全面基因组分析液体活检在胃肠道间质瘤中的临床应用

胃肠道间质瘤（GIST）的治疗主要依赖酪氨酸激酶抑制剂，其选择取决于特定的基因突变。本研究旨在确定液体活检在晚期GIST中的临床应用。我们评估了GIST的液体（n = 181，使用FoundationOne Liquid CDx）和组织（n = 2198，使用FoundationOne和FoundationOne CDx）全面基因组分析结果。通过肿瘤分数（TF）确定液体中循环肿瘤DNA的存在，TF ≥ 1% 定义为TF升高。液体全面基因组分析显示，30%（54/181）的样本TF升高，其中KIT和PDGFRA基因变异的检出率分别为89%（48/54）和2%（1/54）。在患者匹配的组织/液体样本（n = 49）中，相对于组织，TF升高的液体样本中驱动基因变异的阳性百分比一致性为100%。在携带KIT驱动突变的液体样本（55%，42/77）中，同时存在伊马替尼耐药性变异；少数病例存在非KIT耐药机制，如FGFR2融合以及BRAF或EGFR变异。与组织相比，液体样本中伊马替尼耐药的KIT外显子13和17突变的相对检出率更高。最后，在液体活检队列中，分别有2.2%、1.7%和1.1%的患者被预测携带KIT、SDHx或NF1的胚系突变。总之，在GIST患者的液体活检中，识别出了已知的驱动基因和酪氨酸激酶抑制剂耐药突变，在TF升高的情况下与组织检测结果具有高度一致性。液体活检在GIST的分子分型和临床管理中可能具有重要价值。