招募与分组
比较GDM孕妇与健康孕妇的阴道菌群差异
在三级医院招募新诊断、仅饮食控制的GDM孕妇60例和健康对照119例,采集孕晚期阴道拭子。
Gardnerella enrichment in the vaginal microbiome of women with gestational diabetes mellitus is associated with lower fetal birthweight percentiles
研究包含病例对照样本的16S rRNA测序、组间菌群比较、临床指标相关性分析及亚组分析,但未进行功能实验验证机制。
60例新诊断、仅饮食控制的GDM孕妇 119例健康孕妇对照 孕晚期阴道拭子样本
GDM组和对照组各60例和119例 阴道拭子于孕晚期35-38周采集 16S rRNA基因全长测序 FBG、1h和2h血糖检测 FBW%ile按INTERGROWTH-21st标准计算
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较GDM孕妇与健康孕妇的阴道菌群差异
在三级医院招募新诊断、仅饮食控制的GDM孕妇60例和健康对照119例,采集孕晚期阴道拭子。
表征两组阴道菌群的组成和结构差异
提取阴道拭子DNA,扩增16S rRNA全长基因,进行PacBio测序,分析α多样性、β多样性、差异丰度和功能预测。
评估阴道菌群与母体血糖和胎儿生长的关联
使用Spearman相关分析评估关键菌属丰度与FBG、FBW%ile等指标的相关性,并进行性别分层和FBW%ile分层分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本采集 | 植绒拭子 | BKMAM Biotech. | -- |
| DNA提取 | FastPure粪便DNA提取试剂盒 | MJYH | -- |
| DNA质量检测 | NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| PCR扩增 | T100热循环仪 | Bio-Rad | -- |
| PCR产物纯化 | PCR纯化试剂盒 | YuHua | -- |
| 文库构建 | SMRTbell文库构建试剂盒3.0 | Pacific Biosciences | -- |
| 测序 | PacBio Revio测序系统 | Pacific Biosciences | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 研究设计与参与者 | GDM组和对照组的样本量、匹配条件(GAS±2周)、排除标准(近期抗生素使用等) 阅读提示:Methods-Study design and participants |
| 样本采集 | 阴道拭子采集时间(孕晚期35-38周)、采集方法(后穹隆) 阅读提示:Methods-Vaginal sample collection |
| DNA提取和测序 | DNA提取试剂盒、16S引物、PCR条件、测序平台、OTU聚类和抽平深度(20,368序列/样本) 阅读提示:Methods-DNA extraction, amplification and sequencing |
| 差异丰度分析 | MaAsLin3模型固定效应和协变量(年龄、GAS)、FDR阈值(q<0.20) 阅读提示:Methods-Bioinformatic analysis |
| 统计关联分析 | Spearman相关分析、亚组分层(FBW%ile<50% vs ≥50%)、极端值排除标准(Gardnerella>80%) 阅读提示:Methods-Statistical analysis and Results |