关于丁香通
公司信息
个人用户
企业机构
无忧采购 轻松科研
- 移动端
LABS：基于线性扩增的亚硫酸氢盐测序技术用于循环游离DNA的超灵敏癌症检测
LABS: linear amplification-based bisulfite sequencing for ultrasensitive cancer detection from cell-free DNA
摘要
基于甲基化的液体活检在利用循环游离DNA检测癌症方面展现出潜力，但当前技术的局限性阻碍了其临床应用。大多数检测方法需要大量的DNA输入，这带来了挑战。此外，在传统测序方法的指数扩增步骤中，代表性不足的肿瘤DNA片段可能无法被检测到。在此，我们报道了一种基于线性扩增的亚硫酸氢盐测序技术（LABS），该技术能够以全基因组、无偏的方式对亚硫酸氢盐处理后的DNA片段进行线性扩增，仅需亚纳克级的DNA输入即可检测癌症异常。将LABS应用于100例患者样本，揭示了癌症特异性模式、拷贝数改变，并通过识别组织来源和免疫细胞组成，提高了癌症检测的准确性。
实验方法
产品清单
| 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|
| 明胶包被板 | -- | -- |
| 杜氏改良Eagle培养基 | Invitrogen | 11995 |
| AllPrep DNA/RNA Mini Kit | Qiagen | -- |
| K2 EDTA真空采血管 | -- | -- |
| Streck真空采血管 | Streck | -- |
| QIAamp循环核酸试剂盒 | Qiagen | -- |
| MethylCodeTM亚硫酸氢盐转化试剂盒 | Invitrogen | MECOV50 |
| NEXTflex®亚硫酸氢盐测序试剂盒 | PerkinElmer | -- |
| KAPA Hifi Uracil Plus聚合酶 | Kapa Biosystems | -- |
| AMPure XP磁珠 | -- | -- |
| NextSeq 500 SR80测序平台 | -- | -- |
| TruSeq DNA甲基化试剂盒 | Illumina, Inc. | -- |
| Failsafe PCR酶系统 | -- | -- |
| KAPA Hyper Prep试剂盒 | Roche | KK8504 |
| EpiMark热启动Taq DNA聚合酶 | NEB | M0490S |
| Qiagen蛋白酶 | Qiagen | 19155 |
| HiScribe™ T7高产率RNA合成试剂盒 | NEB | E2040S |
| SUPERase•In™ RNase抑制剂 | Life Technologies | AM2694 |
| DNase I | NEB | M0303S |
| RNA清洁和浓缩试剂盒 | Zymo Research | R1013 |
| Qubit 2.0 RNA HS检测试剂盒 | Life Technologies | Q32855 |
| KAPA RNA HyperPrep试剂盒 | Roche | KK8541 |