样本收集与制备
获取XK病患者和对照的死后脑组织样本,用于脂质组学分析。
从5例基因确诊的XK病患者和6例无神经退行性疾病的年龄匹配对照者获取死后脑组织。组织在-80°C保存,取样前24小时移至-20°C。使用5.00mm组织打孔器从尾状核、壳核和背外侧前额叶皮层(BA9)取出至少50mg样本。样本在干冰上运输至哥伦比亚大学欧文研究所生物标志物核心实验室。
Brain Sphingolipid and Phospholipid Levels Are Altered in XK Disease
包含患者与对照的死后脑组织脂质组学检测及统计学分析,但未进行功能验证或机制验证。
XK病患者死后脑组织(尾状核、壳核、背外侧前额叶皮层) 对照死后脑组织
脑区:尾状核(CN)、壳核、背外侧前额叶皮层(DLPFC) 样本量:5例XK患者,6例对照 脂质检测方法:超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS) 统计模型:一般线性混合效应模型(GLMM),控制脑区、死亡年龄及个体间差异
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取XK病患者和对照的死后脑组织样本,用于脂质组学分析。
从5例基因确诊的XK病患者和6例无神经退行性疾病的年龄匹配对照者获取死后脑组织。组织在-80°C保存,取样前24小时移至-20°C。使用5.00mm组织打孔器从尾状核、壳核和背外侧前额叶皮层(BA9)取出至少50mg样本。样本在干冰上运输至哥伦比亚大学欧文研究所生物标志物核心实验室。
测量脑组织中593种脂质物种的水平,比较XK患者与对照的差异。
使用超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)进行脂质组学分析,如先前所述。测量了34个脂质组(共593种脂质物种)的水平,并归一化为mol%。
评估XK患者与对照在不同脑区脂质水平的差异,并控制潜在混杂因素。
对每个脂质组的标准化脂质水平拟合一般线性混合效应模型(GLMM),以脑区、XK状态和死亡年龄为固定效应,受试者为随机截距。使用Benjamini-Hochberg错误发现率(BH FDR)和Bonferroni方法进行多重比较校正,最终推断基于BH FDR结果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 脂质组学检测 | 超高效液相色谱-串联质谱 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集与制备 | 样本来源:5例XK患者和6例对照的死后脑组织;脑区:尾状核、壳核、DLPFC;样本量:至少50mg;取样器直径:5.00mm。 阅读提示:Methods: Brain Tissue Samples |
| 脂质组学检测 | 检测方法:UPLC-MS/MS;脂质物种数:593;归一化:mol%。 阅读提示:Methods: Lipidomics Array |
| 统计分析 | 统计模型:GLMM;固定效应:脑区、XK状态、死亡年龄;随机效应:受试者;多重比较校正:BH FDR和Bonferroni。 阅读提示:Methods: Statistical Analyses |