父本生育力对体外生产胚胎代谢的影响

Influence of sire fertility on the metabolism of in vitro produced embryos

作者信息Quinn A Hoorn, Elena O'Callaghan, David A Kenny, Sean Fair, Patrick Lonergan, Constantine A Simintiras
PMID42334336
发布时间2026-07-01
DOI10.1530/RAF-26-0028

实验完整度

包含体外胚胎生产、代谢组学检测、多元分析及机器学习判别,但无动物体内实验或功能验证,实验层级较单一。

主要模型

荷斯坦-弗里西亚公牛体外受精胚胎 胚胎条件培养基无细胞模型

重点核对

公牛分组:高生育力(HF, n=3)与低生育力(SF, n=3)基于田间生育力指数 体外胚胎生产:每公牛每重复约100个COCs,3次独立重复 囊胚培养:第7天分级1级囊胚,每池15个,转移至新鲜培养基24h 代谢组学平台:Metabolon UPLC-MS/MS,非靶向代谢组学 统计分析:MetaboAnalyst 6.0,t检验、sPLS-DA、ROC曲线

摘要

公牛田间生育力差异很大,且很大程度上受早期胚胎存活差异而非仅受精失败的影响。因此,我们研究了父本生育力状态是否反映在胚胎条件培养基的代谢组学特征中。从840头公牛中选出6头荷斯坦-弗里西亚公牛,并使用校正后的父本生育力指数进行分类。高生育力公牛(HF,n=3)的平均值(±SD)为4.27±0.61%,低生育力公牛(SF,n=3)的平均值(±SD)为−13.1±1.85%。使用来自每头公牛的解冻精液进行卵丘-卵母细胞复合体的受精。受精后第7天,将1级囊胚(每头公牛n=15个的集合;n=3个重复)转移到新鲜培养基中培养24小时。第8天,收集来自两种生育力处理和未处理培养基的胚胎条件培养基,快速冷冻,并进行高通量非靶向代谢组学分析。共检测到149种代谢物。无监督分析显示,HF和SF公牛来源的胚胎条件培养基之间存在大量重叠,而两者均与未处理培养基不同。30种代谢物的相对丰度因胚胎的存在而改变,与父本生育力无关。HF与SF公牛来源的胚胎条件培养基的直接比较仅鉴定出三种差异丰度代谢物。然而,多变量机器学习分析鉴定了一组八种N-乙酰化氨基酸,它们能够以高准确性(AUROC = 0.903)区分来自不同生育力公牛精液的胚胎。总之,父本生育力状态对早期胚胎留下了细微但可检测的代谢印记,可利用这一点根据潜在发育能力对胚胎进行非侵入性区分。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
父本生育力状态是否反映在体外生产胚胎的代谢组学特征中,并可通过条件培养基代谢谱判别胚胎来源?
核心机制
父本生育力状态在早期胚胎中留下细微的代谢印记,表现为N-乙酰化氨基酸等代谢物的差异,但具体分子机制未明确。
主要证据
基于体外生产胚胎(6头公牛,3次重复),通过非靶向代谢组学检测149种代谢物,直接比较仅发现3种差异代谢物,但机器学习模型(八种N-乙酰化氨基酸)以AUROC 0.903区分HF与SF。
研究意义
研究提出了一种基于代谢组学和机器学习的非侵入性方法,用于根据父本生育力状态分类胚胎,可能辅助非侵入性胚胎质量评估。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

公牛选择与分组

选择高生育力(HF)和低生育力(SF)公牛,比较其对胚胎代谢的影响。

从840头荷斯坦-弗里西亚公牛中,根据校正后的生育力指数选择3头HF和3头SF公牛,使用冻融精液进行体外受精。

2

体外胚胎生产与培养基收集

获取胚胎条件培养基,用于代谢组学分析。

从屠宰场卵巢采集COCs体外成熟后,分别用6头公牛精子受精,培养至第7天选择IETS 1级囊胚,以每池15个转移到新鲜SOF培养基培养24小时,第8天收集条件培养基。

3

代谢组学检测

检测胚胎条件培养基中代谢物的相对丰度。

使用Metabolon UPLC-MS/MS平台进行非靶向代谢组学分析,包括正负离子模式及HILIC模式。

4

数据预处理和质控

确保代谢组学数据质量和数据归一化。

原始数据去缺失值(以0填充),过滤(IQR cutoff 11%),归一化(中位数),log10转换,Pareto scaling。

5

多元统计分析和机器学习

比较HF和SF组胚胎代谢谱差异,并建立判别模型。

进行PCA、sPLS-DA、层次聚类、差异丰度分析和ROC分析,以鉴定和验证生物标志物。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
牛血清白蛋白Sigma-AldrichA9647
超高效液相色谱-串联质谱平台Metabolon Inc.--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
公牛选择与分组
公牛的生育力指数、样本量
阅读提示:Materials and methods - Bull selection
体外胚胎生产
COCs来源、成熟时间、精子浓度、共孵育时间
阅读提示:Materials and methods - In vitro embryo production
囊胚培养与培养基收集
胚胎分级标准、胚胎数量、培养时间、培养基体积
阅读提示:Materials and methods - In vitro embryo production and sample collection
代谢组学检测
质谱平台、色谱方法、质控标准
阅读提示:Materials and methods - Mass spectrometry
数据分析
预处理参数、统计阈值、机器学习算法和验证方法
阅读提示:Materials and methods - Qualitative metabolomic analyses to Biomarker analysis