CD4 T细胞淋巴细胞减少症中病原体扩张与人类皮肤微生物组的恢复

微生物组与宿主免疫系统在皮肤界面维持着动态的稳态平衡。先前研究表明，在免疫缺陷状态下，皮肤微生物组会发生深刻改变。特发性CD4淋巴细胞减少症（一种病因不明的罕见临床综合征）患者和HIV感染者是两个病因不同的CD4 T细胞淋巴细胞减少症群体。我们进行了鸟枪法宏基因组测序、宏基因组组装和基于读长的比对，以检查特发性CD4淋巴细胞减少症患者以及在抗逆转录病毒治疗开始前后进行纵向随访的HIV感染者皮肤微生物组的跨界分类多样性。与健康个体相比，特发性CD4淋巴细胞减少症患者和未接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者的皮肤微生物组表现出更大的个体间差异和更高的真核病毒相对丰度。两个患者组都携带病原微生物，包括高致癌风险人乳头瘤病毒和红色毛癣菌等皮肤癣菌，这些在健康对照组中很少见。在HIV感染者中，高致癌风险人乳头瘤病毒在抗逆转录病毒治疗2个月后仍然存在，但在14个月后大部分被清除。外周血CD4 T细胞的减少与皮肤微生物组的变化和病原微生物的相对扩张相关。研究免疫缺陷及随后的免疫重建过程中的微生物组动态，为宿主-微生物相互作用提供了更多见解。