从人胰腺肿瘤和十二指肠中分离细菌和真菌

胰腺导管腺癌具有独特的肿瘤微生物组，使用抗生素/抗真菌鸡尾酒疗法清除肠道细菌或真菌已被证明可以减少小鼠的胰腺肿瘤负荷。然而，由于临床相关微生物群的可用性有限，评估肿瘤相关微生物作用的功能研究很少。在此，我们详细描述了一种从胰腺癌患者的十二指肠和肿瘤中分离细菌和真菌的有效工作流程，该流程专门针对冷冻、低生物量的样本进行了优化。使用此工作流程，我们还从器官捐献者的正常胰腺组织和十二指肠中分离了微生物群，并通过16S和ITS测序分析确认了从组织样本中分离出的细菌和真菌的存在。分离和测序结果显示，胰腺和十二指肠微生物组之间存在明显的相似性，并突出了在肿瘤微环境中存活的独特细菌菌株。作为概念验证，我们通过全基因组测序、代谢组学和离体肿瘤培养，对从胰腺肿瘤中分离出的一株选定产酸克雷伯菌（UMKO1）进行了表征，以确定其对胰腺肿瘤微环境的潜在影响。总之，这种优化的工作流程允许从低生物量、冷冻保存的胰腺和十二指肠组织中分离出多种细菌和真菌，这些微生物随后可用于表征临床相关肿瘤相关微生物群的功能研究。