获得性耐热与生长表型分析
检测乙酰化失调对酵母热应激适应性和生长的影响。
使用环己酰亚胺抑制蛋白合成,使用KDAC抑制剂处理,进行获得性耐热试验和40°C生长曲线测定。
Dynamic global acetylation remodeling during the yeast heat shock response
实验包括表型分析(获得性耐热、生长)、定量乙酰化蛋白质组学、蛋白丰度分析、代谢物检测、共免疫沉淀和荧光定位、基因突变功能验证等多个层级。
酿酒酵母BY4741菌株 酿酒酵母BY4743菌株 sti1Δ缺失菌株
热休克处理:25°C至37°C,240分钟时间课程 蛋白合成抑制剂:环己酰亚胺(10 μg/ml) 去乙酰化酶抑制剂:曲古抑菌素A(10 μM)和烟酰胺(5 mM) Sti1乙酰化模拟突变:K54Q、K337Q及其组合 乙酰化蛋白质组学的生物学重复:三次独立时间课程
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测乙酰化失调对酵母热应激适应性和生长的影响。
使用环己酰亚胺抑制蛋白合成,使用KDAC抑制剂处理,进行获得性耐热试验和40°C生长曲线测定。
系统鉴定热休克过程中乙酰化位点的动态变化。
使用TMT-10标记和乙酰化赖氨酸富集技术,对25°C至37°C热休克0至240分钟时间点的蛋白质进行定量分析,并归一化至总蛋白丰度变化。
分析乙酰化变化的模式及其与基因表达和细胞功能的关系。
对显著变化的乙酰化肽进行层次聚类,进行基因本体和KAT/KDAC相互作用富集分析,比较乙酰化变化与已知热休克转录反应。
评估乙酰辅酶A、辅酶A、烟酰胺和NAD+/NADH比值等关键代谢物的动态变化。
通过LC-MS/MS测量乙酰辅酶A、辅酶A和烟酰胺,使用商业试剂盒测量NAD+/NADH。
检查热休克是否改变KAT/KDAC蛋白复合物的亚基组成。
使用TAP标签菌株进行共免疫沉淀实验,分析Esa1和Taf1在热休克过程中的相互作用变化。
检查热休克是否导致KAT/KDAC亚细胞定位变化。
使用GFP融合菌株进行荧光显微镜观察,检查Hda1等酶在热休克过程中的定位变化。
验证特定蛋白的乙酰化变化是否影响其功能。
创建Sti1乙酰化模拟突变(K54Q/K337Q)和乙酰化缺陷突变(K54R/K337R),在sti1Δ缺失菌株中表达并评估40°C生长能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 乙酰化蛋白质组学 | PTMScan 乙酰化赖氨酸基序免疫亲和珠 | Cell Signaling Technology | 13362S |
| 质谱分析 | Orbitrap Fusion Lumos 质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 代谢物分析 | TSQ Quantum Discovery Max 三重四极杆质谱仪 | Thermo | -- |
| NAD/NADH-Glo™ 检测试剂盒 | Promega | -- | |
| 生长曲线分析 | Eon 酶标仪 | BioTek | -- |
| 荧光显微镜 | Olympus IX-73 倒置显微镜 | Olympus | -- |
| iChrome MLE 激光系统 | TOPTICA Photonics | -- | |
| 共免疫沉淀 | Dynabeads 磁珠 | Fisher | 14301 |
| 蛋白免疫印迹 | 兔免疫球蛋白G | Sigma | I5006 |
| 蛋白定量 | Bradford法 | -- | -- |
| Pierce 比色肽定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 位点定向突变 | QuikChange II 定点突变试剂盒 | Agilent | -- |
| 细胞培养 | YPD培养基 | -- | -- |
| SC培养基 | -- | -- | |
| 药物处理 | 曲古抑菌素A | -- | -- |
| 烟酰胺 | -- | -- | |
| 代谢物分析 | 乙酰辅酶A标准品 | Sigma | -- |
| 辅酶A标准品 | Sigma | -- | |
| 烟酰胺标准品 | Sigma | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 获得性耐热试验 | 预处理温度(37°C)和严重热休克温度(45°C)的具体时间,蛋白合成抑制剂(环己酰亚胺)和去乙酰化酶抑制剂(曲古抑菌素A、烟酰胺)的浓度”,以及抑制剂加入时间 阅读提示:材料与方法“获得性耐热和生长试验” |
| 生长曲线分析 | 培养温度、菌株、处理物(抑制剂)及其浓度,以及生长监测时间 阅读提示:材料与方法“获得性耐热和生长试验” |
| 乙酰化蛋白质组学 | 热休克时间点、生物学重复数、TMT标记效率、归一化方法、显著性阈值 阅读提示:材料与方法“TMT-10复合样品制备”、“乙酰化赖氨酸富集”、“乙酰化蛋白质组学统计分析” |
| 代谢物测量 | 热休克时间点、取样细胞数、代谢物提取方法、LC-MS/MS参数 阅读提示:材料与方法“代谢物提取与分析” |
| 共免疫沉淀 | 使用的TAP标签菌株、热休克时间点、共免疫沉淀具体步骤 阅读提示:材料与方法“TAP纯化” |
| 荧光显微镜 | 使用的GFP融合菌株、热休克时间点、成像条件(如激光波长、曝光时间) 阅读提示:材料与方法“TAP纯化和荧光显微镜” |
| Sti1功能验证 | 突变体构建(质粒、反选择标记)、sti1Δ菌株背景、生长条件(培养基、温度、时间) 阅读提示:材料与方法“获得性耐热和生长试验” |