RSL3耐药细胞筛选和转录组分析
鉴定与MM耐药和铁死亡抑制相关的临床相关基因
将KMS11和ARH77细胞在浓度递增的RSL3中培养两个月,获得RSL3耐药群体,进行RNA-seq,筛选与铁死亡相关且与MM患者预后差相关的基因。
Targeting STK17B kinase activates ferroptosis and suppresses drug resistance in multiple myeloma
包含体外细胞系功能实验、RSL3耐药筛选、RNA-seq、TurboID邻近标记结合磷酸化蛋白质组学、体外激酶实验、异种移植小鼠模型及药物处理。
多发性骨髓瘤细胞系(KMS11、ARH77、MM.1S、MM.1R) RSL3耐药多发性骨髓瘤细胞 BTZ耐药多发性骨髓瘤细胞 CIEA NOG®小鼠皮下和尾静脉异种移植模型
STK17B表达与MM患者预后及耐药的相关性 STK17B激酶活性对RSL3和BTZ耐药的作用 STK17B抑制诱导铁死亡的证据(脂质过氧化、不稳定铁、GPX4下调) STK17B直接磷酸化HSPB1和IREB2的机制 AP-204在异种移植模型中的抗肿瘤效果及安全性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与MM耐药和铁死亡抑制相关的临床相关基因
将KMS11和ARH77细胞在浓度递增的RSL3中培养两个月,获得RSL3耐药群体,进行RNA-seq,筛选与铁死亡相关且与MM患者预后差相关的基因。
验证STK17B在MM患者中与预后和耐药的相关性
利用CoMMpass数据库分析STK17B表达与患者OS的关系,并在GEO数据集中比较复发/难治和新诊断患者的表达水平。
确定STK17B激酶活性对MM细胞耐药和铁死亡的影响
在MM细胞中过表达STK17BWT或激酶失活K62A突变体,以及用shRNA敲低STK17B,检测细胞活力、对RSL3和BTZ的敏感性。
验证STK17B抑制是否诱导铁死亡
用STK17B shRNA或抑制剂SGC-STK17B-1处理MM细胞,检测细胞增殖、细胞死亡、脂质过氧化、细胞内不稳定铁水平和GPX4表达。
鉴定STK17B调控铁死亡的关键直接靶标
使用TurboID邻近标记结合磷酸化蛋白质组学筛选STK17B相互作用蛋白,并通过体外激酶实验和免疫共沉淀验证IREB2和HSPB1是直接底物。
评估STK17B抑制剂AP-204在MM异种移植模型中的抗肿瘤效果和安全性
在CIEA NOG®小鼠皮下注射KMS11或ARH77细胞,口服AP-204治疗,测量肿瘤体积;尾静脉注射MM.1R-luc细胞,通过IVIS监测肿瘤负荷;评估体重和造血干细胞变化。
评估AP-204是否增强BTZ、CFZ和LEN的细胞毒性
用BTZ、CFZ或LEN单独或联合AP-204处理MM细胞和BTZ耐药细胞,检测细胞活力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MycoAlert®支原体检测试剂盒 | Lonza | LT07-318 |
| 药物处理 | 硼替佐米 | Selleckchem | S1013 |
| 卡非佐米 | MedChemExpress LLC | HY-10455 | |
| 来那度胺 | MedChemExpress LLC | HY-A0003 | |
| RSL3 | MedChemExpress LLC | HY-100218A | |
| 细胞活力检测 | 台盼蓝拒染法 | MilliporeSigma | T8154-100ml |
| CellTiter 96® AQueous检测(MTS) | Promega | G3581 | |
| 脂质过氧化检测 | BODIPY™ 581/591 C11试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | D3861 |
| 不稳定铁检测 | FerroOrange试剂 | Dojindo Molecular Technologies | F374 |
| STK17B抑制剂 | SGC-STK17B-1 | MilliporeSigma | SML2945 |
| 蛋白质印迹 | STK17B抗体 | Proteintech Group, Inc | 26600-1-AP |
| β-微管蛋白抗体 | Proteintech Group, Inc | HRP-66031 | |
| MLC2抗体 | Proteintech Group, Inc | 15354-1-AP | |
| HSPB1抗体 | Proteintech Group, Inc | 18284-1-AP | |
| IREB2抗体 | Proteintech Group, Inc | 29976-1-AP | |
| GPX4抗体 | Proteintech Group, Inc | 67763-1-Ig | |
| TFRC抗体 | Proteintech Group, Inc | 66180-1-Ig | |
| p-MLC2S19抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 3671T | |
| p-HSPB1S15抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 2404S | |
| p-STAT3Y705抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 9145S | |
| Flag抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 8146S | |
| FTH1抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 3998S | |
| 体外激酶实验 | 重组STK17B蛋白 | Abcam Inc. | ab271489 |
| 重组HSPB1蛋白 | Abcam Inc. | ab48740 | |
| 异种移植模型 | AP-204 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| RSL3耐药细胞筛选 | RSL3浓度递增方案(KMS11达800nM,ARH77达3μM),选择时间两个月,后续无药培养三周 阅读提示:Methods 'Cell lines' 和 Figure 1A |
| STK17B表达与预后分析 | CoMMpass数据库患者分组(四分位),GSE数据集(GSE9782、GSE6477、GSE31161)中复发和新诊断样本的定义 阅读提示:Figure 1B-D 和相应数据集描述 |
| STK17B过表达和敲低 | 慢病毒载体构建(WT和K62A),shRNA序列(ST1、ST2),感染后72小时检测蛋白表达 阅读提示:Methods 'Cell lines' 和 Figure 2A |
| 铁死亡检测 | 处理时间(shRNA后5天,SGC-STK17B-1处理72小时),BODIPY和FerroOrange的使用方法,GPX4蛋白检测 阅读提示:Figure 2D-J 和 Figure 3E |
| 体内药效实验 | AP-204剂量(10mg/kg),给药方案(每天两次,五天用药/两天停药),动物品系(CIEA NOG®),肿瘤细胞注射方式(皮下和尾静脉) 阅读提示:Methods 'MM mouse models' 和 Figure 4A-D |