染色质重塑因子Ino80调控RNA聚合酶II暂停位点的决定

启动子近端RNA聚合酶II（RNAPII）的暂停是基因表达精确调控的关键步骤。尽管启动子近端暂停与核小体之间关系密切，但染色质重塑因子调控这一步骤的作用在很大程度上仍然难以捉摸。在这里，我们通过PRO-seq实验报道了酿酒酵母中转录起始位点下游高度集中的RNAPII富集。这种RNAPII的非均匀分布与粟酒裂殖酵母和后生动物的启动子近端暂停既有相似之处也有不同之处。有趣的是，我们发现Ino80p敲低导致一部分基因的启动子近端RNAPII显著向上游转移，将RNAPII从主要暂停位点转移到替代暂停位点。RNAPII的正确定位在很大程度上依赖于核小体环境。我们发现替代暂停位点与+1核小体密切相关，并且这些基因主要暂停位点周围的核小体结构高度相位化。此外，Ino80p敲低导致+1核小体的模糊性增加和稳定性降低。并且，INO80的缺失也导致小鼠胚胎干细胞中启动子近端RNAPII向替代暂停位点转移。基于我们的综合结果，我们假设高度保守的染色质重塑因子Ino80p在从芽殖酵母到小鼠的各种生物体的早期转录延伸过程中建立完整的RNAPII暂停中至关重要。