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从组织炎症中分离人类肿瘤特异性免疫改变
Extricating human tumour immune alterations from tissue inflammation
摘要
免疫疗法在癌症治疗中取得了显著成功，但依然面临重大挑战。当前治疗方法的一个固有弱点是，其靶向的通路不仅限于肿瘤，也存在于其他组织微环境中，这使治疗变得复杂。尽管在定义肿瘤微环境中的炎症过程方面付出了巨大努力，但由于对炎症人类组织中免疫细胞群的认识存在知识缺口，对肿瘤特有免疫改变的理解仍然有限。为了识别此类肿瘤富集的免疫改变，我们采用了互补的单细胞分析方法，研究了人类头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）和部位匹配的非恶性炎症组织中的免疫浸润。我们的分析揭示了肿瘤和炎症组织中免疫细胞组成和表型存在大量重叠。计算分析识别出肿瘤富集的免疫细胞相互作用，其中之一产生了一群在肿瘤中高度富集的调节性T（Treg）细胞，该群细胞通过共表达ICOS和IL-1受体1型（IL1R1）在血液和组织的所有造血来源细胞中被独特识别。我们提供的证据表明，这些瘤内IL1R1+ Treg细胞近期对抗原产生了反应，并证明它们与IL1R1- Treg细胞相比，具有克隆性扩增和更强的抑制功能。除了识别炎症组织与肿瘤之间广泛的免疫学一致性以及具有直接疾病相关性的肿瘤特异性变化外，我们的工作还为从一般炎症相关模式中分离疾病特异性变化提供了蓝图。
实验方法
产品清单
| 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|
| FACSymphony A5流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| FACSAria III流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| FACSymphony S6细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| FACSaria II流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| BD S6分选仪 | BD Biosciences | -- |
| Chromium控制器 | 10x Genomics | -- |
| Agilent 2200 TapeStation分析仪 | Agilent | -- |
| 高灵敏度D5000 ScreenTape | Agilent | -- |
| Qubit荧光计 | ThermoFisher | -- |
| HiSeq 2500测序仪 | Illumina | -- |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| BD Rhapsody单细胞分析系统 | BD Biosciences | -- |
| NextSeq 2000测序仪 | Illumina | -- |
| BioRad TC20细胞计数器 | BioRad | -- |
| 离心机 | -- | -- |
| 移液器 | -- | -- |
| 培养箱 | -- | -- |
| 手术刀 | -- | -- |
| 注射器 | -- | -- |
| 细胞滤网 | -- | -- |
| SepMate分离管 | StemCell Technologies | 85450 |
| 淋巴细胞分离液 | Stem Cell Technologies | 07851 |
| ACK裂解缓冲液 | Thermo Fisher | A10492-01 |
| Fc阻断试剂 | BioLegend | 422302 |
| 可固定UV Blue死活染料 | ThermoFisher | L34961 |
| Brilliant染色缓冲液 | BD Biosciences | 563794 |
| 96孔圆底板 | -- | -- |
| 5毫升聚苯乙烯管 | -- | -- |
| 抗体捕获磁珠 | BD Biosciences | 552843 |
| 抗大鼠磁珠 | BD Biosciences | 552844 |
| Ultra Rainbow微球 | Spherotec | URCP-38-2K |
| DynaBeads MyOne Silane磁珠 | ThermoFisher | 370002D |
| SPRIselect磁珠 | Beckman Coulter | -- |
| Illumina TruSeq文库定量试剂盒 | BioRad | 1863040 |
| dsDNA HS检测试剂盒 | ThermoFisher | Q32851 |
| Qubit dsDNA HS试剂盒 | ThermoFisher | Q32851 |
| 抗CD3/CD28 Dynabeads磁珠 | Gibco | 11161D |
| 抗CD3/CD28/CD2磁珠 | Miltenyi | 130-092-909 |
| Cell Trace Violet细胞示踪染料 | Thermo Fisher | C34571 |
| SMART-Seq v4试剂盒 | Takara | -- |
| NexteraXT DNA样品制备试剂盒 | Illumina | -- |
| NextSeq P2测序试剂盒 | Illumina | -- |
| 胶原酶II | Sigma-Aldrich | -- |
| DNA酶 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- |
| 二甲基亚砜 | -- | -- |
| 细胞培养冻存培养基 | Gibco | 12648010 |
| 重组IL-1β | Peprotech | 200-01B |
| 胶原酶D | Roche | -- |
| 淋巴细胞分离液 | MP Biomedicals | -- |
| 抗人CD34微珠 | Miltenyi Biotec | -- |
| 生长因子减少型Matrigel | Corning | 354230 |