病例选择与病理评估 | 病例诊断标准(WHO第5版),肿瘤类型(GP/MP或BA),组织学分组标准 阅读提示:Materials and Methods, Patients and Clinicopathological Analysis |
| NGS分析 | DNA提取方法,Panel包含的基因,测序平台,VAF阈值,平均测序深度 阅读提示:Materials and Methods, Molecular Analysis |
| 统计分析 | 统计学检验方法(卡方或Fisher),显著性水平,软件(SPSS版本) 阅读提示:Materials and Methods, Statistical Analysis |