基于抗体和脂质的单细胞RNA测序多重标记方法的比较分析

背景：单细胞RNA测序研究中的样本多重标记可以显著降低实验成本，直接鉴定双联体，提高细胞通量，并减少样本特异性批次效应。最近发表的使用寡核苷酸偶联抗体或脂质的多重标记技术允许对样本特异性细胞进行条形码标记，这一过程被称为“哈希”。结果：在这里，我们比较了TotalSeq-A和TotalSeq-C抗体、定制合成的脂质和MULTI-seq脂质哈希在四种细胞系中的哈希性能，既用于单细胞RNA测序也用于单核RNA测序。我们还在人PBMC上比较了TotalSeq-B抗体与CellPlex试剂（10x Genomics），并在原代小鼠组织上比较了TotalSeq-B与不同脂质。哈希效率使用细胞系和小鼠品系的固有遗传变异进行评估。抗体哈希还在临床样本上进行了评估，使用来自健康个体和SARS-CoV-2感染患者的PBMC，我们展示了一种更经济的方法用于大规模单细胞测序临床研究，同时减少批次效应。结论：对不同哈希策略和计算流程的基准测试表明，无论是脂质还是抗体哈希的人细胞和细胞核，都可以实现正确的解复用，其中MULTISeqDemux是首选的解复用函数，抗体哈希是细胞上最有效的方案。在细胞核数据集上，脂质哈希提供了最佳结果。脂质哈希在小鼠脑分离细胞上也优于抗体。然而，在脾脏或肺等组织上，抗体表现出更好的结果。补充信息：在线版本包含补充材料，可在10.1186/s13059-022-02628-8获取。关键词：哈希，scRNA-seq，MULTI-seq，CITE-seq，样本多重标记。