临床来源人体组织中空间转录组学的严谨性与可重复性评估

空间转录组谱分析能够在精确定量基因表达的同时，将表达谱定位到组织结构上。这些方法的几种实现已作为商业化平台发布，将有助于多个实验室增进对人类疾病机制的理解。将这些方法应用于临床试验或作为实验室开发的测试以辅助疾病诊断也引起了极大兴趣。然而，在这些技术能够广泛部署于临床研究和诊断之前，有必要彻底了解其在真实世界条件下的性能。在本研究中，我们主要针对一种广泛使用的空间转录组学方法——数字空间谱分析（DSP），评估了其技术可重复性、数据标准化方法和检测灵敏度。我们还将其性能与一种具有单细胞分辨率的新平台——单分子成像仪进行了比较。以临床来源的人体肾脏组织和活检样本为例，我们发现数字空间谱分析展现出高度的严谨性和可重复性。我们表明，标准化方法会影响空间转录组学数据的生物学解释。尽管多细胞分辨率方法和单细胞分辨率方法之间具有良好的一致性，但在成本、执行时间和检测灵敏度方面存在权衡，这可能影响方法的选择。我们的研究为将空间转录组学方法整合到临床工作流程奠定了实践基础。