从患者到肿瘤类器官：培养方案选择控制胶质母细胞瘤肿瘤结构和特性

患者来源的肿瘤类器官广泛应用于癌症研究，但模型生成过程中组织处理对其生物学影响仍不清楚。基于片段和基于解离（DIS）的方法通常被认为在保真度和均一性之间权衡，但其分子后果尚未完全明确。为填补这一空白，我们使用定量质谱法对基于片段（切割培养[CUT]）和DIS胶质母细胞瘤类器官方案进行了蛋白质组范围的比较。来自多位患者肿瘤的类器官在无生长因子或补充生长因子的条件下培养，并与匹配的原发组织进行比较。结果表明，两种方案在其天然培养基中培养时均产生了技术上稳健的胶质母细胞瘤类器官。然而，CUT类器官匹配了DIS培养的可重复性，同时保留了更广泛的细胞外基质（ECM）组成以及涉及胶原组装、血管支持和细胞-基质信号传导的网络。DIS培养偏向于外源性基底膜成分和增殖性、生长因子响应状态。在不同肿瘤中，CUT类器官始终表现出与匹配原发组织更高的蛋白质组相似性，保留了神经、胶质、基质和细胞外特征，而这些特征在DIS模型中大部分缺失。综上所述，基于片段的胶质母细胞瘤类器官既具有可重复性又具有生物学保真度。组织解离是重塑ECM组织、细胞状态和肿瘤特性的主要扰动，使方案选择成为模型保真度和转化相关性的关键决定因素。 关键词：细胞外基质，胶质母细胞瘤，蛋白质组学，肿瘤微环境，肿瘤类器官 胶质母细胞瘤类器官的制备方式决定了它们的结果。基于片段的培养保留了细胞外基质网络、细胞多样性和原发肿瘤特性，而基于解离的培养则转向适应生长的状态和简化的微环境。