酵母热休克反应中的动态全局乙酰化重塑

Dynamic global acetylation remodeling during the yeast heat shock response

作者信息Rebecca E Hardman-Kavanaugh, Aaron J Storey, Tara N Stuecker, Stephanie E Hood, Gregory A Barrett-Wilt, Venkata R Krishnamurthi, Yong Wang, Stephanie D Byrum, Samuel G Mackintosh, Rick D Edmondson, Wayne P Wahls, Alan J Tackett, Jeffrey A Lewis
PMID42464412
发布时间2026-07-17
DOI10.1186/s13059-026-04194-9

实验完整度

实验包括表型分析(获得性耐热、生长)、定量乙酰化蛋白质组学、蛋白丰度分析、代谢物检测、共免疫沉淀和荧光定位、基因突变功能验证等多个层级。

主要模型

酿酒酵母BY4741菌株 酿酒酵母BY4743菌株 sti1Δ缺失菌株

重点核对

热休克处理:25°C至37°C,240分钟时间课程 蛋白合成抑制剂:环己酰亚胺(10 μg/ml) 去乙酰化酶抑制剂:曲古抑菌素A(10 μM)和烟酰胺(5 mM) Sti1乙酰化模拟突变:K54Q、K337Q及其组合 乙酰化蛋白质组学的生物学重复:三次独立时间课程

摘要

背景:所有生物体都会经历应激,并且必须对不断变化的条件做出快速反应。因此,细胞进化出了复杂的快速反应机制,例如翻译后蛋白修饰,以快速可逆地调节蛋白质活性。其中一种翻译后修饰是可逆的赖氨酸乙酰化,蛋白质组学研究已在多种生物中鉴定出数千种乙酰化蛋白质。尽管“乙酰化组”的规模惊人,但对于绝大多数蛋白质而言,乙酰化的功能在很大程度上仍然不清楚。结果:在这里,我们发现全局乙酰化在酿酒酵母的热休克反应中发挥着以前未被重视的作用。乙酰化失调使细胞对热敏感,并且在热休克过程中乙酰化组随时间全局重塑,约200个蛋白质上的约400个高置信度乙酰化标记显著变化。具有显著乙酰化组变化的蛋白质与热休克诱导或抑制的基因高度重叠。有趣的是,我们发现了近40个蛋白质具有至少两个以相反方向显著变化的乙酰化标记。这些蛋白质富含分子伴侣和核糖体蛋白,这表明在热休克期间,这两个关键过程受到蛋白质乙酰化的协调调控。结论:我们的结果表明,蛋白质乙酰化有助于在热休克期间激活诱导的蛋白质并使抑制的蛋白质失活。我们假设,存在于组蛋白上的相同类型的激活和失活标记可能是受乙酰化调节的蛋白质的一般特征。总的来说,这项工作确定了翻译后调控的一个新层面,它可能增强经典的热休克反应。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
蛋白质乙酰化在酵母热休克反应中是否以及如何发挥功能?
核心机制
热休克诱导乙酰化组广泛重塑,约200个蛋白质的乙酰化水平显著变化,乙酰化可能通过激活诱导蛋白和抑制抑制蛋白来增强经典热休克反应;近40个蛋白质具有相反方向的乙酰化标记,提示类似组蛋白代码的协同调控。
主要证据
定量乙酰化蛋白质组学鉴定了387个显著变化的乙酰化位点;功能富集显示诱导蛋白富含蛋白折叠相关,抑制蛋白富含翻译相关;Sti1的乙酰化模拟突变影响40°C生长。
研究意义
乙酰化重塑是酵母热休克反应的关键特征,可能普遍存在于应激反应中,为理解细胞通过翻译后修饰协调环境适应提供了新视角。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

