EndoMAP.v1绘制人类早期内体复合物的结构图谱

早期或分选内体是动态细胞器，通过分选质膜蛋白以回收或降解，在蛋白质组调控中起关键作用。这些过程由众多瞬时关联的调控复合物和膜整合组分协调，影响内体成熟过程中的细胞器特性。尽管已有数百种已知的内体相关蛋白和货物在生化或结构层面被研究，但许多内体组分的相互作用伴侣和高阶分子组装体仍不清楚。本研究结合纯化早期内体的交联与天然凝胶质谱技术、AlphaFold和计算分析，构建了一个系统性的人类内体结构相互作用组。我们提出了229个内体蛋白对及额外高阶组装体的结构模型，这些模型得到了其天然亚细胞环境中实验交联数据的支持，为先前报道的调控过程提供了结构机制解释。利用诱导神经元，我们验证了两个候选复合物（TMEM230作为ATP8和ATP11脂质翻转酶亚基，以及TMEM9和TMEM9B作为氯-质子反向转运蛋白CLCN3、CLCN4和CLCN5的亚基），其相互作用得到了交联和结构预测的支持。该资源及其伴随的结构网络查看器为理解细胞器结构相互作用组和大规模验证结构预测提供了一个实验框架。