扩展复制因子C复合物相关疾病的遗传与表型谱:RFC4缺陷与多系统疾病相关

Expanding the genetic and phenotypic landscape of replication factor C complex-related disorders: RFC4 deficiency is linked to a multisystemic disorder

作者信息Marie Morimoto, Eunjin Ryu, Benjamin J Steger, Abhijit Dixit, Yoshihiko Saito, Juyeong Yoo, Amelie T van der Ven, Natalie Hauser, Peter J Steinbach, Kazumasa Oura, Alden Y Huang, Fanny Kortüm, Shinsuke Ninomiya, Elisabeth A Rosenthal, Hannah K Robinson, Katie Guegan, Jonas Denecke, Sankarasubramoney H Subramony, Callie J Diamonstein, Jie Ping, Mark Fenner, Elsa V Balton, Sam Strohbehn, Aimee Allworth, Michael J Bamshad, Mahi Gandhi, Katrina M Dipple, Elizabeth E Blue, Gail P Jarvik, University of Washington Center for Rare Disease Research, C Christopher Lau, Ingrid A Holm, Monika Weisz-Hubshman, Benjamin D Solomon, Undiagnosed Diseases Network, Stanley F Nelson, Ichizo Nishino, David R Adams, Sukhyun Kang, William A Gahl, Camilo Toro, Kyungjae Myung, May Christine V Malicdan
PMID39106866
发布时间2024-09-05
DOI10.1016/j.ajhg.2024.07.008

实验完整度

研究包含多个独立证据层级:患者队列、CRISPR-Cas9细胞模型、原代成纤维细胞、体外复合物形成和PCNA加载实验,并进行了功能验证。

主要模型

HeLa细胞系(RFC4基因敲除) 患者来源的原代皮肤成纤维细胞 HEK293T细胞(RFC4变体过表达)

重点核对

9例来自8个家庭的患者的RFC4双等位变异(c.996+2dup等)及其遗传分离 RFC4缺陷HeLa细胞中RFC4蛋白水平(C端抗体检测降至对照的约6%)及RFC1、RFC5、RAD17蛋白稳定性降低 患者成纤维细胞中RFC4蛋白水平降低(C端抗体检测均值约为对照的30%) RFC4变体与RFC复合物亚基(RFC1、RFC5等)的相互作用减弱 S期细胞周期分析:血清饥饿同步后,个体1在18小时和20小时的S期细胞比例低于对照

摘要

DNA复制的精确调控对细胞分裂和基因组完整性至关重要。复制因子C(RFC)复合物是这一过程的核心,包含五个亚基,负责将增殖细胞核抗原加载到DNA上,以促进复制和修复蛋白的招募并增强DNA聚合酶的持续性。虽然已知RFC1在小脑性共济失调、神经病变和前庭反射消失综合征(CANVAS)中的作用,但RFC2-5亚基对人类孟德尔疾病的贡献在很大程度上尚未被探索。我们的研究将编码RFC复合物核心亚基的RFC4双等位变异与一种以不协调、肌肉无力、听力障碍和体重减轻为特征的未诊断疾病联系起来。我们在九名受影响的个体中发现了罕见的、保守的、预测致病的RFC4变异,所有这些变异都可能破坏对RFC复合物形成必不可少的C末端结构域。对先前确定的RFC与增殖细胞核抗原结合的冷冻电镜结构的分析表明,这些变异破坏了RFC4内部的相互作用和/或使RFC复合物不稳定。使用RFC4缺陷的HeLa细胞和原代成纤维细胞的细胞研究表明,RFC4蛋白减少,其他RFC复合物亚基的稳定性受损,以及RFC复合物形成紊乱。此外,对RFC4变异的功能研究证实了RFC复合物形成减少,细胞周期研究提示DNA复制和细胞周期进程受到干扰。我们结合了计算机模拟、结构、细胞和功能分析的综合方法,提供了令人信服的证据,证明双等位RFC4功能丧失变异有助于这种多系统疾病的发病机制。这些见解拓宽了我们对RFC复合物及其在人类健康和疾病中作用的理解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
RFC4双等位变异是否会导致人类孟德尔疾病,其分子机制是什么?
核心机制
RFC4功能缺失变异通过减少RFC4蛋白、降低其他RFC/RLC亚基的稳定性、损害RFC复合物形成,进而影响DNA复制和细胞周期进程。
主要证据
通过患者队列、RFC4缺陷HeLa细胞模型、患者成纤维细胞、过表达实验和体外PCNA加载实验,证明RFC4变异导致RFC复合物形成减少和PCNA加载能力受损。
研究意义
该研究扩大了RFC复合物相关疾病的遗传和表型谱,提示RFC4缺陷是导致该多系统疾病的基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

患者临床特征收集

描述9例携带RFC4双等位变异患者的临床表现,建立疾病表型谱。

通过多中心合作,收集并分析9例患者的临床资料,包括运动协调、肌肉力量、听力、体重等,并进行脑部MRI检查。

2

遗传变异鉴定

鉴定与疾病相关的RFC4基因双等位变异。

对患者及其家庭成员进行外显子组或基因组测序,并通过Sanger测序、RNA测序和分子克隆验证变异。

3

结构分析

评估RFC4变异对蛋白结构的影响。

利用已有的RFC-PCNA复合物冷冻电镜结构(PDB: 6VVO),分析变异位点对蛋白内部相互作用和复合物稳定性的影响。

4

细胞模型构建

构建RFC4缺陷的细胞模型,研究RFC4缺失对RFC复合物的影响。

用CRISPR-Cas9基因编辑在HeLa细胞中敲除RFC4外显子8和10,筛选克隆,通过PCR和测序验证,并评估RFC4 mRNA和蛋白水平。

5

蛋白表达与复合物形成分析

检测RFC4缺陷对RFC/RLC亚基蛋白水平和复合物形成的影响。

通过免疫印迹分析RFC4、RFC1、RFC5和RAD17蛋白水平;通过免疫共沉淀分析RFC5与RFC1、RFC4、RAD17的相互作用。

6

患者成纤维细胞分析

验证患者细胞中RFC4蛋白水平和RFC复合物形成是否受损。

从患者和对照的原代皮肤成纤维细胞中提取RNA和蛋白,进行定量PCR和免疫印迹分析,并用免疫共沉淀检测RFC复合物形成。

7

RFC4变体功能研究

确定RFC4变异对RFC复合物形成和PCNA加载功能的影响。

在HEK293T细胞中表达带StrepII标签的野生型和突变型RFC4,通过Strep-Tactin亲和纯化和免疫印迹检测与RFC1、RFC5、ATAD5、CTF18的相互作用;使用昆虫细胞表达系统纯化RFC复合物,进行体外PCNA加载实验。

8

S期细胞周期分析

评估RFC4变异是否影响细胞周期进展。

使用患者成纤维细胞和对照,通过血清饥饿同步细胞,在释放后用EdU标记S期细胞,并通过流式细胞术分析。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Gibco/Thermo Fisher Scientific11965092
胎牛血清Gibco/Thermo Fisher Scientific10082
抗生素-抗真菌剂Gibco/Thermo Fisher Scientific15240
pGS-gRNA-Neo载体GenScript--
稳定表达Cas9的HeLa细胞系GeneCopoeiaSL503
Lipofectamine 3000转染试剂Invitrogen/Thermo Fisher Scientific--
GeneticinGibco/Thermo Fisher Scientific10131035
多重PCR试剂盒Qiagen206145
多重PCR试剂盒Qiagen206145
ExoSAP-IT Express PCR产物纯化试剂Applied Biosystems75001.1.ML
BigDye Terminator v.31循环测序试剂盒Applied Biosystems--
BigDye XTerminator纯化试剂盒Applied Biosystems--
SeqStudio基因分析仪Applied Biosystems--
pGEM-T Easy载体Promega--
RNeasy Mini试剂盒Qiagen74106
Maxwell RSC simplyRNA细胞试剂盒PromegaAS1390
Maxwell RSC仪器PromegaAS4500
DNase IQiagen79254
Omniscript逆转录试剂盒Qiagen205111
Oligo-dT引物Sigma-AldrichO4387
TruSeq链式mRNA试剂盒Illumina--
NovaSeq 6000平台Illumina--
TaqMan基因表达预混液Applied Biosystems/Thermo Fisher Scientific4369016
7500 Fast实时PCR系统Applied Biosystems/Thermo Fisher Scientific--
NuSieve GTG琼脂糖Lonza50081
TOPO TA克隆测序试剂盒InvitrogenK457501
RIPA缓冲液Sigma-AldrichR0278
cOmplete ULTRA蛋白酶抑制剂混合物Roche05892970001
Laemmli样品缓冲液Bio-Rad Laboratories--
PVDF膜MilliporeIPFl00010
Intercept (TBS)封闭缓冲液LI-COR Biosciences--
IRDye标记二抗LI-COR Biosciences--
Odyssey CLx红外成像系统LI-COR Biosciences--
Triton X-100裂解缓冲液----
cOmplete ULTRA蛋白酶抑制剂混合物Roche/MilliporeSigma05892970001
PhosSTOPRoche/MilliporeSigma04906837001
DC蛋白测定试剂盒IBio-Rad Laboratories5000111
rProtein A Sepharose Fast FlowCytiva17127901
RFC5多克隆抗体Proteintech10385-1-AP
兔血清IgGSigma-Aldrich/MilliporeSigmaI5006
X-tremeGENE HP DNA转染试剂Roche6366236001
cOmplete蛋白酶抑制剂混合物Roche04693116001
Benzonase核酸酶----
StrepTactin Sepharose High PerformanceCytiva90100484
脱硫生物素Sigma-AldrichD1411
Dynabeads M-280Invitrogen11206D
DNase IPromega--
EdU----
Click-iT Plus EdU Alexa Fluor 488流式细胞术检测试剂盒Invitrogen/Thermo Fisher ScientificC10632
CytoFLEX S流式细胞仪Beckman Coulter--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
患者招募和遗传分析
患者临床诊断标准、样本采集、测序平台和变异过滤条件
阅读提示:Subjects and methods: Study participant enrollment and consent, Exome and genome sequencing
细胞培养
细胞类型、培养基成分(DMEM、FBS浓度)、培养条件(温度、CO2浓度)
阅读提示:Subjects and methods: Primary dermal fibroblast cell culture
CRISPR-Cas9编辑
gRNA序列、转染试剂、筛选浓度(Geneticin 500 μg/mL)、筛选时间(10天)
阅读提示:Subjects and methods: Generation of an RFC4-deficient HeLa cell model by CRISPR-Cas9 gene editing
蛋白检测
细胞裂解液、抗体(RFC4 N端和C端抗体、RFC1、RFC5、RAD17等)、稀释比例、内参蛋白
阅读提示:Subjects and methods: Immunoblot, Co-immunoprecipitation analysis
功能实验
PCNA加载实验的DNA底物、蛋白浓度、反应时间;RFC复合物形成实验的转染条件、纯化步骤
阅读提示:Subjects and methods: RFC complex formation assay, PCNA loading assay
细胞周期分析
细胞同步方法(血清饥饿时间)、EdU标记时间、流式细胞仪设置
阅读提示:Subjects and methods: S phase cell cycle analysis