通过CRISPR-Cas9生成D65A cTnC iPSC细胞系
消除钙激活的肌节收缩,从而研究收缩性在心肌细胞发育中的作用。
使用CRISPR-Cas9在iPSC中引入TNNC1基因的D65A纯合突变,并通过测序确认。
Contractility Drives Cardiomyocyte Maturation and the Response to Nanopatterns
包含基因编辑细胞模型、体外分化成熟、成像、代谢、钙瞬变分析、质谱蛋白质组学、纳米图案干预等多个独立证据层级,并涉及功能验证(收缩缺失、代谢)和机制验证(蛋白表达、通路)。
人iPSC来源心肌细胞(WT型) 人iPSC来源心肌细胞(D65A cTnC突变型) 纳米图案培养系统
D65A突变纯合性需通过测序确认 细胞在第14天重新接种,第46天接种到纳米图案上,培养至第60天 纳米图案规格:沟槽高600 nm,宽400 nm,间距约800 nm D65A细胞未观察到自发收缩,WT细胞约第7天出现 质谱样品采集时间点:第5、7、14、30、60天,n=3次分化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
消除钙激活的肌节收缩,从而研究收缩性在心肌细胞发育中的作用。
使用CRISPR-Cas9在iPSC中引入TNNC1基因的D65A纯合突变,并通过测序确认。
获得足够数量的WT和D65A cTnC心肌细胞用于后续分析。
iPSC通过双相Wnt调节方案分化为心肌细胞,并在培养中成熟至第60天。
评估肌节形成、组织结构和收缩行为的差异。
通过免疫荧光染色(α-肌动蛋白、肌联蛋白等)、透射电子显微镜和活细胞成像观察肌节结构和收缩性。
评估收缩性缺失对心肌细胞钙处理的影响。
使用Fura-2-AM负载细胞,通过IonOptix系统测量钙瞬变。
比较WT和D65A cTnC心肌细胞在成熟过程中的蛋白质表达变化,并评估纳米图案的影响。
在不同时间点收集细胞,进行质谱分析,并进行主成分分析和基因本体论富集分析。
测试外部机械信号(纳米图案)是否能补偿收缩性的缺失并影响心肌细胞成熟。
将WT和D65A cTnC心肌细胞在第46天重新接种到纳米图案或平表面上,在第60天分析结构和蛋白质表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分化 | 基质胶 | -- | -- |
| mTeSR-1培养基 | -- | -- | |
| Y-27632 ROCK抑制剂 | Selleck Chemicals | -- | |
| CHIR99021 | Cayman | -- | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | -- | |
| L-抗坏血酸 | Sigma | -- | |
| Wnt-C59 | Selleck Chemicals | -- | |
| 含胰岛素的B27添加剂 | -- | -- | |
| 0.25%胰蛋白酶 | -- | -- | |
| Versene | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 无葡萄糖DMEM | -- | -- | |
| L-乳酸钠 | -- | -- | |
| 细胞培养 | 基质胶包被的培养板 | -- | -- |
| 重新接种 | 纳米图案表面 | CuriBio | ANFS-CS25 |
| 成像分析 | 鬼笔环肽-488 | Thermo | -- |
| 免疫染色 | 肌节α-肌动蛋白抗体 | Sigma | ab137346 |
| 纽蛋白抗体 | Sigma | V9131 | |
| 心肌肌钙蛋白C抗体 | Abcam | Ab137130 | |
| 心肌肌钙蛋白T抗体 | Abcam | ab8295 | |
| Ki-67抗体 | Cell Signaling | 9949 | |
| 极光激酶B抗体 | Abcam | ab2254 | |
| AlexaFluor标记的二抗 | Life Technologies | -- | |
| 核染色 | Hoechst 33342 | Thermo Scientific | -- |
| 封片 | Mowliol封片剂 | -- | -- |
| 钙瞬变分析 | Fura-2-AM | Thermo Scientific | -- |
| 质谱分析 | TrypLE Express酶 | -- | -- |
| 胰蛋白酶/LysC | -- | -- | |
| Sep-Pak tC18 1 cc真空柱 | Waters | WAT036820 | |
| Vanquish Neo超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher | -- | |
| c18 PepMap色谱柱 | Thermo Fisher | P/N 160454 | |
| Orbitrap Eclipse Tribrid质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 代谢分析 | Seahorse XF细胞线粒体压力测试 | -- | -- |
| 数据处理 | Proteome Discoverer 2.5 | Thermo Fisher | -- |
| 数据分析 | Prism 11 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞分化 | iPSC细胞系来源和代数;Matrigel包被浓度;Y-27632浓度(10 μM);CHIR99021浓度(分化前1 μM,分化第0天5 μM);Wnt-C59浓度(2 μM);RBA培养基成分;心肌细胞维持培养基(RPMI 1640 + B27含胰岛素);第14天细胞消化时间和酶比例;重新接种密度(428,500 cells/cm²);代谢纯化期间无葡萄糖DMEM中乳酸钠浓度(4 mM) 阅读提示:方法部分“iPSC-心肌细胞生成和成熟方案” |
| 成像分析 | 细胞接种密度(3,000 cells/cm²);固定前处理(25 μM blebbistatin 30分钟);固定剂浓度和时间(4% PFA 15分钟);封闭液成分;一抗浓度和孵育时间;二抗浓度;核染色Hoechst 33342浓度(10 μM);成像设备(Nikon A1R共聚焦显微镜) 阅读提示:方法部分“成像和图像分析” |
| 钙瞬变分析 | Fura-2-AM浓度(0.2 μM);Tyrode缓冲液钙浓度(1.8 mM);装载时间(15分钟);冲洗时间(15分钟);刺激频率(0.5 Hz);分析软件(IonWizard) 阅读提示:方法部分“钙瞬变分析” |
| 蛋白质组学分析 | 样本采集时间点(第5、7、14、30、60天);生物学重复(n=3分化);细胞裂解液成分;蛋白定量方法(BSA比色法);还原和烷基化条件(DTT和IAA浓度和时间);酶解条件(Trypsin/LysC,1:50 wt/wt,37°C 16-18小时);TFA终止浓度(0.15%);脱盐柱使用;质谱参数(梯度、仪器);数据分析软件(Proteome Discoverer 2.5)和搜索参数(FDR等) 阅读提示:方法部分“质谱和分析” |
| 纳米图案处理 | 纳米图案规格(高600 nm,宽400 nm,间距约800 nm);重新接种密度(3,000 cells/cm²);培养时间(2周);纳米图案涂层(Matrigel) 阅读提示:方法部分“iPSC-心肌细胞生成和成熟方案”和“成像和图像分析” |