代谢组学和转录组分析
鉴定GABA对MDSC亚型代谢和基因表达的性别特异性影响
使用靶向代谢组学(LC-MS/MS)分析GABA处理后的骨髓来源MDSCs,并测定GABA受体和Slc7a2的表达
GABA signaling activation drives glioblastoma progression in female mice through myeloid-derived suppressor cells
包含体外细胞共培养、代谢组学、体内同系小鼠模型(SB28/GL261)、患者样本分析和单细胞RNA测序数据,并进行功能验证和机制验证。
C57BL/6小鼠SB28和GL261原位胶质母细胞瘤模型 骨髓来源的gMDSCs和mMDSCs 患者来源的胶质瘤样本和PBMCs
GABBR激动剂巴氯芬(2 mg/kg)腹腔注射,5天给药2天停药方案 GABBR拮抗剂CGP 35348(4 mg/kg)腹腔注射 gMDSCs耗竭采用抗Ly6G抗体(10 mg/kg) NOS2抑制剂氨基胍(100 mg/kg)腹腔注射 使用C57BL/6和CAT2-KO小鼠
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定GABA对MDSC亚型代谢和基因表达的性别特异性影响
使用靶向代谢组学(LC-MS/MS)分析GABA处理后的骨髓来源MDSCs,并测定GABA受体和Slc7a2的表达
验证GABBR信号对gMDSC介导的T细胞抑制的作用及机制
将CFSE标记的CD8+ T细胞与MDSCs共培养,用巴氯芬处理,并加入NOS2抑制剂或过氧亚硝酸盐清除剂
评估GABBR激动/拮抗对GBM肿瘤生长的影响,并分析肿瘤免疫微环境
在C57BL/6和NCG小鼠中植入SB28或GL261细胞,进行药物处理,并进行生存期分析和免疫表型分析(流式细胞术)
验证人类GBM中GABA信号的性别差异和GABBR介导的NOS2上调
使用scRNA-seq数据集(GSE117891)分析GABA信号特征;通过质谱法量化肿瘤GABA浓度;用巴氯芬处理健康供者PBMCs检测NOS2和ARG1表达
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 巴氯芬 | Cayman Chemicals | -- |
| CGP 35348 | Cayman Chemicals | -- | |
| 氨基胍 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 代谢组学分析 | 安捷伦三重四极杆6470液相色谱-质谱联用系统 | Agilent Technologies | -- |
| 流式细胞术 | CytoFlex LX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Corning | -- |
| DMEM F/12培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞因子 | 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | Biolegend | -- |
| 白细胞介素-4 | Biolegend | -- | |
| 白细胞介素-2 | Peprotech | -- | |
| 抗体 | 抗Ly6G抗体 | BioXCell | BE0075-1 |
| IgG2a同型对照 | BioXCell | BE0089 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 代谢组学分析 | 骨髓来源MDSCs的分选纯度,GABA处理浓度(100 μM)和时间(18小时),LC-MS/MS参数 阅读提示:Methods: Metabolomic analysis of myeloid cells |
| 体外T细胞抑制实验 | MDSC与T细胞共培养比例(1:1或2:1),baclofen浓度(100 μM),处理时间(4天),NOS2抑制剂或过氧亚硝酸盐清除剂的浓度 阅读提示:Methods: T cell proliferation assay and Figure 4 legends |
| 体内模型 | 小鼠品系和性别,肿瘤细胞系和接种数量(SB28 30,000雌性/20,000雄性,GL261 25,000),药物剂量和给药方案(baclofen 2 mg/kg或CGP 35348 4 mg/kg,腹腔注射,5天给药2天停药),治疗起始时间(第7天) 阅读提示:Methods: Animal studies and Figure 5 and Figure 7 legends |
| 免疫表型分析 | 肿瘤免疫细胞的制备方法,抗体克隆和荧光染料,数据采集平台(CytoFlex LX或Cytek Aurora),分析软件(FlowJo) 阅读提示:Methods: In vivo immune profiling |
| 人类样本验证 | scRNA-seq数据集(GSE117891)的性别分组,PBMCs处理条件(baclofen浓度和时间),NOS2和ARG1表达的检测流程 阅读提示:Methods: Reanalysis of single-cell RNA-sequencing data and Immunophenotyping of human myeloid cells |