临床队列基线特征分析
比较肥胖与健康体重青少年的临床指标和代谢组基线差异
采集OB组和HWC组基线血液和粪便样本,进行临床指标检测和靶向定量质谱代谢组学分析
Branched chain amino acid metabolism and microbiome in adolescents with obesity during weight loss therapy
包含多层级证据:临床队列代谢组与微生物组分析、纵向干预观察、粪菌移植无菌小鼠功能验证、生物信息学与机器学习预测。
220名10-18岁严重肥胖青少年(OB组) 71名健康体重对照青少年(HWC组) 无菌雄性C57BL/6J小鼠(5-7周龄,接受FMT)
检测粪便样本来源(HWC vs OB组)及采集时间点 FMT实验中供体来源(HWC vs OB)及灌胃量(150-200 mL) 代谢组学与微生物组关联分析中的统计模型调整(年龄、性别、种族)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较肥胖与健康体重青少年的临床指标和代谢组基线差异
采集OB组和HWC组基线血液和粪便样本,进行临床指标检测和靶向定量质谱代谢组学分析
评估基线血清代谢物与BMI、胰岛素抵抗、炎症的关系
对65种靶向代谢物与%95th BMI、HOMA-IR、HbA1c、CRP进行线性回归分析,调整年龄、性别、种族
比较肥胖与健康体重青少年的粪便微生物组多样性和功能差异
对786份粪便样本进行16S rRNA基因测序,对396份样本进行鸟枪法测序,计算α和β多样性,鉴别差异分类群,并预测KEGG途径
测试青少年粪便微生物组对体重和代谢的影响
将OB和HWC供体的粪便浆液灌胃给无菌小鼠,监测体重、脂肪垫重量及血清代谢物,评估微生物组与体重增加的关系
检测6个月干预期间代谢物和微生物组变化与临床指标变化的关系
对OB组干预前后代谢组和微生物组变化与%95th BMI和HOMA-IR变化进行关联分析
确保数据处理的正确性和结果的可靠性
使用R软件进行统计分析,使用Kaiju和HUMAnN管道进行微生物功能预测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 代谢组学分析 | 靶向定量质谱法 | -- | -- |
| 微生物组测序 | 16S rRNA基因测序 | -- | -- |
| 鸟枪法DNA测序 | -- | -- | |
| FMT实验 | C57BL/6J小鼠 | -- | -- |
| ALPHA-Dri垫料 | Shepherd Specialty Papers | -- | |
| Teklad 2020SX饲料 | Envigo | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 代谢组学检测 | 血清样本收集时间点、处理流程、质谱平台参数 阅读提示:参见Supplemental Methods |
| 微生物组测序 | DNA提取方法、测序平台、数据质量过滤参数 阅读提示:参见Supplemental Methods |
| FMT实验 | 小鼠品系、年龄、性别、饲喂条件、灌胃剂量、观察时间 阅读提示:参见Methods的Fecal microbiome transplant experiments部分 |
| 统计分析 | 统计模型具体设置、混杂因素、多重检验校正方法 阅读提示:参见Methods的Statistics部分 |