人类特异性增强子精细调控放射状胶质细胞潜能与皮层形成

A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis

作者信息Jing Liu, Federica Mosti, Hanzhi T Zhao, Davoneshia Lollis, Jesus E Sotelo-Fonseca, Carla F Escobar-Tomlienovich, Camila M Musso, Yiwei Mao, Abdull J Massri, Hannah M Doll, Nicole D Moss, Andre M M Sousa, Gregory A Wray, Ewoud R E Schmidt, Debra L Silver
PMID40369080
期刊Nature
发布时间2025-07
DOI10.1038/s41586-025-09002-1

实验完整度

包含基因组编辑小鼠、人类和黑猩猩细胞、类器官等多个独立模型,并进行了功能验证(增殖、分化)和机制验证(WNT信号通路)。

主要模型

基因组编辑小鼠(Mm-HARE5Hs/Hs敲入和cKO) 人类胚胎干细胞(H9)来源的神经祖细胞及皮层类器官 黑猩猩iPSC(C3649)来源的神经祖细胞

重点核对

HARE5敲入小鼠的遗传背景(C57BL/6J,F8代或更晚) NPC分化方案(人类:Dorsomorphin和SB431542;黑猩猩:bFGF2和Noggin) BrdU脉冲标记时间点(E11.5、E13.5、E14.5注射,24小时后收取) CHIR99021处理浓度(2.5μM、5μM、7.5μM) 统计检验方法(双尾学生t检验、ANOVA等)

摘要

人类进化出了极为扩张且复杂的大脑皮层,这与发育和基因调控的修饰相关。人类加速区(HARs)是具有人类特异性核苷酸替换的高度保守DNA序列。尽管有数千个已注释的HARs,它们对物种特异性皮层发育的功能贡献在很大程度上是未知的。HARE5是一个HAR转录增强子,调控WNT信号受体Frizzled8(FZD8),在脑发育中活跃。在此,我们利用基因组编辑的小鼠和灵长类模型,证明了人类(Hs)HARE5通过控制神经祖细胞(NPCs)的增殖和神经发生能力来精细调控皮层发育和连接性。Hs-HARE5敲入小鼠的新皮层显著增大,含有更多兴奋性神经元。通过测量体内神经动力学,我们显示这些解剖学特征导致皮层区域间功能独立性增加。我们使用固定和活体成像、谱系分析和单细胞RNA测序评估了潜在的发育机制。我们发现Hs-HARE5改变了放射状胶质细胞(RGC)的行为,在早期发育阶段增加了自我更新,随后扩展了神经发生潜能。利用基因组编辑的人类和黑猩猩(Pt)NPCs以及皮层类器官,我们展示了Hs-HARE5中的四个人类特异性变异驱动增强子活性增加,从而促进祖细胞增殖。最后,我们显示Hs-HARE5通过放大经典WNT信号来增加祖细胞增殖。这些发现阐明了调控DNA的小变化如何直接影响关键信号通路以调节脑发育。我们的研究揭示了HARs作为关键调控元件的新功能,对人类大脑皮层的扩张和复杂性至关重要。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
人类加速区HARE5如何功能性地贡献于人类特异性皮层发育?
核心机制
Hs-HARE5通过其4个人类特异性碱基变异增强增强子活性,上调FZD8表达,从而放大神经祖细胞中的经典WNT信号,促进早期放射状胶质细胞的自我更新和随后神经元产生。
主要证据
基因组编辑小鼠(HARE5Hs/Hs)显示皮层增大、神经元增多且上层层神经元比例增加;人类和黑猩猩NPC及皮层类器官实验显示变异的效应;经典WNT报告实验显示信号增强。
研究意义
该研究表明HARs可作为关键调控元件,通过精细调控关键发育信号通路来驱动人类大脑皮层的扩张和复杂性。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

