公牛选择与分组
选择高生育力(HF)和低生育力(SF)公牛,比较其对胚胎代谢的影响。
从840头荷斯坦-弗里西亚公牛中,根据校正后的生育力指数选择3头HF和3头SF公牛,使用冻融精液进行体外受精。
Influence of sire fertility on the metabolism of in vitro produced embryos
包含体外胚胎生产、代谢组学检测、多元分析及机器学习判别,但无动物体内实验或功能验证,实验层级较单一。
荷斯坦-弗里西亚公牛体外受精胚胎 胚胎条件培养基无细胞模型
公牛分组:高生育力(HF, n=3)与低生育力(SF, n=3)基于田间生育力指数 体外胚胎生产:每公牛每重复约100个COCs,3次独立重复 囊胚培养:第7天分级1级囊胚,每池15个,转移至新鲜培养基24h 代谢组学平台:Metabolon UPLC-MS/MS,非靶向代谢组学 统计分析:MetaboAnalyst 6.0,t检验、sPLS-DA、ROC曲线
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
选择高生育力(HF)和低生育力(SF)公牛,比较其对胚胎代谢的影响。
从840头荷斯坦-弗里西亚公牛中,根据校正后的生育力指数选择3头HF和3头SF公牛,使用冻融精液进行体外受精。
获取胚胎条件培养基,用于代谢组学分析。
从屠宰场卵巢采集COCs体外成熟后,分别用6头公牛精子受精,培养至第7天选择IETS 1级囊胚,以每池15个转移到新鲜SOF培养基培养24小时,第8天收集条件培养基。
检测胚胎条件培养基中代谢物的相对丰度。
使用Metabolon UPLC-MS/MS平台进行非靶向代谢组学分析,包括正负离子模式及HILIC模式。
确保代谢组学数据质量和数据归一化。
原始数据去缺失值(以0填充),过滤(IQR cutoff 11%),归一化(中位数),log10转换,Pareto scaling。
比较HF和SF组胚胎代谢谱差异,并建立判别模型。
进行PCA、sPLS-DA、层次聚类、差异丰度分析和ROC分析,以鉴定和验证生物标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 胚胎培养 | 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | A9647 |
| 代谢组学检测 | 超高效液相色谱-串联质谱平台 | Metabolon Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 公牛选择与分组 | 公牛的生育力指数、样本量 阅读提示:Materials and methods - Bull selection |
| 体外胚胎生产 | COCs来源、成熟时间、精子浓度、共孵育时间 阅读提示:Materials and methods - In vitro embryo production |
| 囊胚培养与培养基收集 | 胚胎分级标准、胚胎数量、培养时间、培养基体积 阅读提示:Materials and methods - In vitro embryo production and sample collection |
| 代谢组学检测 | 质谱平台、色谱方法、质控标准 阅读提示:Materials and methods - Mass spectrometry |
| 数据分析 | 预处理参数、统计阈值、机器学习算法和验证方法 阅读提示:Materials and methods - Qualitative metabolomic analyses to Biomarker analysis |