样本收集与处理
获取AD和对照组视网膜及海马组织,为蛋白质组学分析提供样本。
从荷兰脑库获取8例AD和8例对照的视网膜及海马组织,部分对照缺乏海马;视网膜取自上鼻区域,海马取自CA1区,并进行冷冻保存。
Retinal proteome changes mirror brain pathology and reveal synaptic and cytoskeletal dysfunction in Alzheimer's disease
研究包含基于质谱的蛋白质组学分析、免疫荧光验证、跨组织比较、细胞类型映射和通路富集,形成了从分子表型到功能验证的多个独立证据层级。
AD患者尸检视网膜组织 AD患者尸检海马组织 非痴呆对照的视网膜和海马组织
AD与对照的视网膜和海马组织样本 Lysis和RIPA双重提取方案 质谱分析流程及数据预处理 免疫荧光验证的抗体和浓度 统计模型中的协变量(年龄、性别)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取AD和对照组视网膜及海马组织,为蛋白质组学分析提供样本。
从荷兰脑库获取8例AD和8例对照的视网膜及海马组织,部分对照缺乏海马;视网膜取自上鼻区域,海马取自CA1区,并进行冷冻保存。
提取不同溶解性的蛋白质,全面覆盖细胞内外及不同区室的蛋白质。
采用Lysis缓冲液和RIPA缓冲液对组织进行顺序提取,分别收集上清,用于后续质谱分析。
鉴定和定量视网膜及海马中的蛋白质。
蛋白质经还原、烷基化、酶解后,进行LC-MS/MS分析,使用数据依赖采集,通过Proteome Discoverer搜索鉴定蛋白质并定量。
比较AD和对照组蛋白质丰度,识别差异蛋白及共享通路。
使用线性混合效应模型分析差异丰度,PCA、功能富集、相关性等分析,并利用单细胞参考数据映射细胞类型。
验证质谱发现的差异蛋白在视网膜中的表达,确认结果的可靠性。
对AD和对照组视网膜切片进行免疫荧光染色,检测SORL1、APMAP、PACSIN3的表达,并量化信号强度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织处理 | O.C.T.包埋剂 | Vector Laboratories | -- |
| 活检打孔器 | Kai Medical | -- | |
| 蛋白质提取 | Bullet Blender Storm Pro | Next Advance, Inc. | BT24M |
| 裂解缓冲液 | -- | -- | |
| RIPA缓冲液 | -- | -- | |
| 蛋白质消化 | 胰蛋白酶 | Promega | -- |
| 质谱分析 | Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Vanquish Neo超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Acclaim PepMap 100 C18预柱 | Thermo Scientific | -- | |
| EASY-Spray C18色谱柱 | -- | ES902 | |
| Proteome Discoverer 2.5 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫荧光 | Omnipore膜 | Merck | -- |
| 羊抗兔549 | Invitrogen | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| Vectashield Set封片剂 | Vector Laboratories | -- | |
| Zeiss LCM 800 | Zeiss | -- | |
| Olympus AX70 | Olympus | -- | |
| anti-SORL1抗体 | Abcam | EPR23262-4 | |
| anti-APMAP抗体 | Sigma-Aldrich | HPA012863 | |
| anti-PACSIN3抗体 | Proteintech | 10639-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 确认AD和对照的诊断标准、组织来源、视网膜区域(上鼻)和海马区域(CA1) 阅读提示:Methods: Tissue samples and donor information |
| 蛋白质提取 | Lysis和RIPA缓冲液的具体成分、提取顺序、离心参数 阅读提示:Methods: Processing of retinal and hippocampal samples for mass spectrometry |
| 质谱分析 | 色谱梯度、质谱采集参数、数据库搜索和定量方法 阅读提示:Methods: Liquid chromatography–tandem mass spectrometry (LC–MS/MS) analysis |
| 数据预处理 | 过滤标准(FDR, 独特肽数, 检测率)、归一化方法、缺失值插补参数 阅读提示:Methods: Preprocessing |
| 差异丰度分析 | 线性混合效应模型的固定效应和随机效应、协变量(年龄、性别) 阅读提示:Methods: Statistical analyses |
| 免疫荧光验证 | 抗体克隆号、稀释比例、孵育时间、图像采集和量化参数 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining |