患者临床特征收集
描述9例携带RFC4双等位变异患者的临床表现,建立疾病表型谱。
通过多中心合作,收集并分析9例患者的临床资料,包括运动协调、肌肉力量、听力、体重等,并进行脑部MRI检查。
Expanding the genetic and phenotypic landscape of replication factor C complex-related disorders: RFC4 deficiency is linked to a multisystemic disorder
研究包含多个独立证据层级:患者队列、CRISPR-Cas9细胞模型、原代成纤维细胞、体外复合物形成和PCNA加载实验,并进行了功能验证。
HeLa细胞系(RFC4基因敲除) 患者来源的原代皮肤成纤维细胞 HEK293T细胞(RFC4变体过表达)
9例来自8个家庭的患者的RFC4双等位变异(c.996+2dup等)及其遗传分离 RFC4缺陷HeLa细胞中RFC4蛋白水平(C端抗体检测降至对照的约6%)及RFC1、RFC5、RAD17蛋白稳定性降低 患者成纤维细胞中RFC4蛋白水平降低(C端抗体检测均值约为对照的30%) RFC4变体与RFC复合物亚基(RFC1、RFC5等)的相互作用减弱 S期细胞周期分析:血清饥饿同步后,个体1在18小时和20小时的S期细胞比例低于对照
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描述9例携带RFC4双等位变异患者的临床表现,建立疾病表型谱。
通过多中心合作,收集并分析9例患者的临床资料,包括运动协调、肌肉力量、听力、体重等,并进行脑部MRI检查。
鉴定与疾病相关的RFC4基因双等位变异。
对患者及其家庭成员进行外显子组或基因组测序,并通过Sanger测序、RNA测序和分子克隆验证变异。
评估RFC4变异对蛋白结构的影响。
利用已有的RFC-PCNA复合物冷冻电镜结构(PDB: 6VVO),分析变异位点对蛋白内部相互作用和复合物稳定性的影响。
构建RFC4缺陷的细胞模型,研究RFC4缺失对RFC复合物的影响。
用CRISPR-Cas9基因编辑在HeLa细胞中敲除RFC4外显子8和10,筛选克隆,通过PCR和测序验证,并评估RFC4 mRNA和蛋白水平。
检测RFC4缺陷对RFC/RLC亚基蛋白水平和复合物形成的影响。
通过免疫印迹分析RFC4、RFC1、RFC5和RAD17蛋白水平;通过免疫共沉淀分析RFC5与RFC1、RFC4、RAD17的相互作用。
验证患者细胞中RFC4蛋白水平和RFC复合物形成是否受损。
从患者和对照的原代皮肤成纤维细胞中提取RNA和蛋白,进行定量PCR和免疫印迹分析,并用免疫共沉淀检测RFC复合物形成。
确定RFC4变异对RFC复合物形成和PCNA加载功能的影响。
在HEK293T细胞中表达带StrepII标签的野生型和突变型RFC4,通过Strep-Tactin亲和纯化和免疫印迹检测与RFC1、RFC5、ATAD5、CTF18的相互作用;使用昆虫细胞表达系统纯化RFC复合物,进行体外PCNA加载实验。
评估RFC4变异是否影响细胞周期进展。
使用患者成纤维细胞和对照,通过血清饥饿同步细胞,在释放后用EdU标记S期细胞,并通过流式细胞术分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco/Thermo Fisher Scientific | 11965092 |
| 胎牛血清 | Gibco/Thermo Fisher Scientific | 10082 | |
| 抗生素-抗真菌剂 | Gibco/Thermo Fisher Scientific | 15240 | |
| 基因编辑 | pGS-gRNA-Neo载体 | GenScript | -- |
| 稳定表达Cas9的HeLa细胞系 | GeneCopoeia | SL503 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen/Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Geneticin | Gibco/Thermo Fisher Scientific | 10131035 | |
| 基因编辑筛选 | 多重PCR试剂盒 | Qiagen | 206145 |
| Sanger测序验证 | 多重PCR试剂盒 | Qiagen | 206145 |
| ExoSAP-IT Express PCR产物纯化试剂 | Applied Biosystems | 75001.1.ML | |
| BigDye Terminator v.31循环测序试剂盒 | Applied Biosystems | -- | |
| BigDye XTerminator纯化试剂盒 | Applied Biosystems | -- | |
| SeqStudio基因分析仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 分子克隆 | pGEM-T Easy载体 | Promega | -- |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| Maxwell RSC simplyRNA细胞试剂盒 | Promega | AS1390 | |
| Maxwell RSC仪器 | Promega | AS4500 | |
| DNase I | Qiagen | 79254 | |
| 逆转录 | Omniscript逆转录试剂盒 | Qiagen | 205111 |
