植物中虚假融合转录本的隐藏来源

背景：融合转录本首先在癌症中被发现，随着下一代测序技术的扩展，在植物中的报道也越来越多。然而，它们的普遍性和生物学相关性仍然存在高度争议，尤其是考虑到与其检测相关的技术挑战。结果：在这里，通过整合来自水稻的多个高质量长读长RNA测序数据集，我们对植物中融合转录本检测进行了系统评估，并证明几乎所有检测到的融合转录本都来自于技术和分析伪影，而非真正的生物学事件。在机制上，我们确定了逆转录过程中由短同源序列介导的模板转换是虚假融合的主要来源，尤其是在基于PCR的工作流程中。其他促成因素包括错配、参考基因组偏差和基因错误注释。我们进一步发现了可解释融合信号非随机分布的反复出现的伪影热点。通过重新设计的体外和体内验证实验，我们证明通常检测到的融合信号缺乏可重复性，并不能反映真实的转录组事件。重要的是，我们建立了一个金标准验证流程，优先考虑长读长直接RNA数据、参考感知比对和严格的实验验证，以建立识别真正融合转录本的新可重复性标准。结论：我们的研究提供了跨测序平台的、以植物为中心的融合转录本伪影的综合实验剖析。这些发现挑战了关于植物中融合转录本丰度的普遍假设，并为它们的可靠识别建立了一个稳健的框架，对复杂基因组中的转录组学研究具有广泛意义。