检测DNMT表达和DNA甲基化水平
确定Rho–/–小鼠视网膜中DNMT表达和DNA甲基化是否发生改变
通过RT-qPCR检测Dnmt1、Dnmt3a mRNA水平;通过ELISA检测5-mC和5-hmC水平;通过免疫荧光和Western blot检测DNMT1、DNMT3A蛋白表达和5-mC、5-hmC分布。
DNA Methylation Dynamics in a Mouse Model of Retinitis Pigmentosa
包含体外细胞模型、Rho–/–小鼠模型和人类供体视网膜样本,并进行了功能验证和机制验证。
Rho–/–小鼠模型 C57BL/6J野生型小鼠 人类干性年龄相关性黄斑变性供体视网膜 人类正常供体视网膜
每周玻璃体内注射地西他滨(100 μmol/L,1 μL)或PBS,从6周龄开始持续4周 Rho–/–小鼠和C57BL/6J野生型小鼠,6至16周龄,雌雄兼用 光感受器退化相关检测:OCT测ONL厚度、ERG测锥体功能、TUNEL测凋亡 DNA甲基化检测:5-mC和5-hmC ELISA及免疫荧光 锥体存活检测:花生凝集素标记、锥体计数、Opn1sw mRNA水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Rho–/–小鼠视网膜中DNMT表达和DNA甲基化是否发生改变
通过RT-qPCR检测Dnmt1、Dnmt3a mRNA水平;通过ELISA检测5-mC和5-hmC水平;通过免疫荧光和Western blot检测DNMT1、DNMT3A蛋白表达和5-mC、5-hmC分布。
验证DNA甲基化与光感受器退化在人类中的关联
对人类干性AMD供体视网膜进行5-mC和5-hmC免疫荧光染色,并与正常对照比较。
使用地西他滨抑制DNMT,验证其对DNA甲基化的抑制作用
对6周龄Rho–/–小鼠每周玻璃体内注射地西他滨(100 μmol/L,1 μL)或PBS对照,持续4周。通过5-mC和5-hmC免疫荧光及ELISA验证甲基化水平。
确定地西他滨是否能减轻视网膜变薄和光感受器死亡
通过OCT测量ONL、OPL-ONL和总视网膜厚度;通过H&E染色测量ONL厚度;通过TUNEL检测细胞凋亡。
确定地西他滨是否能促进锥体光感受器存活
通过花生凝集素染色检测锥体细胞数量和锥体外段长度;通过RT-qPCR检测Opn1sw和Opn1mw mRNA水平。
确定地西他滨是否能改善视觉功能
通过ERG测量锥体功能(photopic 600、M-cone、S-cone);通过视运动反应测定视觉 acuity 和对比灵敏度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | C57BL/6J野生型小鼠 | Jackson Laboratory | 000664 |
| 药物处理 | 地西他滨 | MedChem Express | -- |
| 磷酸盐缓冲液 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 核酸提取 | Quick-DNA/RNA微量制备增强试剂盒 | Zymo Research | D7005 |
| Zymo Quick-RNA微量制备试剂盒 | Zymo Research | R1051 | |
| RT-qPCR | PrimeScript RT预混液 | Takara Bio | RR036A |
| DNA甲基化检测 | 5-甲基胞嘧啶DNA ELISA试剂盒 | Zymo Research | D5325 |
| Quest 5-羟甲基胞嘧啶DNA ELISA试剂盒 | Zymo Research | D5425 | |
| 免疫荧光 | OCT包埋剂 | VWR | 25608-930 |
| Superfrost Plus载玻片 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 曲拉通X-100 | MilliporeSigma | -- | |
| Fluoromount-G封片剂 | Dako | S3023 | |
| DNMT1抗体 | Active Motif | 39204 | |
| DNMT3A抗体 | Cell Signaling Technology | 3598S | |
| 5-甲基胞嘧啶抗体 | Active Motif | 39649 | |
| 5-羟甲基胞嘧啶抗体 | Active Motif | 39791 | |
| Alexa 488标记的花生凝集素 | Life Technologies | L21409 | |
| DAPI和Hoechst核酸染料 | Thermo Scientific | 62248 | |
| AffiniPure Alexa Fluor 488抗兔IgG (H+L) F(ab')2 | Jackson ImmunoResearch | 711-545-152 | |
| Cy3标记的AffiniPure抗小鼠IgG (H+L) | Jackson ImmunoResearch | 715-165-150 | |
| Western blot | β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00001-1-A | |
| 电化学发光检测试剂 | Epizyme Biotech | -- | |
| OCT成像 | Bioptigen谱域眼科成像系统 | Bioptigen, Inc. | -- |
| ERG | Espion视网膜电图系统 | Diagnosys LLC | -- |
| Ganzfeld ColorDome | Diagnosys LLC | -- | |
| GenTeal凝胶 | Novartis | -- | |
| 免疫荧光成像 | Leica DMi8荧光显微镜 | Leica Microsystems | -- |
| Leica SP8共聚焦显微镜 | Leica Microsystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | Rho–/–小鼠来源和基因型确认 阅读提示:Materials and Methods: Animals |
| 药物处理 | 地西他滨浓度(100 μmol/L)、注射体积(1 μL)、频率(每周)、起始年龄(6周龄)、持续时间(4周) 阅读提示:Materials and Methods: Intravitreal Injection in Mice |
| DNA甲基化检测 | 5-mC和5-hmC ELISA试剂盒型号及标准曲线 阅读提示:Materials and Methods: Global DNA Methylation Assay |
| 视网膜结构评估 | OCT测量参数(B-scan数量、分析软件)、H&E染色切片厚度(10 μm)、TUNEL凋亡细胞计数方法 阅读提示:Materials and Methods: OCT Imaging, H&E Staining, TUNEL Assay |
| 视觉功能评估 | ERG刺激光强度(3.0 cds/m2)、视运动反应参数(光栅速度12°/秒) 阅读提示:Materials and Methods: Electroretinography, Optomotor Response–Based Visual Tests |