人脑snRNA-seq图谱构建及差异表达分析
鉴定ABCA7功能缺失变异在不同脑细胞类型中的转录组变化,重点关注神经元。
对12名ABCA7 PTC变异携带者和24名匹配对照的前额叶皮层BA10区进行单核RNA测序,经质量控制后共获得102,710个细胞,分析各细胞类型的差异表达基因。
ABCA7 variants impact phosphatidylcholine and mitochondria in neurons
整合人脑snRNA-seq、iPSC衍生神经元体外模型、皮质类器官、脂质组学、线粒体功能及分子动力学模拟等多层级验证,并进行功能恢复实验。
人脑前额叶皮层样本(snRNA-seq) iPSC来源的诱导神经元(iNs) iPSC来源的皮质类器官 分子动力学模拟系统
ABCA7功能缺失变异类型(PTC变异)及对照匹配条件 iPSC来源神经元分化时间(4周)及CDP-胆碱处理浓度和时间(100μM,最后2周) 皮质类器官成熟时间及CDP-胆碱处理条件(1mM,4周) 线粒体功能检测方法(Seahorse、TMRM、MitoHealth、CellROX)及关键参数
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定ABCA7功能缺失变异在不同脑细胞类型中的转录组变化,重点关注神经元。
对12名ABCA7 PTC变异携带者和24名匹配对照的前额叶皮层BA10区进行单核RNA测序,经质量控制后共获得102,710个细胞,分析各细胞类型的差异表达基因。
识别ABCA7 LoF影响的兴奋性神经元特异通路和基因簇。
使用GSEA和Kernighan-Lin聚类分析兴奋性神经元的差异表达基因,鉴定出与脂质代谢、线粒体功能、DNA损伤和突触信号相关的基因簇。
探索常见变异p.Ala1527Gly是否可能导致与LoF变异类似的ABCA7结构变化。
对ABCA7的闭合(ATP结合)和开放(ATP未结合)构象进行模拟,比较Ala1527与Gly1527变体的局部结构稳定性和构象变化。
在人类神经元中实验验证ABCA7 LoF变异引起的转录组和线粒体功能改变。
通过CRISPR-Cas9生成携带ABCA7 p.Glu50fs*3或p.Tyr622*的等基因iPSC系,分化为诱导神经元,进行电生理、线粒体功能和脂质组学检测。
测试补充CDP-胆碱是否可以逆转ABCA7 LoF引起的神经元功能障碍。
对4周分化的iNs在最后2周用100μM CDP-胆碱处理,检测脂质组成、转录组、线粒体功能和氧化应激;并在皮质类器官中检测Aβ分泌和神经元过度兴奋。
评估CDP-胆碱对ABCA7 LoF相关的AD病理特征(Aβ分泌、神经元过度兴奋)的影响。
从ABCA7 p.Tyr622*和WT iPSC系生成皮层类器官(约6个月成熟),用CDP-胆碱处理,测定Aβ40/Aβ42分泌和神经元动作电位频率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单核RNA测序 | Chromium单细胞3'试剂盒v3 | 10x Genomics | -- |
| NovaSeq 6000 S2 | Illumina | -- | |
| NextSeq 500/550高通量试剂盒v2 | Illumina | -- | |
| iPSC培养 | mTeSR-1培养基 | StemCell Technologies | 85850 |
| Matrigel基质胶 | Corning | 354277 | |
| ReLeSR | StemCell Technologies | 05872 | |
| Accutase | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ROCK抑制剂 | Abcam | ab285418 | |
| 神经元分化 | BrainPhys神经元培养基 | StemCell Technologies | 05793 |
| Neurocult SM1神经元添加剂 | StemCell Technologies | 05711 | |
| 药物处理 | CDP-胆碱 | Millipore Sigma-Aldrich | 30290 |
| 免疫荧光染色 | MAP2抗体 | -- | -- |
| NeuN抗体 | -- | -- | |
| 线粒体膜电位检测 | TMRM染料 | Thermo Fisher Scientific | I34361 |
| 氧化应激检测 | CellROX Orange染料 | Thermo Fisher Scientific | C10443 |
| 线粒体功能检测 | MitoHealth染料 | Thermo Fisher Scientific | H10295 |
| Seahorse XFe96分析仪 | Agilent | -- | |
| Aβ检测 | Aβ40 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | KHB3481 |
| Aβ42 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | KHB3441 | |
| LC-MS脂质组学 | Orbitrap Exactive plus质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Ultimate 3000液相色谱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Biobond C4色谱柱 | Dikma Technologies | -- | |
| LC-MS代谢组学 | Vanquish液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ID-X质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 分子动力学模拟 | GROMACS 2022.3 | -- | -- |
| CHARMM36M力场 | -- | -- | |
| PyMOL v.2.0 | -- | -- | |
| VMD v.1.9.4 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| snRNA-seq分析 | 样本数量(12 LoF, 24对照)、组织区域(BA10)、测序平台(10x Genomics Chromium)、基因过滤阈值(>10%细胞检出)、协变量(性别、NFT、淀粉样蛋白、年龄、PMI、批次、APOE4、SV) 阅读提示:Methods: Droplet-based snRNA-seq, Differential gene expression |
| iPSC衍生神经元分化 | iPSC系(AG09173, APOE3/3)、分化方案(NGN2诱导)、分化时间(4周)、培养基(BrainPhys等)、基质(Matrigel) 阅读提示:Methods: Culture and generation of human isogenic iPS cells, Lentivirus-mediated NGN2 induction |
| 线粒体功能检测 | Seahorse检测药物浓度(oligomycin 2.5μM, FCCP 1μM, rotenone/antimycin 0.5μM)、TMRM浓度(0.1μM,30min)、MitoHealth染料、FCCP浓度(1μM)、CellROX浓度(5μM) 阅读提示:Methods: Seahorse metabolic assays, Confocal imaging experiments |
| CDP-胆碱处理 | 处理浓度(100μM iNs, 1mM类器官)、处理时长(2周iNs, 4周类器官)、给药方式(培养基中) 阅读提示:Methods: Lentivirus-mediated NGN2 induction, Cortical organoid generation |
| 皮质类器官实验 | 类器官成熟时间(约6个月)、Aβ ELISA检测方法及时间点(176-182天)、电生理记录条件(解离后2D培养2周) 阅读提示:Methods: Cortical organoid generation, Aβ ELISA assays, Electrophysiology recordings |