HBV感染对miR-4461表达的体外验证
验证HBV感染或表达是否影响肝细胞中miR-4461的水平。
在HuH7、HepG2细胞中转染HBV表达质粒,或在原代人肝细胞中感染HBV颗粒,然后通过RT-qPCR检测miR-4461和宿主基因PCBD2的表达。
HBV-induced miR-4461 downregulation correlates with elevated fibrinogen alpha chain expression in hepatocellular carcinoma
包含体外细胞模型(HuH7、HepG2、PHH)、功能验证(CCK-8增殖)、机制验证(双荧光素酶报告基因)和临床样本分析(患者血浆),且涉及多个独立证据层级。
HuH7细胞 HepG2细胞 原代人肝细胞(PHH) 慢性病毒性肝炎患者队列
HBV表达质粒(pUC19/C_JPNAT)或HBV感染(1×10^5 copies) miR-4461 mimic(GAUUGAGACUAGUAGGGCUAGGC)或AS-miR-4461(GCCTAGCCCTACTAGTCTCAATC)转染 FGA 3'UTR报告基因(野生型或突变型) 患者队列分组(HBV/HCV±HCC)及HBV-HCC手术前后配对样本
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证HBV感染或表达是否影响肝细胞中miR-4461的水平。
在HuH7、HepG2细胞中转染HBV表达质粒,或在原代人肝细胞中感染HBV颗粒,然后通过RT-qPCR检测miR-4461和宿主基因PCBD2的表达。
评估miR-4461过表达或抑制对肝细胞增殖的影响。
在HuH7和HepG2细胞中转染miR-4461 mimic或反义寡核苷酸,使用CCK-8试剂盒在48小时检测细胞增殖。
确定HBV中哪个基因负责抑制miR-4461表达。
将只表达HBV单个基因(PreC/C、PreS/S、POL、X)的质粒转染至HuH7和HepG2细胞,检测miR-4461的表达水平。
筛选并验证miR-4461的下游靶基因,特别是FGA。
通过TargetScan、miRDB和Tarbase数据库预测靶基因,并在HuH7和HepG2细胞中通过miR-4461 mimic或AS-miR-4461处理,然后通过免疫印迹检测候选蛋白(CYP2C8、LBP、FGA)的表达。
验证miR-4461是否直接结合FGA mRNA的3'非翻译区。
将含有野生型或突变型FGA 3'UTR的报告质粒与miR-4461表达质粒或对照共转染至HeLa细胞,检测荧光素酶活性。
评估miR-4461和FGA在慢性病毒性肝炎(包括HBV相关HCC)患者中的临床相关性。
采集HBV或HCV感染伴或不伴HCC患者的血浆,通过RT-qPCR检测miR-4461,通过ELISA检测FGA;在HBV-HCC患者中,检测手术切除前后FGA水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 质粒构建 | pUC19/C_JPNAT质粒 | -- | -- |
| 质粒大量提取试剂盒 | Qiagen | -- | |
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Sigma | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| HEPES | -- | -- | |
| 碳酸氢钠 | -- | -- | |
| L-脯氨酸 | -- | -- | |
| 胰岛素 | -- | -- | |
| 地塞米松 | -- | -- | |
| 表皮生长因子 | -- | -- | |
| 抗坏血酸-2-磷酸 | -- | -- | |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Fugene6转染试剂 | Promega | -- |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| HBV感染 | 聚乙二醇8000 | Promega | -- |
| RNA提取 | ISOGEN RNA提取试剂 | FUJIFILM | -- |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | FUJIFILM | -- |
| RT-qPCR | TaqMan MicroRNA检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| SuperScript IV逆转录酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| TaqMan基因表达检测 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| TaqMan通用PCR预混液II | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解缓冲液 | FUJIFILM | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| FGA抗体 | Abcam | ab92572 | |
| CYP2C8抗体 | Abcam | ab88904 | |
| LBP抗体 | Abcam | ab169776 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 荧光素酶报告基因 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| pmirGLO报告质粒 | -- | -- | |
| pmR-ZsGreen1/miR-4461表达质粒 | -- | -- | |
| pmR-ZsGreen1/miR-NTC对照质粒 | -- | -- | |
| 被动裂解缓冲液 | Promega | -- | |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- | |
| ELISA | 人FGA ELISA试剂盒 | Bioss | -- |
| 临床样本处理 | miRNeasy血清/血浆试剂盒 | Qiagen | -- |
| 细胞培养 | I型胶原包被的24孔板 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HBV感染模型 | HBV病毒株(基因型C)、感染复数(1×10^5 copies)、感染天数(4天)、原代人肝细胞来源(PhenixBio) 阅读提示:Materials and methods 中 'HBV infection' 和 'Cell culture and reagents' |
| miR-4461功能实验 | 转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX)、miR-4461 mimic序列(GAUUGAGACUAGUAGGGCUAGGC)、AS-miR-4461序列(GCCTAGCCCTACTAGTCTCAATC)、转染浓度、转染时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods 中 'Cell transfection' 和 'Cell count assay' |
| 靶基因验证实验 | 用于免疫印迹的抗体(FGA ab92572,CYP2C8 ab88904,LBP ab169776)、细胞系(HuH7、HepG2) 阅读提示:Materials and methods 中 'Immunoblotting' |
| 荧光素酶报告基因实验 | HeLa细胞、FGA 3'UTR报告质粒(野生型和突变型)、miR-4461表达质粒、共转染比例(100 ng报告质粒:200 ng miRNA质粒)、检测时间(24小时) 阅读提示:Materials and methods 中 'Luciferase assay' 和 Figure 5 |
| 临床样本分析 | 患者队列分组(HBV±HCC、HCV±HCC)、miR-4461检测(miRNeasy试剂盒)、FGA检测(ELISA试剂盒)、手术前后配对样本 阅读提示:Materials and methods 中 'Patients and their samples' 和 'ELISA for FGA' |