HARE5增强子活性及靶基因验证

验证HARE5为神经细胞中FZD8的活性增强子。

通过ChIP-seq、Hi-C和CRISPRi验证HARE5增强子活性及其对FZD8表达的特异性调控。

2

小鼠模型中HARE5功能验证

检验Hs-HARE5对皮层大小、神经元数量和功能连接的影响。

生成HARE5敲入和条件敲除小鼠,测量皮层面积、神经元数量、分层标记物,并通过宽场钙成像评估功能连接。

3

发育机制分析

揭示Hs-HARE5对神经祖细胞增殖和命运的影响。

通过BrdU脉冲追踪、IUE谱系追踪、活细胞成像和单细胞RNA测序,分析RGC和IP的增殖、细胞周期退出和分化。

4

人类和黑猩猩细胞模型验证

验证人类特异性变异对NPC增殖和分化的影响。

通过CRISPR/Cas9在人类ESC和黑猩猩iPSC中替换HARE5,生成NPC和皮层类器官,检测FZD8表达和增殖。

5

机制通路验证

验证Hs-HARE5通过经典WNT信号促进增殖。

使用经典WNT报告系统(TCF/LEF-H2B-EGFP)在细胞和小鼠中检测WNT活性,并通过FZD8过表达和CHIR99021处理验证其功能。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
mTeSR1培养基Stem Cell85850
基质胶VWR354277
ReLeSR细胞传代试剂Stem Cell5872
Accutase细胞消化液ThermoA11105
SB431542SelleckchemS1067
碱性成纤维细胞生长因子2R&D233FB025
Noggin蛋白Miltenyi Biotec130-103-456
溴脱氧尿苷SigmaB5002
EdUThermoA10044
CHIR99021----
IWR1Millipore681669
Y-27632Stem Cell72304
IWR1Millipore681669
SB431542SelleckchemS1067
Trizol试剂Thermo15596026
RNeasy micro-plus试剂盒Qiagen74034
QuantStudio 3实时荧光定量PCR系统Applied Biosystems--
ChIP试剂盒Abcamab500
Chromium单细胞3' v3.1试剂盒10x Genomics--
NovaSeq测序仪Illumina--
多聚-D-赖氨酸SigmaP7280
MatTek玻璃底24孔板MatTekP24G-1.5-10-F
抗NeuN抗体Cell Signaling24307S
抗SOX2抗体Thermo14-9811-82
抗BRN2抗体NovusNBP2-21585
抗RORβ抗体R&D SystemsN7927
抗CTIP2抗体AbcamAB18465
抗TBR1抗体AbcamAB31940
抗Synapsin1抗体Synaptic Systems106008
DRAQ5Cell Signaling Technology4084S
抗SOX9抗体MilliporeAB5535
抗OLIG2抗体MilliporeMABN50
抗NeuroD2抗体AbcamAB104430
抗PH3抗体Millipore06-570
抗TBR2抗体Abcamab183991
抗TUJ1抗体CovanceMM5-435P
抗BrdU抗体Abcamab6326
抗Ki67抗体Cell Signaling12202
抗RFP抗体Rockland600-401-379
抗GFP抗体Abcamab13970
抗OCT4抗体Abcamab19857
DAPIThermo FisherD1306
Click-iT Plus EdU成像试剂盒ThermoC10638
Nano-Glo双荧光素酶报告基因检测系统PromegaN1551
Lipofectamine LTX转染试剂Thermo FisherA12621
AAV-PHP.eB-syn-jGCaMP7s病毒Addgene--
Andor Zyla 4.2+ sCMOS相机Andor--
尼康Micro-Nikkor 60 mm f/2.8D镜头Nikon--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
小鼠模型建立
小鼠品系背景(C57BL/6J,F8或更后)、目标基因座(mm9 chr18: 8871182-8872410)、人类HARE5序列坐标(hg38 chr10:35949193-35950411)
阅读提示:Methods: Animals
细胞培养与NPC分化
细胞系来源(H9、C3649)、培养条件(mTeSR1、Matrigel)、分化方案(人类:Dorsomorphin/SB431542;黑猩猩:bFGF2/Noggin)、分化天数(D12-14)
阅读提示:Methods: Cell line maintenance and NPC differentiation
细胞增殖检测
标记物(SOX2、PH3)、计数方法(NPC岛或rosette)、统计单位(独立实验次数)
阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining and image acquisition
体内功能成像
小鼠年龄(>P65)、病毒注射(AAV-PHP.eB-syn-jGCaMP7s)、成像条件(60Hz、10分钟)、数据分析(k-means聚类)
阅读提示:Methods: Widefield calcium imaging in vivo