空间转录组学中建模零膨胀并非必要

背景 空间转录组学是一组新技术，可在具有空间定位信息的组织上分析基因表达。随着技术进步，最新的空间转录组学数据通常呈现为含有过多零值的稀疏计数形式。 结果 我们对从11种不同技术收集的20个空间转录组学数据集进行了全面分析，以表征表达计数数据的分布特性并理解零值的统计本质。跨数据集分析显示，相当比例的基因表现出Poisson模型无法解释的过度离散和/或零膨胀，且表现出过度离散的基因与表现出零膨胀的基因高度重叠。此外，我们发现对于大多数空间转录组学技术中的大部分基因，Poisson或负二项模型足以建模。我们进一步表明，空间转录组学中过度离散和零膨胀的主要来源包括组织位置间的基因表达异质性和细胞类型的空间分布。特别是，当我们聚焦于相对同质的一组组织位置或控制细胞类型组成时，检测到的过度离散和/或零膨胀基因的数量大幅减少，简单的Poisson模型通常足以拟合那里的基因表达数据。 结论 我们的研究提供了首个综合证据，表明空间转录组学中的过多零值并非由零膨胀所致，支持在建模空间转录组学时使用不含零膨胀成分的计数模型。 补充信息 在线版本包含补充材料，可访问 10.1186/s13059-022-02684-0。