获得性耐热与生长表型分析

检测乙酰化失调对酵母热应激适应性和生长的影响。

使用环己酰亚胺抑制蛋白合成,使用KDAC抑制剂处理,进行获得性耐热试验和40°C生长曲线测定。

2

定量乙酰化蛋白质组学分析

系统鉴定热休克过程中乙酰化位点的动态变化。

使用TMT-10标记和乙酰化赖氨酸富集技术,对25°C至37°C热休克0至240分钟时间点的蛋白质进行定量分析,并归一化至总蛋白丰度变化。

3

乙酰化动态模式与功能富集分析

分析乙酰化变化的模式及其与基因表达和细胞功能的关系。

对显著变化的乙酰化肽进行层次聚类,进行基因本体和KAT/KDAC相互作用富集分析,比较乙酰化变化与已知热休克转录反应。

4

代谢物水平检测

评估乙酰辅酶A、辅酶A、烟酰胺和NAD+/NADH比值等关键代谢物的动态变化。

通过LC-MS/MS测量乙酰辅酶A、辅酶A和烟酰胺,使用商业试剂盒测量NAD+/NADH。

5

KAT/KDAC复合物相互作用分析

检查热休克是否改变KAT/KDAC蛋白复合物的亚基组成。

使用TAP标签菌株进行共免疫沉淀实验,分析Esa1和Taf1在热休克过程中的相互作用变化。

6

KAT/KDAC亚细胞定位分析

检查热休克是否导致KAT/KDAC亚细胞定位变化。

使用GFP融合菌株进行荧光显微镜观察,检查Hda1等酶在热休克过程中的定位变化。

7

Sti1乙酰化功能验证

验证特定蛋白的乙酰化变化是否影响其功能。

创建Sti1乙酰化模拟突变(K54Q/K337Q)和乙酰化缺陷突变(K54R/K337R),在sti1Δ缺失菌株中表达并评估40°C生长能力。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
PTMScan 乙酰化赖氨酸基序免疫亲和珠Cell Signaling Technology13362S
Orbitrap Fusion Lumos 质谱仪Thermo Fisher Scientific--
TSQ Quantum Discovery Max 三重四极杆质谱仪Thermo--
NAD/NADH-Glo™ 检测试剂盒Promega--
Eon 酶标仪BioTek--
Olympus IX-73 倒置显微镜Olympus--
iChrome MLE 激光系统TOPTICA Photonics--
Dynabeads 磁珠Fisher14301
兔免疫球蛋白GSigmaI5006
Bradford法----
Pierce 比色肽定量试剂盒Thermo Fisher Scientific--
QuikChange II 定点突变试剂盒Agilent--
YPD培养基----
SC培养基----
曲古抑菌素A----
烟酰胺----
乙酰辅酶A标准品Sigma--
辅酶A标准品Sigma--
烟酰胺标准品Sigma--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
获得性耐热试验
预处理温度(37°C)和严重热休克温度(45°C)的具体时间,蛋白合成抑制剂(环己酰亚胺)和去乙酰化酶抑制剂(曲古抑菌素A、烟酰胺)的浓度”,以及抑制剂加入时间
阅读提示:材料与方法“获得性耐热和生长试验”
生长曲线分析
培养温度、菌株、处理物(抑制剂)及其浓度,以及生长监测时间
阅读提示:材料与方法“获得性耐热和生长试验”
乙酰化蛋白质组学
热休克时间点、生物学重复数、TMT标记效率、归一化方法、显著性阈值
阅读提示:材料与方法“TMT-10复合样品制备”、“乙酰化赖氨酸富集”、“乙酰化蛋白质组学统计分析”
代谢物测量
热休克时间点、取样细胞数、代谢物提取方法、LC-MS/MS参数
阅读提示:材料与方法“代谢物提取与分析”
共免疫沉淀
使用的TAP标签菌株、热休克时间点、共免疫沉淀具体步骤
阅读提示:材料与方法“TAP纯化”
荧光显微镜
使用的GFP融合菌株、热休克时间点、成像条件(如激光波长、曝光时间)
阅读提示:材料与方法“TAP纯化和荧光显微镜”
Sti1功能验证
突变体构建(质粒、反选择标记)、sti1Δ菌株背景、生长条件(培养基、温度、时间)
阅读提示:材料与方法“获得性耐热和生长试验”