体外筛选gRNA
筛选高效的gRNA以破坏Htra2基因
在HEI-OC1细胞中转染SpCas9和gRNA,48小时后分选GFP阳性细胞,培养7天后检测插入缺失频率和蛋白表达。
Prevention of acquired sensorineural hearing loss in mice by in vivo Htra2 gene editing
包含体外细胞实验、耳蜗外植体实验、体内动物实验及功能验证,涵盖基因编辑效率检测、毛细胞存活和凋亡分析、听功能评估等多层证据。
HEI-OC1细胞 小鼠耳蜗外植体 C57BL/6J小鼠 ICR小鼠
Htra2基因的gRNA序列:Sp-g1 GCC TAG CGG GGA TAC TTA TG,Sp-g2 CTG CAG AAC ACG ATC ACA TC,Sp-g3 CGC GAT GCA GAA ACT CCC TA AAV载体:AAV2/Anc80L65,用于递送CRISPR/Cas9系统 体内注射:P1小鼠,经耳蜗鼓阶注射0.5 μl病毒,SpCas9系统混合比例2:1,SaCas9系统同样0.5 μl 新霉素剂量:P11开始皮下注射200 mg/kg,连续7天 ABR测试频率:4, 8, 16, 24, 32 kHz
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选高效的gRNA以破坏Htra2基因
在HEI-OC1细胞中转染SpCas9和gRNA,48小时后分选GFP阳性细胞,培养7天后检测插入缺失频率和蛋白表达。
评估Anc80L65在毛细胞中的转导效率
使用Anc80L65-EGFP感染耳蜗外植体和体内注射,通过免疫荧光检测转导阳性毛细胞比例。
检测Anc80L65–SpCas9系统是否减少新霉素诱导的毛细胞凋亡
耳蜗外植体培养后,先转导SpCas9系统8天,再用新霉素处理,检测毛细胞数量和caspase-3表达。
评估Anc80L65–SpCas9系统在体内的保护作用
P1 ICR小鼠鼓阶注射SpCas9系统,P11开始新霉素处理,2周后检测毛细胞存活和ABR阈值。
开发更高效的单一AAV递送系统
设计SaCas9系统gRNA,在HEI-OC1细胞中筛选,然后体内注射验证编辑效率和保护效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | Gibco | 16140071 | |
| 青霉素/链霉素 | Millipore | 516106 | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Life Technologies | 11668019 |
| Opti-MEM培养基 | Life Technologies | 31985062 | |
| 基因组DNA提取 | QuickExtract DNA提取液 | Epicentre | QE09050 |
| DNA纯化 | 凝胶DNA提取试剂盒 | Vazyme | DC301 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Protein Biotechnology | PP109 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 11697498001 | |
| Western blot | PVDF膜 | GE Healthcare Life Sciences | 10600023 |
| 脱脂奶粉 | Cell Signaling Technology | 9999S | |
| 抗HtrA2/Omi抗体 | Cell Signaling Technology | 9745 | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 8457s | |
| ECL发光液 | Meilunbio | MA0186 | |
| PCR产物纯化 | QIAquick PCR纯化试剂盒 | Qiagen | 28104 |
| 测序 | MiSeq高通量DNA测序仪 | Illumina | -- |
| 耳蜗外植体培养 | DMEM/F12培养基 | Gibco | 11330032 |
| N2补充剂 | Gibco | 17502048 | |
| B27补充剂 | Gibco | 17504044 | |
| 新霉素处理 | 新霉素 | Sigma | N6386 |
| 免疫组化 | 抗Myo7a抗体 | Proteus BioSciences | 25-6790 |
| 抗GFP抗体 | Abcam | ab13970 | |
| 抗活化caspase3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664S | |
| 抗Myo7a抗体(小鼠) | Santa Cruz Biotechnology | sc-74516 | |
| 抗HTRA2抗体 | Sigma-Aldrich | SAB4501221 | |
| DAPI | Sigma | D9542 | |
| 显微镜 | Leica TCS SP8激光共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 图像分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 基因编辑系统构建 | gRNA序列、Cas9类型(SpCas9或SaCas9)、PAM序列 阅读提示:Methods中“Construction of the Cas9 and sgRNA expression plasmids” |
| 细胞培养与转染 | HEI-OC1细胞培养条件、转染试剂及用量、质粒比例 阅读提示:Methods中“Cell culture and transfection” |
| 病毒包装与转导 | AAV血清型、包装方法、病毒滴度、感染复数 阅读提示:Methods中“Viral vector preparation”和“Cochlear explant culture, application of viral vectors, and the in vitro neomycin damage model” |
| 体外新霉素损伤模型 | 新霉素浓度、处理时间、恢复时间 阅读提示:Methods中“Cochlear explant culture, application of viral vectors, and the in vitro neomycin damage model” |
| 体内注射 | 小鼠品系、年龄、注射途径、注射体积、病毒滴度 阅读提示:Methods中“Microinjection of AAV vectors into the inner ear and the in vivo neomycin damage model” |
| 体内新霉素处理 | 给药剂量、途径、开始时间、持续时间 阅读提示:Methods中“Microinjection of AAV vectors into the inner ear and the in vivo neomycin damage model” |
| 听力测试 | ABR和DPOAE的测试参数、麻醉方案 阅读提示:Methods中“Auditory testing” |