鉴定LTR8B为候选CRE
寻找结合GATA3和DLX5的ERV元件
整合ChIP-seq、ATAC-seq等多组学数据分析ERV富集情况
Endogenous retroviral elements LTR8B and MER65 rewire PSG9 regulation to control trophoblast syncytialization and pre-eclampsia risk
整合多组学数据、CRISPR-Cas9敲除、功能实验(细胞融合、激素分泌)、患者样本分析等多层级验证。
BeWo细胞系 人滋养层干细胞(hTSCs) 原代绒毛细胞滋养层(hVCTs) SGHPL-4细胞系
LTR8B敲除导致PSG9表达几乎缺失 PSG9敲低降低合体滋养层标志物 PSG9-202过表达增加CGB水平 PSG9水平在EO-PE患者血清中升高
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找结合GATA3和DLX5的ERV元件
整合ChIP-seq、ATAC-seq等多组学数据分析ERV富集情况
验证LTR8B是否具有增强子功能
荧光素酶报告基因实验检测LTR8B对表达的影响
验证LTR8B对PSG9表达和合体化的必要性
在BeWo细胞中敲除LTR8B,检测PSG9表达和细胞融合能力
评估PSG9对合体滋养层分化的作用
敲低或过表达PSG9,检测合体标志物表达
评估PSG9在子痫前期中的表达和相关性
分析PE患者胎盘的转录组、血清蛋白,以及基因拷贝数变异
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11320033 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 基质胶 | -- | -- | |
| CHIR99021 | Selleckchem | S1263 | |
| A83-01 | Tocris | 2939 | |
| SB431542 | Selleckchem | S1067 | |
| 丙戊酸 | Selleckchem | S3944 | |
| Y27632 | Selleckchem | S1049 | |
| 表皮生长因子 | PeproTech | AF-100-15 | |
| Primocin | InvivoGen | ant-pm-2 | |
| 血清替代物 | -- | -- | |
| 毛喉素 | Sigma-Aldrich | F6886 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 |
| Neon转染系统 | Thermo Fisher Scientific | MPK5000 | |
| jetPRIME转染试剂 | Polyplus Transfection | 114-15 | |
| RNA提取 | TRIzol | -- | -- |
| Direct-zol RNA小提试剂盒 | Zymo Research | R2025 | |
| RT-qPCR | 高容量RNA-to-cDNA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 4387406 |
| SsoAdvanced通用SYBR Green超混液 | Bio-Rad | 1725271 | |
| Western blot | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| Trans-Blot Turbo转印系统 | Bio-Rad | -- | |
| ECL检测试剂 | GE Healthcare | RPN2232 | |
| 免疫检测 | 抗PSG9抗体 | Abcam | ab64425 |
| ELISA | 抗PSG9捕获抗体 | Bio-Techne | NBP1-57676 |
| HRP标记的抗PSG单抗 | Santa Cruz Biotechnologies | sc-59348 | |
| TMB底物 | Pierce Biotechnology | -- | |
| 细胞组分分离 | Amicon Ultra-15离心过滤单元 | Merck | UFC903008 |
| Minute质膜蛋白分离和细胞分级试剂盒 | Invent Biotechnologies | SM-005 | |
| 基因敲低 | PSG9 MISSION shRNA | Sigma-Aldrich | TRCN0000244632 |
| pLKO.1-scramble shRNA | Addgene | 1864 | |
| CRISPR/Cas9敲除 | pU6-(BbsI) sgRNA_CAG-Cas9-venus-bpA | Addgene | 86986 |
| QuickExtract DNA提取液 | Lucigen | QE09050 | |
| 报告基因实验 | pGL3启动子载体 | Promega | E1761 |
| pRL-SV40载体 | Promega | E2231 | |
| Dual-Glo荧光素酶检测系统 | Promega | E2920 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与分化 | 细胞系及培养条件:BeWo细胞使用DMEM/F12加10%FBS;hTSC需Matrigel包被及特定培养基;STB分化需Forskolin处理,浓度和时长需确认 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture and transfection, STB induction |
| CRISPR敲除 | sgRNA序列及浓度,转染方法,筛选时间,克隆验证 阅读提示:Materials and Methods: Construction of the KO LTR8B cell line |
| 基因敲低 | shRNA靶点序列,转染方法,筛选浓度和时间,Forskolin处理浓度和时间 阅读提示:Materials and Methods: Knocking down of PSG9 expression |
| 细胞融合实验 | BeWo细胞GFP/mCherry标记,共培养比例,Forskolin浓度和处理时间,FACS检测参数 阅读提示:Materials and Methods: Fluorescence based BeWo cell syncytialization assay |
| ELISA检测 | 抗体对和浓度,样品稀释比例,孵育时间,标准品 阅读提示:Materials and Methods: Sandwich ELISA to determine circulating PSG9 levels |