精神分裂症风险在三种神经元亚型中的三维遗传结构

3D genetic architecture of schizophrenia risk across three neuronal subtypes

作者信息Samuel K Powell, Will Liao, Sadaf Ghorbani, Raymond Rigat, Callan O'Shea, Sarah Kammourh, Rahat Elahi, Dana Infante, P J Michael Deans, Derek J Le, Poonam Agarwal, Wei Qiang Seow, Novin Balafkan, Kevin C Wang, Schahram Akbarian, Kristen J Brennand
PMID41310180
发布时间2025-11-28
DOI10.1038/s41380-025-03352-y

摘要

与精神分裂症风险相关的常见遗传变异富集于非编码调控序列,但其精确靶基因具有情境依赖性并受细胞类型特异性三维空间染色质组织的影响。本研究绘制了人类多巴胺能、GABA能和谷氨酸能神经元中的长程染色体构象,以追踪精神分裂症风险位点调控活性在发育程序性过程中的变化。在神经元分化过程中,发生了大规模的抑制性区室化,同时伴随着数百个神经元特异性多价染色质结构条纹的出现。通过这些长程染色质结构与遗传风险位点相互连接的基因,其生物学功能与更接近遗传风险序列的基因不同。对涉及近端风险基因SNAP91和远端推定风险基因BHLHE22的染色质环进行功能靶向,改变了基因表达和神经元表型。我们的研究结果强调了神经发育过程中精神分裂症风险位点染色体构象的大规模细胞类型特异性重组,并通过三维染色质环为与该疾病相关的选定靶基因提供了功能验证。

实验方法

产品清单

名称品牌货号
StemFlex培养基GibcoA3349401
基质胶包被板Corning354230
Lonza MycoAlert支原体检测试剂盒LonzaLT07-218
Accutase细胞解离液Innovative Cell TechnologiesAT104
DMEM培养基Gibco11965092
ROCK抑制剂StemCell Technologies72307
潮霉素Thermo10687010
Agilent Herculase II Fusion聚合酶与dNTPs组合试剂盒Agilent600677
QIAquick PCR纯化试剂盒Qiagen28104
Lipofectamine 3000转染试剂Thermo Fisher ScientificL3000001
TRIzol试剂Thermo15596026
带柱上DNA酶处理的Direct-zol RNA小量提取试剂盒Zymo ResearchR2051
Power SYBR Green RNA-to-Ct一步法试剂盒Thermo4389986
甲醛Electron Microscopy Sciences15170
驴血清Jackson017-000-121
Triton X-100SigmaT8787
Tween-20Boston BioProductsIBB-181X
DAPISigmaD9542
CX7高内涵分析平台Thermo Fisher--
48孔基质胶包被多电极阵列板Axion BiosystemsM768-tMEA-48W
人源星形胶质细胞Sciencell1800
胎牛血清Gibco16140071
Maestro多电极阵列系统Axion Biosystems--
Arima Hi-C哺乳动物细胞系试剂盒Arima GenomicsA510008
AccutaseStemcell Technologies07920
Countess细胞计数仪----
Falcon管----
AMPure XP磁珠Beckman Coulter10136224
Covaris超声波破碎仪Covaris--
Swift Biosciences Accel-NGS 2S Plus DNA索引试剂盒Swift Biosciences21024
KAPA文库扩增试剂盒RocheKK2702
KAPA文库定量试剂盒RocheKK4824
Agilent Bioanalyzer生物分析仪Agilent--
DNA高灵敏度试剂盒Agilent5067-4626
NovaSeq 6000测序系统Illumina--
S4测序试剂盒----