VEGF刺激内皮细胞模型建立
验证VEGF对内皮细胞血管生成功能的影响及乳酸化水平变化
体外培养原代人视网膜微血管内皮细胞(HRMECs),使用不同浓度VEGF处理,检测迁移、增殖、成管能力及LDHA表达、乳酸含量和组蛋白乳酸化水平。
A feedback loop driven by H3K9 lactylation and HDAC2 in endothelial cells regulates VEGF-induced angiogenesis
包含体外细胞功能实验(迁移、增殖、成管)、OIR动物模型、CUT&Tag基因组分析及HDAC2过表达功能验证,至少两个独立证据层级且含机制验证。
人视网膜微血管内皮细胞(HRMECs) 氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠模型 C57BL/6J小鼠
VEGF刺激浓度(100 ng/ml)及处理时间(24小时) 糖酵解抑制剂2-DG、DCA、galloflavin的剂量及处理时间 OIR小鼠模型诱导方案及P17时间点 HDAC2过表达慢病毒感染复数(MOI=30)及筛选时间 样本量(n=3或4)及统计方法(unpaired Student's t test或one-way ANOVA)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证VEGF对内皮细胞血管生成功能的影响及乳酸化水平变化
体外培养原代人视网膜微血管内皮细胞(HRMECs),使用不同浓度VEGF处理,检测迁移、增殖、成管能力及LDHA表达、乳酸含量和组蛋白乳酸化水平。
验证抑制乳酸产生是否能下调H3K9乳酸化并抑制血管生成
使用糖酵解抑制剂(2-DG、DCA、galloflavin)处理HRMECs,检测乳酸含量、H3K9la水平及迁移、增殖、成管能力;并在OIR小鼠中进行体内验证。
鉴定H3K9乳酸化的下游靶基因及其在VEGF刺激下的变化
对VEGF处理或未处理的HRMECs进行CUT&Tag分析,使用H3K9la抗体,测序后分析峰值分布、GO和KEGG通路富集。
确认H3K9乳酸化富集的血管生成相关基因是否在VEGF刺激下上调表达
通过qPCR检测候选基因(NECTIN1、TGFBR2、ABL1、PTGFR、LAMA4、CLASP2、PRCP、EGFR)在VEGF刺激或抑制乳酸化条件下的表达变化。
验证HDAC2作为乳酸化擦除子能否降低H3K9la并抑制血管生成
使用慢病毒在HRMECs中过表达HDAC2,检测H3K9la水平、靶基因表达及迁移、增殖、成管能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | EGM™-2内皮细胞生长培养基-2套装 | Lonza | C3162 |
| 重组人VEGF | R&D systems | BT-VEGF-020 | |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 管形成实验 | 基质胶 | R&D systems | 3432-005-01 |
| 增殖实验 | EdU细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime | C0071S |
| RT-qPCR | 总RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC112-01 |
| PrimeScript RT-PCR试剂盒 | Takara | RR014A | |
| ABI 7500 Prism系统 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| ECL化学发光试剂盒 | Advansta | K-12045-D20 | |
| 抗组蛋白H3抗体 | Abcam | ab18521 | |
| 抗组蛋白H4抗体 | CST | 2592 | |
| 抗H3K9la抗体 | PTM BIO | PTM-1419RM | |
| 抗H3K14la抗体 | PTM BIO | PTM-1414RM | |
| 抗H3K18la抗体 | PTM BIO | PTM-1427RM | |
| 抗H4K5la抗体 | PTM BIO | PTM-1407 | |
| 抗H4K12la抗体 | PTM BIO | PTM-1411RM | |
| 抗HDAC2抗体 | CST | 57156 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Affinity | AF7018 | |
| 山羊抗兔IgG(H+L)HRP | Affinity | S0001 | |
| 免疫荧光 | CD31抗体 | Abcam | ab9498 |
| 乳酸检测 | 乳酸含量检测试剂盒 | Solarbio | BC2235 |
| Varioskan LUX微孔板读数仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| CHIP实验 | Simple ChIP®酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | CST | 9003 |
| 甲醛 | CST | 12606 | |
| 甘氨酸 | CST | 7005 | |
| IgG抗体 | CST | 2729 | |
| CUT&Tag | Hyperactive Universal CUT&Tag检测试剂盒(Illumina平台) | Vazyme | -- |
| OIR诱导 | 氧舱 | Chenxi Dianzi | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | HRMECs来源、培养基、VEGF浓度及处理时间 阅读提示:Methods: Cell lines and cell cultures; Figure legends Fig 1 |
| 糖酵解抑制 | 抑制剂2-DG、DCA、galloflavin的浓度、处理时间及溶剂 阅读提示:Results: Inhibition of H3K9la...; Methods: 细胞培养与处理 |
| OIR模型 | OIR诱导的氧浓度、时间点、P17取材、药物注射时间及剂量 阅读提示:Methods: Induction of OIR; Results: Fig 2 |
| CUT&Tag分析 | 细胞处理条件、抗体、建库试剂盒、测序平台 阅读提示:Methods: CUT&Tag |
| HDAC2过表达 | 慢病毒载体、感染复数、筛选时间 阅读提示:Methods: In vitro lentivirus infection |