病例选择和IHC评估
收集具有特定形态学特征的病例并评估辅助免疫组化标记。
回顾性纳入4例原始队列,前瞻性纳入5例新病例,并纳入2例文献病例;进行p16、PRAME、HMB-45、Ki67等免疫组化检测。
Sclerosing melanocytic tumors with MAP2K1 in frame deletions and 15q gains: A distinctive pathway of nevogenesis with reproducible morphology
研究包含回顾性和前瞻性病例的临床病理分析、拷贝数分析(SNP芯片、FISH、NGS)及靶向测序,但缺乏功能实验或机制验证。
11例黑色素细胞肿瘤患者样本 FFPE组织样本
MAP2K1框内缺失的类型和分类(Class 2/3) 15q拷贝数增加的存在(SNP芯片、FISH或NGS确认) 其他致癌突变(如TP53、NF1、FBXW7、ROS1)的共存情况 组织形态学特征(如圆顶状轮廓、真皮硬化、表皮增生) 随访结局(复发和进展状态)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集具有特定形态学特征的病例并评估辅助免疫组化标记。
回顾性纳入4例原始队列,前瞻性纳入5例新病例,并纳入2例文献病例;进行p16、PRAME、HMB-45、Ki67等免疫组化检测。
确认15q拷贝数增加和MAP2K1框内缺失。
使用SNP芯片(OncoScan FFPE Assay)、FISH或NGS数据分析拷贝数,并通过NGS检测MAP2K1和其他癌症相关基因的突变。
描述所有病例的共同组织病理学特征。
对H&E切片进行独立病理学审查,记录低倍镜下形态和细胞学特征。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 拷贝数分析 | OncoScan FFPE Assay | -- | -- |
| Chromosome Analysis Suite 软件 | Bionano | -- | |
| Variant Intelligence Applications™ (VIA) 软件 | Bionano | -- | |
| 测序 | Ionic 纯化系统 | Purigen Biosystems | -- |
| SureSelect Human All Exome v8 | Agilent | -- | |
| NovaSeq 6000 | Illumina | -- | |
| TruSight Tumor 170 | Illumina | -- | |
| NextSeq Dx 550 | Illumina | -- | |
| Tempus xT 检测 | Tempus Labs Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病例选择 | 纳入标准:具有特定形态学特征(圆顶状轮廓、Clark/非典型痣样表皮改变、真皮硬化)的黑色素细胞肿瘤 阅读提示:Methods: Selection of cases |
| 拷贝数分析 | SNP芯片、FISH或NGS方法的具体参数(如探针、平台版本) 阅读提示:Methods: Copy number analysis for prospectively identified cases; Cytogenetic analysis based on NGS; FISH |
| 突变检测 | NGS panel覆盖的基因列表(如208基因、170基因、648基因) 阅读提示:Methods: Next generation sequencing |
| 组织病理评估 | 病理学家的独立审查标准(如是否需要共识) 阅读提示:Methods: Histomorphologic features |