snRNA-seq数据生成
获取人类海马不同年龄段和AD样本的单核转录组数据。
对62个人类海马标本(54个非神经疾病,8个AD)进行snRNA-seq,包括婴儿、儿童、青少年、成人、老龄化阶段。
Molecular landscapes of human hippocampal immature neurons across lifespan
包含snRNA-seq、机器学习模型、免疫组化、离体切片培养等多层级实验验证,并有AD患者样本和对照。
人类海马组织(snRNA-seq) 小鼠海马组织(scRNA-seq) 人类手术海马切片培养
imGC鉴定阈值(相似度≥0.85) 样本年龄分组(婴儿、儿童、青少年、成人、老龄化) AD与对照样本配对(8例AD,8例对照) 培养条件(无生长因子,1μM EdU)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取人类海马不同年龄段和AD样本的单核转录组数据。
对62个人类海马标本(54个非神经疾病,8个AD)进行snRNA-seq,包括婴儿、儿童、青少年、成人、老龄化阶段。
通过机器学习方法精确识别人类imGCs。
基于婴儿海马snRNA-seq数据,选择DCX+PROX1+CALB1-细胞作为imGC原型,训练逻辑回归模型,用相似度≥0.85的阈值分类。
量化不同年龄段人类海马中imGCs的比例。
将模型应用于各年龄组海马snRNA-seq数据集,计算imGCs在GC簇中的百分比。
比较阿尔茨海默病(AD)患者与对照组海马中imGCs的丰度和基因表达。
对8例AD和8例匹配对照(及5例老化对照)的snRNA-seq数据整合,比较imGCs比例和差异表达基因。
直接验证成体人类海马神经发生的能力。
从10例癫痫患者手术切除的海马组织制备切片,在无生长因子培养基中培养1-2周,用EdU标记增殖细胞,检测新生神经元。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织均质化 | Dounce匀浆器 | Fisher Scientific | 8853000002 |
| 细胞核分离 | 髓鞘去除磁珠II | Miltenyi Biotec | 130-096-733 |
| 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | B6917 | |
| RNA酶抑制剂 | Enzymatics | Y924L | |
| 单核RNA测序 | T4 DNA连接酶 | New England Biolabs | M0202S |
| Dynabeads MyOne链霉亲和素C1磁珠 | ThermoFisher Scientific | 65001 | |
| Kapa HiFi热启动预混液 | KAPA Biosystems | KK2600 | |
| EvaGreen染料 | Biotium | 31000 | |
| KAPA纯化磁珠 | KAPA Biosystems | KK8000 | |
| Nextera XT文库制备试剂盒 | Illumina | FC-131-1024 | |
| Qubit荧光计 | ThermoFisher Scientific | Q33238 | |
| 生物分析仪 | Agilent | -- | |
| Illumina NextSeq 550测序仪 | Illumina | -- | |
| Illumina高输出试剂盒v2.5(75循环) | Illumina | 20024906 | |
| Illumina高输出试剂盒v2.5(150循环) | Illumina | 20024907 | |
| 条形码磁珠 | ChemGenes | MACOSKO-2011-10 | |
| 微流控装置 | μFluidix | 9508 | |
| 离体切片培养 | Leica VT 1200S振动切片机 | Leica | -- |
| BrainPhys神经元培养基 | StemCell Technologies | 05790 | |
| SM1神经元补充剂 | StemCell Technologies | 05711 | |
| N2补充剂 | ThermoFisher Scientific | 17502048 | |
| 抗生素-抗真菌剂 | ThermoFisher Scientific | 15240062 | |
| EdU | Thermo Fisher Scientific | A10044 | |
| Millicell组织培养板嵌入皿 | Millipore | PICM03050 | |
| 免疫染色 | 一抗 | multiple | -- |
| Cy2抗山羊二抗 | Jackson ImmunoResearch | 705-225-147 | |
| Cy2抗小鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch | 715-225-151 | |
| Cy2抗兔二抗 | Jackson ImmunoResearch | 711-225-152 | |
| Cy3抗山羊二抗 | Jackson ImmunoResearch | 705-165-147 | |
| Cy3抗小鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch | 715-165-151 | |
| Cy3抗兔二抗 | Jackson ImmunoResearch | 711-165-152 | |
| Cy5抗山羊二抗 | Jackson ImmunoResearch | 705-175-147 | |
| Cy5抗小鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch | 715-175-151 | |
| Cy5抗兔二抗 | Jackson ImmunoResearch | 711-175-152 | |
| DAPI | Roche | 10236276001 | |
| TrueBlack | Biotium | 23007 | |
| 显微镜 | Zeiss LSM 800共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| Zen 2软件 | Carl Zeiss | -- | |
| 图像分析 | Imaris 9.0软件 | BitPlane | -- |
| Fiji-ImageJ软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| snRNA-seq | 样本年龄组、样本量、测序方法(SPLiT-seq vs Drop-seq) 阅读提示:Methods: Tissue specimens, Single-nucleus RNA sequencing |
| imGC鉴定 | 模型参数(正则化参数0.75)、相似度阈值(p≥0.85) 阅读提示:Methods: Immature neuron signature extraction and prototype-based cell scoring |
| 免疫组化 | 抗体克隆号、稀释比例、抗原修复方法(NaBH4处理、目标修复液) 阅读提示:Methods: Immunostaining and confocal microscopy |
| 离体切片培养 | 培养基组成(无生长因子,1μM EdU)、培养时长(1-2周) 阅读提示:Methods: Human dentate gyrus ex vivo slice culture analysis |