HARE5增强子活性及靶基因验证
验证HARE5为神经细胞中FZD8的活性增强子。
通过ChIP-seq、Hi-C和CRISPRi验证HARE5增强子活性及其对FZD8表达的特异性调控。
A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis
包含基因组编辑小鼠、人类和黑猩猩细胞、类器官等多个独立模型,并进行了功能验证(增殖、分化)和机制验证(WNT信号通路)。
基因组编辑小鼠(Mm-HARE5Hs/Hs敲入和cKO) 人类胚胎干细胞(H9)来源的神经祖细胞及皮层类器官 黑猩猩iPSC(C3649)来源的神经祖细胞
HARE5敲入小鼠的遗传背景(C57BL/6J,F8代或更晚) NPC分化方案(人类:Dorsomorphin和SB431542;黑猩猩:bFGF2和Noggin) BrdU脉冲标记时间点(E11.5、E13.5、E14.5注射,24小时后收取) CHIR99021处理浓度(2.5μM、5μM、7.5μM) 统计检验方法(双尾学生t检验、ANOVA等)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证HARE5为神经细胞中FZD8的活性增强子。
通过ChIP-seq、Hi-C和CRISPRi验证HARE5增强子活性及其对FZD8表达的特异性调控。
检验Hs-HARE5对皮层大小、神经元数量和功能连接的影响。
生成HARE5敲入和条件敲除小鼠,测量皮层面积、神经元数量、分层标记物,并通过宽场钙成像评估功能连接。
揭示Hs-HARE5对神经祖细胞增殖和命运的影响。
通过BrdU脉冲追踪、IUE谱系追踪、活细胞成像和单细胞RNA测序,分析RGC和IP的增殖、细胞周期退出和分化。
验证人类特异性变异对NPC增殖和分化的影响。
通过CRISPR/Cas9在人类ESC和黑猩猩iPSC中替换HARE5,生成NPC和皮层类器官,检测FZD8表达和增殖。
验证Hs-HARE5通过经典WNT信号促进增殖。
使用经典WNT报告系统(TCF/LEF-H2B-EGFP)在细胞和小鼠中检测WNT活性,并通过FZD8过表达和CHIR99021处理验证其功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | mTeSR1培养基 | Stem Cell | 85850 |
| 基质胶 | VWR | 354277 | |
| ReLeSR细胞传代试剂 | Stem Cell | 5872 | |
| Accutase细胞消化液 | Thermo | A11105 | |
| 神经元分化 | SB431542 | Selleckchem | S1067 |
| 碱性成纤维细胞生长因子2 | R&D | 233FB025 | |
| Noggin蛋白 | Miltenyi Biotec | 130-103-456 | |
| 溴脱氧尿苷 | Sigma | B5002 | |
| EdU | Thermo | A10044 | |
| CHIR99021 | -- | -- | |
| IWR1 | Millipore | 681669 | |
| 类器官培养 | Y-27632 | Stem Cell | 72304 |
| IWR1 | Millipore | 681669 | |
| SB431542 | Selleckchem | S1067 | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Thermo | 15596026 |
| RNeasy micro-plus试剂盒 | Qiagen | 74034 | |
| RT-qPCR | QuantStudio 3实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| ChIP | ChIP试剂盒 | Abcam | ab500 |
| 单细胞RNA测序 | Chromium单细胞3' v3.1试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| NovaSeq测序仪 | Illumina | -- | |
| 活细胞成像 | 多聚-D-赖氨酸 | Sigma | P7280 |
| MatTek玻璃底24孔板 | MatTek | P24G-1.5-10-F | |
| 免疫荧光染色 | 抗NeuN抗体 | Cell Signaling | 24307S |
| 抗SOX2抗体 | Thermo | 14-9811-82 | |
| 抗BRN2抗体 | Novus | NBP2-21585 | |
| 抗RORβ抗体 | R&D Systems | N7927 | |
| 抗CTIP2抗体 | Abcam | AB18465 | |
| 抗TBR1抗体 | Abcam | AB31940 | |
| 抗Synapsin1抗体 | Synaptic Systems | 106008 | |
| DRAQ5 | Cell Signaling Technology | 4084S | |
| 抗SOX9抗体 | Millipore | AB5535 | |
| 抗OLIG2抗体 | Millipore | MABN50 | |
| 抗NeuroD2抗体 | Abcam | AB104430 | |
| 抗PH3抗体 | Millipore | 06-570 | |
| 抗TBR2抗体 | Abcam | ab183991 | |
| 抗TUJ1抗体 | Covance | MM5-435P | |
| 抗BrdU抗体 | Abcam | ab6326 | |
| 抗Ki67抗体 | Cell Signaling | 12202 | |
| 抗RFP抗体 | Rockland | 600-401-379 | |
| 抗GFP抗体 | Abcam | ab13970 | |
| 抗OCT4抗体 | Abcam | ab19857 | |
| DAPI | Thermo Fisher | D1306 | |
| Click-iT Plus EdU成像试剂盒 | Thermo | C10638 | |
| 荧光素酶报告基因实验 | Nano-Glo双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | N1551 |
| 细胞转染 | Lipofectamine LTX转染试剂 | Thermo Fisher | A12621 |
| 动物实验 | AAV-PHP.eB-syn-jGCaMP7s病毒 | Addgene | -- |
| 宽场钙成像 | Andor Zyla 4.2+ sCMOS相机 | Andor | -- |
| 尼康Micro-Nikkor 60 mm f/2.8D镜头 | Nikon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型建立 | 小鼠品系背景(C57BL/6J,F8或更后)、目标基因座(mm9 chr18: 8871182-8872410)、人类HARE5序列坐标(hg38 chr10:35949193-35950411) 阅读提示:Methods: Animals |
| 细胞培养与NPC分化 | 细胞系来源(H9、C3649)、培养条件(mTeSR1、Matrigel)、分化方案(人类:Dorsomorphin/SB431542;黑猩猩:bFGF2/Noggin)、分化天数(D12-14) 阅读提示:Methods: Cell line maintenance and NPC differentiation |
| 细胞增殖检测 | 标记物(SOX2、PH3)、计数方法(NPC岛或rosette)、统计单位(独立实验次数) 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining and image acquisition |
| 体内功能成像 | 小鼠年龄(>P65)、病毒注射(AAV-PHP.eB-syn-jGCaMP7s)、成像条件(60Hz、10分钟)、数据分析(k-means聚类) 阅读提示:Methods: Widefield calcium imaging in vivo |