| Oligo-dT引物 | Sigma-Aldrich | O4387 | |
| RNA测序 | TruSeq链式mRNA试剂盒 | Illumina | -- |
| NovaSeq 6000平台 | Illumina | -- | |
| 基因表达分析 | TaqMan基因表达预混液 | Applied Biosystems/Thermo Fisher Scientific | 4369016 |
| 7500 Fast实时PCR系统 | Applied Biosystems/Thermo Fisher Scientific | -- | |
| cDNA Sanger测序 | NuSieve GTG琼脂糖 | Lonza | 50081 |
| TOPO TA克隆测序试剂盒 | Invitrogen | K457501 | |
| 免疫印迹 | RIPA缓冲液 | Sigma-Aldrich | R0278 |
| cOmplete ULTRA蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 05892970001 | |
| Laemmli样品缓冲液 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | IPFl00010 | |
| Intercept (TBS)封闭缓冲液 | LI-COR Biosciences | -- | |
| IRDye标记二抗 | LI-COR Biosciences | -- | |
| Odyssey CLx红外成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| 免疫共沉淀 | Triton X-100裂解缓冲液 | -- | -- |
| cOmplete ULTRA蛋白酶抑制剂混合物 | Roche/MilliporeSigma | 05892970001 | |
| PhosSTOP | Roche/MilliporeSigma | 04906837001 | |
| DC蛋白测定试剂盒I | Bio-Rad Laboratories | 5000111 | |
| rProtein A Sepharose Fast Flow | Cytiva | 17127901 | |
| RFC5多克隆抗体 | Proteintech | 10385-1-AP | |
| 兔血清IgG | Sigma-Aldrich/MilliporeSigma | I5006 | |
| RFC复合物形成实验 | X-tremeGENE HP DNA转染试剂 | Roche | 6366236001 |
| cOmplete蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 04693116001 | |
| Benzonase核酸酶 | -- | -- | |
| StrepTactin Sepharose High Performance | Cytiva | 90100484 | |
| 脱硫生物素 | Sigma-Aldrich | D1411 | |
| PCNA加载实验 | Dynabeads M-280 | Invitrogen | 11206D |
| DNase I | Promega | -- | |
| S期细胞周期分析 | EdU | -- | -- |
| Click-iT Plus EdU Alexa Fluor 488流式细胞术检测试剂盒 | Invitrogen/Thermo Fisher Scientific | C10632 | |
| 流式细胞术 | CytoFLEX S流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者招募和遗传分析 | 患者临床诊断标准、样本采集、测序平台和变异过滤条件 阅读提示:Subjects and methods: Study participant enrollment and consent, Exome and genome sequencing |
| 细胞培养 | 细胞类型、培养基成分(DMEM、FBS浓度)、培养条件(温度、CO2浓度) 阅读提示:Subjects and methods: Primary dermal fibroblast cell culture |
| CRISPR-Cas9编辑 | gRNA序列、转染试剂、筛选浓度(Geneticin 500 μg/mL)、筛选时间(10天) 阅读提示:Subjects and methods: Generation of an RFC4-deficient HeLa cell model by CRISPR-Cas9 gene editing |
| 蛋白检测 | 细胞裂解液、抗体(RFC4 N端和C端抗体、RFC1、RFC5、RAD17等)、稀释比例、内参蛋白 阅读提示:Subjects and methods: Immunoblot, Co-immunoprecipitation analysis |
| 功能实验 | PCNA加载实验的DNA底物、蛋白浓度、反应时间;RFC复合物形成实验的转染条件、纯化步骤 阅读提示:Subjects and methods: RFC complex formation assay, PCNA loading assay |
| 细胞周期分析 | 细胞同步方法(血清饥饿时间)、EdU标记时间、流式细胞仪设置 阅读提示:Subjects and methods: S phase cell cycle analysis |