人乳头瘤病毒整合通过改变染色质状态驱动肿瘤发生

背景：人乳头瘤病毒（HPV）导致了几乎所有的宫颈癌和高达70%的头颈癌。HPV在致癌类型中频繁整合到宿主基因组。我们假设整合位点染色质状态的改变可导致基因表达变化，从而促进HPV的致瘤性。 结果：我们发现病毒整合事件常伴随整合位点附近染色质状态和基因表达的改变。我们研究了HPV整合引入的新转录因子结合位点是否可引发这些改变。HPV基因组内的某些区域，特别是一个保守的CTCF结合位点，显示出富集的染色质可及性信号。ChIP-seq揭示HPV基因组内的保守CTCF结合位点在4个HPV+癌细胞系中结合CTCF。CTCF结合模式的显著变化和染色质可及性的增加仅发生在HPV整合位点100 kbp范围内。这些染色质变化与局部基因转录和可变剪接的巨大变化同时发生。对癌症基因组图谱（TCGA）HPV+肿瘤的分析表明，与从相同肿瘤中随机选择的上调基因相比，HPV整合上调的基因具有显著更高的必需性评分。 结论：我们的结果表明，HPV整合引入的新CTCF结合位点会重组染色质状态，并在一些HPV+肿瘤中上调对肿瘤存活至关重要的基因。这些发现强调了HPV整合在肿瘤发生中一个新被认识的作用。