临床样本分析
评估OA患者软骨中FTO和PDP2的表达及其与BMI的相关性。
收集33例OA患者软骨样本,按BMI分为<27和≥27 kg/m2两组,通过免疫组化染色检测FTO和PDP2表达,并进行相关性分析。
Downregulation of FTO aggravates osteoarthritis with obesity by erasing m6A methylation of PDP2
包含患者样本、动物模型、原代细胞及MeRIP-Seq等多个独立证据层级,并进行了功能验证(如基因敲除、过表达、药物抑制)和机制验证(如RIP、RNA-Seq)。
原代小鼠软骨细胞 高脂饮食(HFD)喂养小鼠模型 HFD联合DMM手术小鼠模型 软骨特异性FTO敲除(FTO cKO)小鼠
HFD饲料脂肪含量60% kcal(M10160, Moldiets),NCD饲料脂肪含量9.4% kcal PA浓度200 μmol/L,IL-1β浓度5 ng/ml,处理24小时 DMM手术在小鼠12周龄时进行,术后继续HFD 8周 FTO抑制剂FB23关节腔注射剂量3 mg/kg,每周一次,持续7周 siRNA序列:FTO 5'-CAACAGGCACCTTGGATTA-3'
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估OA患者软骨中FTO和PDP2的表达及其与BMI的相关性。
收集33例OA患者软骨样本,按BMI分为<27和≥27 kg/m2两组,通过免疫组化染色检测FTO和PDP2表达,并进行相关性分析。
建立HFD和HFD+DMM小鼠模型,模拟肥胖相关OA。
8周龄雄性小鼠喂食HFD或NCD 4周,于12周龄行DMM或假手术,术后继续相应饮食8周,20周龄处死。
用PA和IL-1β处理原代软骨细胞,模拟脂毒性和炎症环境。
从5日龄小鼠膝关节软骨分离原代软骨细胞,使用200 μmol/L PA和5 ng/ml IL-1β处理24小时。
验证FTO敲低或过表达对软骨细胞和动物模型的影响。
使用siRNA敲低FTO,质粒过表达FTO;体内使用Ad-shFTO敲低或FB23药理学抑制,并建立FTO cKO小鼠。
通过MeRIP-Seq和RNA-Seq鉴定FTO的靶基因。
在si-FTO转染的软骨细胞中进行MeRIP-Seq,与已发表的RNA-Seq数据取交集,确定Pdp2为候选靶基因。
验证FTO通过m6A修饰和YTHDF2调控PDP2表达。
通过RIP检测FTO与Pdp2 mRNA结合,突变m6A位点(A1256T)评估功能影响;敲低YTHDF2观察对PDP2及软骨细胞表型的影响。
验证PDP2过表达能否逆转FTO敲低或FTO cKO小鼠的软骨退变。
在FTO cKO小鼠关节腔注射Ad-PDP2,评估软骨损伤、脂质沉积和凋亡情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型 | 高脂饮食 | Moldiets | M10160 |
| 正常饮食 | KeaoXieli Feed Co., Ltd. | 1016706714625204224 | |
| 药物处理 | FB23 | -- | -- |
| Brequinar | -- | -- | |
| 动物模型 | 他莫昔芬 | Aladdin | T137974 |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Gibco | C11330500BT |
| 胎牛血清 | NEWZERUM | FBS-S500 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | -- | -- |
| Opti-MEM培养基 | -- | -- | |
| 细胞培养 | 胰蛋白酶 | -- | -- |
| II型胶原酶 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | TaKaRa | 9108 |
| MeRIP-Seq | 抗m6A抗体 | Millipore | ABE572 |
| ELISA | 甘油三酯ELISA试剂盒 | Beyotime | S0219S |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Boster | EK0411 | |
| 组织染色 | 番红O/固绿染色试剂盒 | ServiceBio | G1053 |
| TUNEL染色试剂盒 | MedChemExpress | HY-K1079 | |
| 免疫荧光 | DAPI | Boster | AR1177 |
| 免疫组织化学 | MMP13抗体 | Proteintech | 18165-1-AP |
| FTO抗体 | Proteintech | 27226-1-AP | |
| PDP2抗体 | Abclonal | A17190 | |
| II型胶原抗体 | Santa Cruz | sc-52658 | |
| 聚集蛋白聚糖抗体 | Proteintech | 13880-1-AP | |
| 显微镜 | EVOS AUTO显微镜 | Invitrogen | -- |
| 测序 | Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件 | Graphpad Software Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、周龄、饮食类型及脂肪含量、DMM手术时间及持续时间、每组样本量。 阅读提示:Materials and methods - Animal model |
| 细胞模型 | 软骨细胞来源(新生小鼠日龄)、消化酶浓度及时间、PA和IL-1β浓度及处理时间。 阅读提示:Materials and methods - Primary chondrocytes culture, Figure 1a legend |
| FTO敲低/抑制 | siRNA序列及转染浓度、腺病毒注射剂量及时间、FB23剂量及给药方式。 阅读提示:Materials and methods - Small interfering RNA and plasmid transfections, 2.2, Figure 2c legend |
| 机制验证 | MeRIP-Seq样本处理、m6A位点突变(A1256T)、RIP实验条件。 阅读提示:Materials and methods - MeRIP sequencing, Results 3.3, Figure 6e legend |
| 统计方法 | 统计检验方法、重复次数、显著性水平。 阅读提示:Materials and methods - Statistical analysis |