建立长期离体细胞传播测定
设计能够区分简单扩散和触发波的长距离铁死亡传播测定,以确定其传播动力学的性质。
在RPE-1细胞中,采用erastin处理诱导铁死亡应激,结合蓝光光诱导控制启动位点,通过活细胞显微镜监测细胞死亡传播。
Emergence of large-scale cell death through ferroptotic trigger waves
包含体外细胞模型、数学模型模拟、离体胚胎培养及在卵干预等多个独立证据层级,并包括细胞功能验证、机制验证和体内验证。
人RPE-1细胞 A549和U-2 OS细胞 HH30-33鸡胚肢体
铁死亡诱导方式为胱氨酸剥夺或erastin处理 蓝光(432 nm)光致ROS用于启动铁死亡传播 波速约5.5 μm/min DFO、FC、GKT137831等化学扰动对波速的调控 胚胎肢体中细胞死亡传播速度为1.30 ± 0.13 μm/min
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
设计能够区分简单扩散和触发波的长距离铁死亡传播测定,以确定其传播动力学的性质。
在RPE-1细胞中,采用erastin处理诱导铁死亡应激,结合蓝光光诱导控制启动位点,通过活细胞显微镜监测细胞死亡传播。
验证铁死亡是否在多种细胞系中显示出有序的传播特征。
对多种细胞系进行erastin处理,并通过时间序列成像和向量熵分析评估死亡事件的空间有序性。
确定铁死亡传播是否依赖于细胞间接触或可扩散的ROS信号。
通过制造物理间隙观察波浪能否跨越间隙,并表征条件培养基中扩散分子的性质。
探究Fenton反应、NOX信号和GSH等ROS反馈回路对铁死亡触发波速度的影响。
通过化学扰动(DFO、FC、GKT137831、LY294002、dasatinib)和遗传操纵(ERK2过表达)调节反馈回路强度,测量波速变化。
确证铁死亡应激是否使细胞ROS呈现双稳态,这是触发波传播的必要条件。
结合数学模型和实验,在不同erastin浓度下测量单细胞ROS稳态,并观察光诱导后的响应。
检验铁死亡是否在胚胎肢体发育中通过传播参与大规模细胞死亡。
在鸡胚HH30-33阶段,通过免疫染色检测铁死亡标志物(4-HNE),离体培养实时监测细胞死亡传播,并通过在卵注射UAMC-3203抑制铁死亡观察肌肉形态变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | Erastin | Cayman | 17754 |
| RSL3 | MedChemExpress | HY-100218A | |
| Ferrostatin-1 | Cayman | 17729 | |
| Necrostatin-1 | Cayman | 11658 | |
| Z-VAD-FMK | Cayman | 14463 | |
| 离子霉素 | Sigma-Aldrich | I9657 | |
| 星形孢菌素 | MedChemExpress | HY-15141 | |
| GKT137831 | MedChemExpress | HY-12298 | |
| LY294002 | LC laboratories | L-7962 | |
| 达沙替尼 | Cayman | 11498 | |
| FSEN1 | Cayman | 38025 | |
| Trolox | MedChemExpress | HY-101445 | |
| L-丁硫氨酸-亚砜亚胺 | Sigma-Aldrich | B2515 | |
| 甲磺酸去铁胺粉末 | Sigma-Aldrich | D9533 | |
| Tiron | Sigma-Aldrich | 172553 | |
| TEMPO | Sigma-Aldrich | 176141 | |
| N-乙酰-L-半胱氨酸 | Sigma-Aldrich | A9165 | |
| 过氧化氢酶 | Sigma-Aldrich | C1345 | |
| 柠檬酸铁 | Sigma-Aldrich | 3522-50-7 | |
| 细胞染色 | Sytox Green核酸染料 | Invitrogen | S7020 |
| siR-DNA探针 | Spirochrome | SC007 | |
| siR700-DNA探针 | Spirochrome | SC015 | |
| CellROX深红染料 | Invitrogen | C10422 | |
| C11 BODIPY581/591 | Invitrogen | D3861 | |
| FeRhoNox-1铁染料 | Sigma-Aldrich | SCT030 | |
| DAPI | AAT Bioquest | 17513 | |
| NOX活性测定 | 光泽精 | Cayman | 14872 |
| NADPH | Sigma-Aldrich | N7505 | |
| 蛋白质提取 | 磷酸酶抑制剂混合物 | Calbiochem | 524629 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Calbiochem | 539134 | |
| 细胞培养 | 人全转铁蛋白 | R&D Systems | 2914-HT |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875 | |
| DMEM培养基 | Gibco | 11965 | |
| DMEM/F12培养基 | Gibco | 21041025 | |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | TMS-013-BKR | |
| 透析胎牛血清 | Gibco | 26400-044 | |
| 基质胶 | Corning | 356231 | |
| 质粒构建 | FuGENE HD转染试剂 | Promega | E2311 |
| DPPH实验 | DPPH检测试剂盒 | Dojindo | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | 文中未明确说明 | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPFL85R | |
| 抗ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 9102 | |
| 抗磷酸化ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 9106S | |
| IRDye 680RD山羊抗小鼠IgG | LiCOR | 926-68070 | |
| IRDye 800CW驴抗兔IgG | LiCOR | 925-32213 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 1708891 | |
| iTaq Universal SYBR Green | Bio-Rad | 1708882 | |
| TUNEL染色 | 原位细胞死亡检测试剂盒 | Roche | -- |
| 免疫染色 | 抗4-HNE抗体 | Abcam | ab46545 |
| 抗4-HNE抗体 | Abcam | ab48506 | |
| 抗肌球蛋白重链抗体 | Developmental Studies Hybridoma Bank | MF20 | |
| 山羊抗兔IgG Alexa Fluor Plus 488 | Invitrogen | A32731 | |
| 山羊抗小鼠IgG Alexa Fluor Plus 647 | Invitrogen | A32728 | |
| 山羊抗兔IgG Alexa Fluor 568 | Invitrogen | A11036 | |
| 离体培养 | DMEM/F12培养基 | Gibco | 21041025 |
| 硅胶 | Picodent Twinsil | 13001000 | |
| 在卵注射 | UAMC-3203 | 文中未明确说明 | -- |
| 图像采集 | 蔡司Axio Observer 7倒置显微镜 | Zeiss | -- |
| 蔡司LSM980共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| X-Cite Xylis LED照明系统 | Excelitas Technologies | XT720S | |
| Prime BSI科学CMOS相机 | Photometrics | -- | |
| EnSpire多功能酶标仪 | PerkinElmer | -- | |
| SpectraMax Paradigm微孔板读板机 | Molecular Devices | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基配方、FBS浓度、传代条件 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 铁死亡触发波测定 | erastin浓度、处理时间、光诱导波长、光功率和曝光时间、观察时间间隔 阅读提示:Methods: Cell-based assay for ferroptotic trigger waves in RPE-1 cells; Photoinduction |
| 化学扰动实验 | 抑制剂浓度、添加时间点、DMSO浓度 阅读提示:Methods: Chemical perturbation of ferroptotic trigger waves |
| ROS和脂质过氧化检测 | 染料种类、浓度、染色时间、成像设置 阅读提示:Methods: Imaging cellular ROS and lipid peroxidation |
| 胚胎肢体实验 | 鸡胚品系、孵化时间、HH阶段、离体培养条件、在卵注射剂量 阅读提示:Methods: TUNEL staining of chicken limbs; Immunostaining of chicken limbs; Time-lapse imaging of cell death in chicken limb ex vivo; In ovo injection of ferroptosis inhibitor UAMC-3203 |