验证ZEB1对HCC肿瘤发生的体内作用
通过肝脏特异性Zeb1敲除小鼠模型,验证ZEB1缺乏是否影响DEN/CCl4诱导的HCC发生。
将Zeb1flox/flox小鼠与Alb-Cre小鼠杂交获得肝脏特异性Zeb1敲除小鼠及其野生型同窝仔,给予DEN/CCl4处理,观察肿瘤发生率。
ZEB1 Transcriptionally Activates PHGDH to Facilitate Carcinogenesis and Progression of HCC
包含体外细胞功能实验、体内原位异种移植和基因敲除小鼠模型、代谢示踪及临床样本分析等多层级验证。
MHCC-97H细胞系 肝脏特异性Zeb1敲除小鼠 原位异种移植裸鼠模型
ZEB1与PHGDH表达的相关性 ZEB1对PHGDH启动子的非经典结合 ZEB1-PHGDH轴对SSP代谢通量的影响 ZEB1-PHGDH轴对细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡抗性的影响 体内肿瘤生长和转移的差异
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过肝脏特异性Zeb1敲除小鼠模型,验证ZEB1缺乏是否影响DEN/CCl4诱导的HCC发生。
将Zeb1flox/flox小鼠与Alb-Cre小鼠杂交获得肝脏特异性Zeb1敲除小鼠及其野生型同窝仔,给予DEN/CCl4处理,观察肿瘤发生率。
确定ZEB1是否通过影响SSP代谢通量来发挥作用。
在MHCC-97H细胞中敲低ZEB1并进行LC-MS代谢组学分析,检测SSP代谢物变化。
确定ZEB1是否调控PHGDH的表达和活性。
检测ZEB1敲低后SSP相关酶的表达,并通过Western blot和酶活性实验验证PHGDH的变化。
确定ZEB1如何转录激活PHGDH,包括结合位点和转录活性。
构建PHGDH启动子荧光素酶报告基因,进行截短和突变分析,结合ChIP-qPCR验证ZEB1的结合。
验证PHGDH上调对GSH和嘧啶合成、ROS水平及细胞增殖、迁移、侵袭的影响。
使用[U-13C]-葡萄糖示踪检测GSH和dTMP的合成,测量ROS水平,并评估细胞增殖、迁移、侵袭和软琼脂集落形成。
在体内模型中验证ZEB1-PHGDH轴对HCC肿瘤发生和转移的影响。
将稳定表达荧光素酶的MHCC-97H细胞(对照、ZEB1敲低、ZEB1回补、PHGDH回补)原位注射到裸鼠肝脏,8周后通过生物发光成像监测肿瘤生长和转移。
评估ZEB1-PHGDH表达与HCC预后的临床相关性。
分析TCGA LIHC数据库中ZEB1和PHGDH mRNA水平的相关性,通过IHC和Western blot检测48对HCC组织中蛋白质表达,并分析生存曲线。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | GEMINI | A24G00J |
| 胎牛血清 | GEMINI | A24G00J | |
| 支原体检测试剂盒 | Sigma | MP0035-1KT | |
| 细胞转染 | Hieff Trans脂质体转染试剂 | YEASEN | 40802ES03 |
| 病毒包装 | 聚凝胺 | Merck Millipore | TR-1003-G |
| 细胞筛选 | G418 | Sigma | PP2374-1KT |
| 荧光素酶检测 | 荧光素酶检测试剂盒 | YEASEN | 11401ES76 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| 逆转录 | Revert Aid逆转录试剂盒 | Thermo Scientific | EP0441 |
| 实时qPCR | SYBR Green Power 预混液 | Applied Biosystems | 4367659 |
| CFX384 Touch | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | 聚偏二氟乙烯膜 | Roche | -- |
| 抗ZEB1抗体 | Proteintech | 21544-1-AP | |
| 抗PHGDH抗体 | Proteintech | 14719-1-AP | |
| 抗PSAT1抗体 | Proteintech | 10501-1-AP | |
| 抗PSPH抗体 | Proteintech | 14513-1-AP | |
| 抗ZEB2抗体 | Proteintech | 14026-1-AP | |
| 染色质免疫沉淀 | 抗IgG抗体 | Proteintech | 14678-1-AP |
| 抗Flag抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig | |
| Western blot | 抗Actin抗体 | Proteintech | AC-15 |
| LC-MS | [U-13C]-葡萄糖 | CIL | 110187-42-3 |
| Waters Acquity BEH C18色谱柱 | Waters | -- | |
| 动物实验 | D-荧光素 | -- | -- |
| 免疫组化 | MaxVision DAB试剂盒 | Maxim | KIT-0014 |
| ROS检测 | DCFH-DA | Sigma | D6883 |
| 细胞死亡检测 | 碘化丙啶 | Sigma | P4170 |
| 细胞计数 | Count Star | ALIT | IC 1000 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | YEASEN | 40203ES76 |
| 细胞侵袭 | 基质胶 | Corning | 356237 |
| 图像采集 | Motic VM1 | Motic | 1.0.8.21 |
| 图像分析 | ImageJ | National Institutes of Health | 1.4.3.67 |
| 组织切片 | 全景数字切片扫描系统 | Leica Aperio Versa 200 | -- |
| 流式分析 | FlowJo | BD bioscience | 14.0.0.0 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系:Zeb1flox/flox; Alb-Cre+(肝脏特异性敲除)及野生型对照;DEN/CCl4处理剂量和时间;肿瘤发生率 阅读提示:Methods: Animal Experiments;图1A和B |
| 细胞培养与处理 | 细胞系:MHCC-97H;培养基DMEM+10%FBS;ZEB1敲低和回补的稳定性;PHGDH回补 阅读提示:Methods: Cell Culture and Stable Cell Line Construction;图1L-M |
| 代谢物检测 | [U-13C]-葡萄糖浓度和处理时间(10mM, 20小时);LC-MS条件(色谱柱、流动相) 阅读提示:Methods: LC-MS;图1K-N |
| 转录调控 | PHGDH启动子片段(-2093到+87bp);报告基因载体;ChIP抗体和引物;ZEB1结合位点(NCBS)位置 阅读提示:Methods: Luciferase Reporter Assay, Chromatin Immunoprecipitation Assay;图2 |
| 功能实验 | 细胞接种密度(增殖:1×10^5;CCK-8:2×10^3);划痕实验时间(60小时);Transwell中细胞数(2×10^5)和侵袭时间(48小时);软琼脂集落形成(1000细胞,20天) 阅读提示:Methods: Cell Proliferation and Cell Viability, Wound Healing Assay, Cell Invasion Assay, Soft Agar Colony Formation Assay;图4 |
| 体内实验 | 细胞注射密度(1×10^7 cells/50μL PBS);注射位点(左肝叶);生物发光成像(D-luciferin 150mg/kg,ip);肿瘤取材时间(8周) 阅读提示:Methods: Animal Experiments;图5 |
| 临床样本分析 | 样本数量(48对IHC,14对WB);数据库(TCGA LIHC);Kaplan-Meier分析 阅读提示:Methods: HCC Sample, Statistical Analysis;图6 |