人类海马未成熟神经元在整个生命周期的分子图谱

Molecular landscapes of human hippocampal immature neurons across lifespan

作者信息Yi Zhou, Yijing Su, Shiying Li, Benjamin C Kennedy, Daniel Y Zhang, Allison M Bond, Yusha Sun, Fadi Jacob, Lu Lu, Peng Hu, Angela N Viaene, Ingo Helbig, Sudha K Kessler, Timothy Lucas, Ryan D Salinas, Xiaosong Gu, H Isaac Chen, Hao Wu, Joel E Kleinman, Thomas M Hyde, David W Nauen, Daniel R Weinberger, Guo-Li Ming, Hongjun Song
PMID35794479
期刊Nature
发布时间2022-07
DOI10.1038/s41586-022-04912-w

实验完整度

包含snRNA-seq、机器学习模型、免疫组化、离体切片培养等多层级实验验证,并有AD患者样本和对照。

主要模型

人类海马组织(snRNA-seq) 小鼠海马组织(scRNA-seq) 人类手术海马切片培养

重点核对

imGC鉴定阈值(相似度≥0.85) 样本年龄分组(婴儿、儿童、青少年、成人、老龄化) AD与对照样本配对(8例AD,8例对照) 培养条件(无生长因子,1μM EdU)

摘要

由成体海马神经发生产生的未成熟齿状颗粒细胞(imGCs)有助于啮齿动物的可塑性和独特的大脑功能,并且在多种人类神经系统疾病中失调。关于成体人类海马imGCs的分子特征知之甚少,甚至它们的存在也存在争议。在这里,我们进行了单核RNA测序(snRNA-seq),并辅以经过验证的基于机器学习分析方法来识别imGCs,并量化它们在婴儿、儿童、青少年、成人和衰老阶段人类海马中的丰度。我们确定了人类imGCs在整个生命周期中的常见分子标志,并发现了人类imGCs特有的年龄依赖性转录动力学,这表明细胞功能、微环境相互作用和疾病相关性的变化,与小鼠中的情况相反。我们还发现阿尔茨海默病(AD)中imGCs数量减少且基因表达改变。最后,我们通过存在罕见的齿状颗粒细胞命运特异性的增殖神经祖细胞以及培养的手术标本,证明了成体人类海马神经发生的能力。总之,我们的研究结果表明,通过低频从头发生和延长成熟过程,成体人类海马中存在大量imGCs,并且我们的研究揭示了它们在整个生命周期和AD中的分子特性。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
成人海马中是否存在未成熟颗粒细胞(imGCs),其分子特征和丰度如何随年龄变化,并在阿尔茨海默病中是否改变?
核心机制
人类imGCs具有独特的年龄依赖性转录动态,涉及神经元迁移、投射形态发生等过程;AD中imGCs数量和基因表达改变,可能通过影响突触可塑性和微环境相互作用参与疾病。
主要证据
snRNA-seq结合机器学习模型鉴定imGCs,免疫组化验证STMN1等标记物,离体切片培养证实成人海马神经发生能力,AD样本中imGCs比例降低和基因表达改变。
研究意义
研究提供了人类imGCs的分子资源和分析方法,有助于未来研究其功能和疾病相关性。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

snRNA-seq数据生成

获取人类海马不同年龄段和AD样本的单核转录组数据。

对62个人类海马标本(54个非神经疾病,8个AD)进行snRNA-seq,包括婴儿、儿童、青少年、成人、老龄化阶段。

2

imGC鉴定模型构建

通过机器学习方法精确识别人类imGCs。

基于婴儿海马snRNA-seq数据,选择DCX+PROX1+CALB1-细胞作为imGC原型,训练逻辑回归模型,用相似度≥0.85的阈值分类。

3

跨年龄imGC丰度量化

量化不同年龄段人类海马中imGCs的比例。

将模型应用于各年龄组海马snRNA-seq数据集,计算imGCs在GC簇中的百分比。

4

AD样本比较分析

比较阿尔茨海默病(AD)患者与对照组海马中imGCs的丰度和基因表达。

对8例AD和8例匹配对照(及5例老化对照)的snRNA-seq数据整合,比较imGCs比例和差异表达基因。

5

离体切片培养验证

直接验证成体人类海马神经发生的能力。

从10例癫痫患者手术切除的海马组织制备切片,在无生长因子培养基中培养1-2周,用EdU标记增殖细胞,检测新生神经元。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Dounce匀浆器Fisher Scientific8853000002
髓鞘去除磁珠IIMiltenyi Biotec130-096-733
牛血清白蛋白Sigma-AldrichB6917
RNA酶抑制剂EnzymaticsY924L
T4 DNA连接酶New England BiolabsM0202S
Dynabeads MyOne链霉亲和素C1磁珠ThermoFisher Scientific65001
Kapa HiFi热启动预混液KAPA BiosystemsKK2600
EvaGreen染料Biotium31000
KAPA纯化磁珠KAPA BiosystemsKK8000
Nextera XT文库制备试剂盒IlluminaFC-131-1024
Qubit荧光计ThermoFisher ScientificQ33238
生物分析仪Agilent--
Illumina NextSeq 550测序仪Illumina--
Illumina高输出试剂盒v2.5(75循环)Illumina20024906
Illumina高输出试剂盒v2.5(150循环)Illumina20024907
条形码磁珠ChemGenesMACOSKO-2011-10
微流控装置μFluidix9508
Leica VT 1200S振动切片机Leica--
BrainPhys神经元培养基StemCell Technologies05790
SM1神经元补充剂StemCell Technologies05711
N2补充剂ThermoFisher Scientific17502048
抗生素-抗真菌剂ThermoFisher Scientific15240062
EdUThermo Fisher ScientificA10044
Millicell组织培养板嵌入皿MilliporePICM03050
一抗multiple--
Cy2抗山羊二抗Jackson ImmunoResearch705-225-147
Cy2抗小鼠二抗Jackson ImmunoResearch715-225-151
Cy2抗兔二抗Jackson ImmunoResearch711-225-152
Cy3抗山羊二抗Jackson ImmunoResearch705-165-147
Cy3抗小鼠二抗Jackson ImmunoResearch715-165-151
Cy3抗兔二抗Jackson ImmunoResearch711-165-152
Cy5抗山羊二抗Jackson ImmunoResearch705-175-147
Cy5抗小鼠二抗Jackson ImmunoResearch715-175-151
Cy5抗兔二抗Jackson ImmunoResearch711-175-152
DAPIRoche10236276001
TrueBlackBiotium23007
Zeiss LSM 800共聚焦显微镜Carl Zeiss--
Zen 2软件Carl Zeiss--
Imaris 9.0软件BitPlane--
Fiji-ImageJ软件----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
snRNA-seq
样本年龄组、样本量、测序方法(SPLiT-seq vs Drop-seq)
阅读提示:Methods: Tissue specimens, Single-nucleus RNA sequencing
imGC鉴定
模型参数(正则化参数0.75)、相似度阈值(p≥0.85)
阅读提示:Methods: Immature neuron signature extraction and prototype-based cell scoring
免疫组化
抗体克隆号、稀释比例、抗原修复方法(NaBH4处理、目标修复液)
阅读提示:Methods: Immunostaining and confocal microscopy
离体切片培养
培养基组成(无生长因子,1μM EdU)、培养时长(1-2周)
阅读提示:Methods: Human dentate gyrus ex vivo slice culture analysis