全国范围内的联邦学习用于组织病理学:在德国防火墙后的安全部署

Nationwide federated learning for histopathology: secure deployment across Germany behind firewalls

作者信息Niklas Babendererde, Nick Lemke, Jonathan Stieber, Moritz Fuchs, Zhilong Weng, Marie-Lisa Eich, Thomas Lingscheidt, Fabian Mairinger, Reinhard Büttner, Yuri Tolkach, Anirban Mukhopadhyay
PMID42509385
发布时间2026-07-28
DOI10.1038/s41746-026-02958-y

实验完整度

实验包含部署、训练与评估环节,涉及两个数据集及多中心联邦训练,但缺乏体外或动物等独立证据层级。

主要模型

BCSS乳腺癌分割数据集 SemiCOL结直肠癌分割数据集

重点核对

BCSS数据集:144张H&E染色WSI,每张扫描分辨率0.25微米/像素,补丁大小256x256 SemiCOL数据集:20例结直肠癌WSI,来自科隆和慕尼黑两家医院 联邦训练设置:客户端数量K=3,C=1.0,E=1 epoch,BCSS训练150 epochs,SemiCOL训练130 epochs 客户端数据划分:BCSS每个客户端34训练、7验证、7测试;SemiCOL科隆和埃森各3训练、1验证、1测试,莱比锡6训练、2验证、2测试

摘要

联邦学习(FL)使得在不共享敏感数据的情况下进行协作训练成为可能,是医疗影像中隐私保护人工智能的一种解决方案。然而,由于严格的数据保护法规、异构的基础设施以及防火墙后有限的网络可访问性,医院部署仍然具有挑战性。我们介绍了TheODen,一个用于组织病理学全切片成像(WSI)联邦训练的开源框架。它不需要开放的客户端端口,通过安全的反向代理架构即可实现防火墙后的训练。我们进行了据我们所知的首次全国性联邦学习研究,在德国三家大学医院中进行结直肠癌的组织病理学分割,使用乳腺癌和结直肠癌数据集,且未打开防火墙端口。尽管存在数据异质性和网络约束,TheODen仍实现了稳健的分割,BCSS上的全局平均Dice得分为0.764,SemiCOL上的为0.754。这些发现强调了TheODen在促进医疗机构之间安全、大规模合作以及在现实基础设施约束下加速AI模型临床转化的潜力,为未来的合作提供了隐私保护的设计架构。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
如何在不开放防火墙端口的情况下,安全地在多个医院间进行组织病理学图像的联邦学习训练?
核心机制
通过反向代理架构,在云端部署代理服务器,转发服务器和客户端之间的通信,从而使客户端无需开放端口即可参与联邦学习训练。
主要证据
在三个德国大学医院间进行了全国部署,使用BCSS和SemiCOL数据集,实现了全局平均Dice分数0.764和0.754,并与集中式基线性能相当。
研究意义
证明了联邦学习在真实临床基础设施上的可行性,为医疗机构间的安全协作和AI模型的临床转化提供了实用框架。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

联邦学习框架部署

验证TheODen框架能否在真实临床基础设施上实现跨互联网的联邦学习训练,无需开放客户端防火墙端口。

在三个德国大学医院部署客户端,在达姆施塔特部署服务器和反向代理,使用公共组织病理学数据集进行训练。

2

数据集准备与处理

准备两个组织病理学分割数据集,用于评估TheODen在联邦学习中的性能。

使用BCSS和SemiCOL数据集,分别包含乳腺癌和结直肠癌的WSI,将其切割成256x256像素的补丁,并按客户端分配训练、验证和测试集。

3

联邦训练执行

在真实网络条件下进行联邦训练,并评估训练过程中的性能变化。

使用TheODen框架,以FedAvg算法进行联邦训练,每个客户端训练本地模型,服务器聚合模型权重。训练BCSS 150 epochs,SemiCOL 130 epochs。

4

性能评估与对比

评估联邦训练的分割性能,并与非联邦基线进行比较。

在测试集上计算Dice分数和交叉熵损失,与本地训练和集中式训练进行对比。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
TheODen----
RabbitMQPivotal Software, Inc.--
PyTorch----
NVIDIA GeForce RTX 4090NVIDIA--
Intel Core i7-13700KIntel--
AMD Ryzen 9 5950XAMD--
Kingston Fury Renegade 2280 NVMe SSDKingston--
三星870 QVO固态硬盘Samsung--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
联邦学习部署
客户端和服务器位置、网络连接方式(Gigabit或Wi-Fi)、反向代理配置
阅读提示:Methods部分中的Hardware and network configuration与Figure 1
数据集准备
BCSS和SemiCOL数据集的原始来源、扫描分辨率、补丁大小、每个客户端的数据划分
阅读提示:Methods部分中的Datasets部分
联邦训练设置
客户端数量K、参与率C、本地epoch数E、总训练轮数(BCSS 150,SemiCOL 130)
阅读提示:Methods部分中的Setting for federated learning
模型架构
U-Net骨干网络(ResNet-34)及预训练权重(ImageNet)
阅读提示:Methods部分中的Model architecture
性能评估
测试集划分、评估指标(Dice分数和交叉熵损失)
阅读提示:Methods部分中的Results与Figure 2