人类纤维化皮肤转录组分析
评估人类纤维化疾病(SSc、瘢痕疙瘩、局限性硬皮病)中从头脂质新生(DNL)基因的表达变化。
对PRESSS队列(GSE130955)、瘢痕疙瘩(GSE90051)、局限性硬皮病(GSE153011)以及C-82临床试验(GSE94340)的皮肤转录组数据进行差异表达分析,检测DNL酶基因(FASN、ACACA、SCD2等)的表达。
Lipodystrophy and adipose tissue recovery are mediated by the Wnt/lipogenesis axis during skin fibrosis
研究包含人类样本(SSc、瘢痕疙瘩)转录组分析、小鼠遗传模型(βcatistab)和化学模型(博来霉素)的体内实验,以及体外分化脂肪细胞的功能验证和机制研究。
β-catistab小鼠(En1-Cre; Rosa26-rTA-EGFP; TetO-ΔN89-myc-β-catenin) BALB/c小鼠博来霉素诱导皮肤纤维化模型 人SSc皮肤活检(病程<1年) 人瘢痕疙瘩皮肤样本 体外分化的小鼠真皮脂肪细胞(SVF分化)
β-catistab小鼠的诱导时间(5天激活、10天逆转)和停药时机 FASN抑制剂TVB3664的剂量(3 mg/kg)和给药方式(口服灌胃,每日一次,持续10天) 博来霉素剂量(1 mg/ml,每日皮下注射100 μl,持续14天) 人类样本的疾病病程(SSc病程<1年)及数据类型(bulk RNA-seq) 体外实验中Wnt激动剂(CHIR99021 7 μm或BML284 20 μm)及FASN抑制剂浓度(TVB2640 10 μm、TVB3166 250 μm)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估人类纤维化疾病(SSc、瘢痕疙瘩、局限性硬皮病)中从头脂质新生(DNL)基因的表达变化。
对PRESSS队列(GSE130955)、瘢痕疙瘩(GSE90051)、局限性硬皮病(GSE153011)以及C-82临床试验(GSE94340)的皮肤转录组数据进行差异表达分析,检测DNL酶基因(FASN、ACACA、SCD2等)的表达。
检测体内Wnt激活对成熟真皮脂肪细胞DNL基因表达的早期影响。
通过β-catistab小鼠诱导Wnt激活2天和5天,分离真皮脂肪细胞进行bulk RNA-seq,分析DNL相关基因表达变化及通路富集。
验证Wnt信号对DNL的抑制是否细胞自主性,并测试FASN抑制是否足以模拟Wnt诱导的脂肪营养不良。
分化的小鼠真皮脂肪细胞用Wnt激动剂(CHIR99021或BML284)或FASN抑制剂(TVB2640)处理5天,检测脂质积累(Oil Red O、LipidSpot)、FASN表达、甘油三酯含量及13C-乙酸掺入。
验证体内Wnt激活和博来霉素诱导的纤维化中FASN蛋白下调。
通过免疫荧光检测β-catistab小鼠(5天激活)和博来霉素处理小鼠(14天)DWAT中PLIN1+脂肪细胞中FASN的表达。
评估Wnt信号撤回后FASN表达是否恢复。
β-catistab小鼠激活21天后停止诱导10天,分析DWAT厚度、脂肪细胞大小和FASN阳性细胞比例。
测试FASN介导的DNL是否对纤维化恢复期DWAT和ECM的恢复至关重要。
在β-catistab小鼠逆转期(激活21天后停止诱导)给予FASN抑制剂TVB3664(3 mg/kg,口服,每日一次,持续10天),分析DWAT厚度、脂肪细胞形态、甘油三酯含量、脂质组学、ECM成分和力学性能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA-seq | TRIzol试剂 | -- | -- |
| RNA级糖原 | Thermo Fisher Scientific | FERR0551 | |
| Universal Plus mRNA测序试剂盒 | NuGEN/Tecan | 0520 | |
| HiSeq 4000测序仪 | Illumina | -- | |
| NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Agilent Tape Station 4200 | Agilent | -- | |
| 药物处理 | 博来霉素 | TLC Standards | B-190006 |
| 体内FASN抑制 | TVB3664 | MedChemExpress | HY-120062 |
| 体外FASN抑制 | TVB2640 | MedChemExpress | HY-120394 |
| TVB3166 | MedChemExpress | HY-112829 | |
| 13C标记实验 | 13C2乙酸钠 | Sigma-Aldrich | 282,014 |
| 体外Wnt激活 | CHIR99021 | Cayman Chemical Company | 13122 |
| BML284 | Cayman Chemical Company | 19903 | |
| 成像 | 原子力显微镜 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | β-catistab小鼠品系及诱导方案:En1-Cre; Rosa26-rTA-EGFP; TetO-ΔN89-myc-β-catenin,多西环素诱导时间(5天或21天)和剂量(文中未明确说明)。 阅读提示:Methods: Animals; Figure 3A, 5A |
| 药物处理 | 博来霉素剂量(1 mg/ml,100 μl,皮下注射,每日一次,持续14天);FASN抑制剂TVB3664剂量(3 mg/kg,口服,每日一次,持续10天)。 阅读提示:Methods: In vivo FASN inhibition; Figure 5A |
| 体外细胞实验 | Wnt激动剂CHIR99021(7 μM)或BML284(20 μM)处理5天;FASN抑制剂TVB2640(10 μM)处理5天;13C-乙酸标记浓度(250 μM,48小时)。 阅读提示:Methods: In vitro FASN inhibition; In vitro 13C acetate labeling; Figure 2H |
| 组织学分析 | DWAT厚度测量,脂肪细胞形态参数(面积、周长、圆度)的量化方法(ImageJ/CellPose),胶原染色方法(Masson Trichrome,Picrosirius red)及定量软件(TWOMBLI,AFT)。 阅读提示:Figure legends 4B-4E, 6B-6E; Supplementary Methods |
| 脂质分析 | 甘油三酯测定方法,靶向脂质组学分析的样品制备及检测参数(文中未明确说明具体仪器和参数),NEFA提取和衍生化条件。 阅读提示:Methods: In vitro 13C acetate labeling, lipidomics, tracer studies, and triglyceride assays; Figure 5F,G |