样本收集与处理
获取子宫内膜和外周血样本用于免疫细胞分析。
采集外周血样本,子宫内膜活检样本,进行PBMC分离和子宫内膜组织消化成单细胞悬液。
Deep immune profiling of endometrial and peripheral blood cells in endometriosis
包含光谱流式细胞术深度免疫表型分析、多重免疫组织化学成像和验证panel,但缺乏动物模型或功能验证。
子宫内膜异位症患者和对照者的子宫内膜活检样本 外周血样本
光谱流式细胞术panel设计(36参数和13参数MAIT特异性panel) 月经周期阶段划分(四个季度和着床窗口) 样本处理和分析流程(机械消化、密度梯度离心、冷冻保存) 统计分析(DESeq2,P.adj < 0.05和|log2FC|>1) 混杂因素控制(年龄、BMI、流产史、活产史)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取子宫内膜和外周血样本用于免疫细胞分析。
采集外周血样本,子宫内膜活检样本,进行PBMC分离和子宫内膜组织消化成单细胞悬液。
全面评估子宫内膜和外周血免疫细胞亚群的分布和表型特征。
使用36参数panel和13参数MAIT特异性panel进行光谱流式细胞术分析,通过UMAP和FlowSOM聚类识别免疫细胞亚群。
比较子宫内膜异位症患者与对照者之间以及不同月经周期阶段的免疫细胞亚群差异。
使用DESeq2比较细胞簇计数,分析不同组间的差异,并探索月经周期阶段、年龄、BMI、流产史和活产史的影响。
观察子宫内膜免疫细胞的空间分布和组织定位。
对全层子宫内膜活检样本进行多重免疫组织化学染色,使用ZellScannerONE™ ChipCytometry™成像。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与处理 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| Iscove改良Dulbecco培养基 | Sigma | -- | |
| 青霉素/链霉素/谷氨酰胺 | Sigma | -- | |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 样品处理 | Lymphoprep™密度梯度分离液 | Gen Group | -- |
| Endocell®一次性细胞取样器 | Cooper Surgical | -- | |
| 细胞培养与处理 | Zombie NIR活力染料 | Biolegend | -- |
| Zombie Aqua活力染料 | Biolegend | -- | |
| Brilliant Stain Buffer Plus | BD Bioscience | -- | |
| True-Stain单核细胞阻断剂 | Biolegend | -- | |
| 细胞染色缓冲液 | Biolegend | -- | |
| FluoroFix™缓冲液 | Biolegend | -- | |
| 样品处理 | 锂/钠肝素真空采血管 | BD Biosciences | -- |
| 流式细胞术 | Cytek® Aurora | Cytek Biosciences | -- |
| Cytek® Northern Lights | Cytek Biosciences | -- | |
| SpectroFlo®软件 | Cytek Biosciences | -- | |
| 多重免疫组织化学 | ZellScannerONE™ ChipCytometry™ | Canopy Biosciences | -- |
| Zellsafe组织芯片 | Zellkraftwerk | -- | |
| ZellExplorer软件 | Canopy Biosciences | -- | |
| 流式细胞术 | OmiqM | Dotmatics | -- |
| 细胞培养与处理 | 磷酸盐缓冲液 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本采集与处理 | 外周血采集时间、子宫内膜活检方法、样本处理时限、消化培养基配方 阅读提示:Materials and methods: Study design and ethical approval; Deep immune phenotyping: sample collection and processing |
| 流式细胞术分析 | 光谱流式细胞术panel设计、染色步骤、抗体滴定、数据采集参数 阅读提示:Materials and methods: Spectral flow cytometry panel design; Immune cell staining for flow cytometry; Flow cytometry data acquisition |
| 数据分析和统计 | 数据处理流程(flowAI、fdaNorm)、聚类方法(FlowSOM、UMAP)、差异分析(DESeq2)及统计阈值 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry data processing; Flow cytometry data analysis |
| 多重免疫组织化学 | 组织处理、抗体浓度、抗原修复、成像参数 阅读提示:Materials and methods: Immune cell staining using multiplex immunohistochemistry |